Identificação molecular em membros da tribo Myrteae dc. (Myrtaceae) através da técnica de DNA Barcoding

• Autor(a) principal: Enderle, Fernanda
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/251573
• topic: Genética vegetal; Bioinformática; Código de barras de DNA taxonômico

DNA barcoding é uma técnica que visa discriminar indivíduos e delimitar espécies a partir do uso de sequências nucleotídicas curtas, variáveis e universais. Sua aplicação pode ser muito oportuna para a análise de materiais biológicos degradados ou imaturos e espécies crípticas, cujos caracteres morfológicos normalmente não são informativos. Assim, o presente trabalho objetivou testar a performance de marcadores moleculares com propriedades de barcode na tribo Myrteae DC. (Myrtaceae), um grupo rico, taxonomicamente complexo e constituído por membros que apresentam importância econômica, ecológica e cultural. Um total de 312 amostras pertencentes a 32 espécies foram selecionadas para a construção de uma biblioteca de referência contendo sequências dos espaçadores internos transcritos do DNA ribossomal (ITS) e de dois marcadores plastidiais (psbA-trnH e matK). Esses dados foram produzidos principalmente por estudos de filogenia molecular, tendo sido recuperados da plataforma do GenBank. A eficiência discriminatória individual das regiões foi acessada por meio de métodos baseados em distâncias genéticas, incluindo a caracterização da variabilidade a nível intra e interespecífico, a verificação de barcoding gaps e a implementação de três testes de similaridade entre as sequências nucleotídicas no programa TAXONDNA. Três metodologias de reconstrução filogenética também foram utilizadas para avaliar a capacidade dos marcadores em formar agrupamentos espécie-específicos, sendo elas o neighbor-joining, a máxima verossimilhança