Desenvolvimento de abordagem automatizada para construção de banco de dados de preferências conformacionais de carboidratos

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Toscan, Rodolfo Brizola
Data de Publicação: 2016
Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFRGS
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/170127
Resumo: Carboidratos são as moléculas mais abundantes na natureza. Constituídos, basicamente, por hidrogênio, oxigênio e carbono, numa razão aproximada de 2:1:1, estão intrinsecamente relacionados a uma miríade de funções biológicas. Interagindo como moeda energética metabólica e alicerce estrutural, também protagonizam em edições pós-traducionais de proteínas, modificando suas propriedades físico-químicas, padrões de enovelamento e, consequentemente, função protéica. Embora de suma importância, a compreensão das estruturas moleculares de sacarídeos é obscura devido a limitação dos métodos experimentais em detectar e resolver o espectro conformacional destas moléculas, dada a sua flexibilidade e riqueza de átomos de hidrogênio, produzindo imagens difusas e sem resolução. A estrutura molecular de polissacarídeos conta ainda com polimerização ramificada, diferentes tipos de ligação e isômeros ativos, corroborando em um objeto de pesquisa de alta complexidade. Considerando o exposto, o presente trabalho visa aplicar em larga escala uma metodologia previamente desenvolvida na UFRGS para explorar os padrões conformacionais de carboidratos, levando em conta diferentes unidades monoméricas (monossacarídeos) e suas formas anoméricas e diferentes tipos de ligação glicosídica, considerando sua flexibilidade. Espera-se, através destes métodos de simulação computacional baseados em Mecânica Molecular, alicerçar o desenvolvimento de um banco de dados de conformações preferenciais para carboidratos.
id UFRGS-2_7dee371b9ce9ecb01976afc18436666a
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/170127
network_acronym_str UFRGS-2
network_name_str Repositório Institucional da UFRGS
repository_id_str
spelling Toscan, Rodolfo BrizolaVerli, HugoDorn, Márcio2017-11-08T02:28:49Z2016http://hdl.handle.net/10183/170127001027147Carboidratos são as moléculas mais abundantes na natureza. Constituídos, basicamente, por hidrogênio, oxigênio e carbono, numa razão aproximada de 2:1:1, estão intrinsecamente relacionados a uma miríade de funções biológicas. Interagindo como moeda energética metabólica e alicerce estrutural, também protagonizam em edições pós-traducionais de proteínas, modificando suas propriedades físico-químicas, padrões de enovelamento e, consequentemente, função protéica. Embora de suma importância, a compreensão das estruturas moleculares de sacarídeos é obscura devido a limitação dos métodos experimentais em detectar e resolver o espectro conformacional destas moléculas, dada a sua flexibilidade e riqueza de átomos de hidrogênio, produzindo imagens difusas e sem resolução. A estrutura molecular de polissacarídeos conta ainda com polimerização ramificada, diferentes tipos de ligação e isômeros ativos, corroborando em um objeto de pesquisa de alta complexidade. Considerando o exposto, o presente trabalho visa aplicar em larga escala uma metodologia previamente desenvolvida na UFRGS para explorar os padrões conformacionais de carboidratos, levando em conta diferentes unidades monoméricas (monossacarídeos) e suas formas anoméricas e diferentes tipos de ligação glicosídica, considerando sua flexibilidade. Espera-se, através destes métodos de simulação computacional baseados em Mecânica Molecular, alicerçar o desenvolvimento de um banco de dados de conformações preferenciais para carboidratos.Carbohydrates are the most abundant molecules in nature. Consisting basically of hydrogen, oxygen and carbon in a 2:1:1 ratio, they are intrinsically associated with a myriad of biological functions. Interplaying as energetic currency and structural scaffold, they also play the main role in post-translation protein editing, altering polypeptide’s physical and chemical properties, folding patterns and, consequently, protein function. The understanding of their molecular structure is of paramount importance, yet its full comprehension is far from being achieved, for the experimental methods fail to access saccharides’ conformational aspects and oscillatory features, due to the high presence of hydrogen in its molecular structure, yielding indistinct images of low resolution. Carbohydrates become even more complex if one considers their branching capabilities, optical isomers and different types of bonding, behaving as a remarkably complex subject of study. Considering the above mentioned, this work aims to apply in large scale the previously developed methodology at UFRGS, in order to unveil and unravel the conformational patterns of carbohydrates, taking into account its numerous monomeric unities (monossacharides) and anomeric forms and different glycosidic bondings, considering their dynamic properties. Hopefully, through methods of molecular mechanics-based computer simulation, this study proposes a consistent automated methodology, aiming to provide the foundations for the development of a data bank of conformational preferences of carbohydrates.application/pdfporCarboidratosDinâmica molecularCarbohydratesAutomationGROMOSMolecular DynamicsMetadynamicsDatabankForce fieldDesenvolvimento de abordagem automatizada para construção de banco de dados de preferências conformacionais de carboidratosinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulInstituto de BiociênciasPorto Alegre, BR-RS2016Biotecnologiagraduaçãoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSORIGINAL001027147.pdf001027147.pdfTexto completoapplication/pdf24783106http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/170127/1/001027147.pdfee72ee761259eb6ed7198b6913a6647bMD51TEXT001027147.pdf.txt001027147.pdf.txtExtracted Texttext/plain134585http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/170127/2/001027147.pdf.txt52409b6888fcda40aced30aab9852752MD5210183/1701272017-11-09 02:29:01.302407oai:www.lume.ufrgs.br:10183/170127Repositório de PublicaçõesPUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestopendoar:2017-11-09T04:29:01Repositório Institucional da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Desenvolvimento de abordagem automatizada para construção de banco de dados de preferências conformacionais de carboidratos
title Desenvolvimento de abordagem automatizada para construção de banco de dados de preferências conformacionais de carboidratos
spellingShingle Desenvolvimento de abordagem automatizada para construção de banco de dados de preferências conformacionais de carboidratos
Toscan, Rodolfo Brizola
Carboidratos
Dinâmica molecular
Carbohydrates
Automation
GROMOS
Molecular Dynamics
Metadynamics
Databank
Force field
title_short Desenvolvimento de abordagem automatizada para construção de banco de dados de preferências conformacionais de carboidratos
title_full Desenvolvimento de abordagem automatizada para construção de banco de dados de preferências conformacionais de carboidratos
title_fullStr Desenvolvimento de abordagem automatizada para construção de banco de dados de preferências conformacionais de carboidratos
title_full_unstemmed Desenvolvimento de abordagem automatizada para construção de banco de dados de preferências conformacionais de carboidratos
title_sort Desenvolvimento de abordagem automatizada para construção de banco de dados de preferências conformacionais de carboidratos
author Toscan, Rodolfo Brizola
author_facet Toscan, Rodolfo Brizola
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Toscan, Rodolfo Brizola
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Verli, Hugo
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv Dorn, Márcio
contributor_str_mv Verli, Hugo
Dorn, Márcio
dc.subject.por.fl_str_mv Carboidratos
Dinâmica molecular
topic Carboidratos
Dinâmica molecular
Carbohydrates
Automation
GROMOS
Molecular Dynamics
Metadynamics
Databank
Force field
dc.subject.eng.fl_str_mv Carbohydrates
Automation
GROMOS
Molecular Dynamics
Metadynamics
Databank
Force field
description Carboidratos são as moléculas mais abundantes na natureza. Constituídos, basicamente, por hidrogênio, oxigênio e carbono, numa razão aproximada de 2:1:1, estão intrinsecamente relacionados a uma miríade de funções biológicas. Interagindo como moeda energética metabólica e alicerce estrutural, também protagonizam em edições pós-traducionais de proteínas, modificando suas propriedades físico-químicas, padrões de enovelamento e, consequentemente, função protéica. Embora de suma importância, a compreensão das estruturas moleculares de sacarídeos é obscura devido a limitação dos métodos experimentais em detectar e resolver o espectro conformacional destas moléculas, dada a sua flexibilidade e riqueza de átomos de hidrogênio, produzindo imagens difusas e sem resolução. A estrutura molecular de polissacarídeos conta ainda com polimerização ramificada, diferentes tipos de ligação e isômeros ativos, corroborando em um objeto de pesquisa de alta complexidade. Considerando o exposto, o presente trabalho visa aplicar em larga escala uma metodologia previamente desenvolvida na UFRGS para explorar os padrões conformacionais de carboidratos, levando em conta diferentes unidades monoméricas (monossacarídeos) e suas formas anoméricas e diferentes tipos de ligação glicosídica, considerando sua flexibilidade. Espera-se, através destes métodos de simulação computacional baseados em Mecânica Molecular, alicerçar o desenvolvimento de um banco de dados de conformações preferenciais para carboidratos.
publishDate 2016
dc.date.issued.fl_str_mv 2016
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2017-11-08T02:28:49Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/bachelorThesis
format bachelorThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/170127
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 001027147
url http://hdl.handle.net/10183/170127
identifier_str_mv 001027147
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Repositório Institucional da UFRGS
collection Repositório Institucional da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/170127/1/001027147.pdf
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/170127/2/001027147.pdf.txt
bitstream.checksum.fl_str_mv ee72ee761259eb6ed7198b6913a6647b
52409b6888fcda40aced30aab9852752
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1801224540403007488

Registros relacionados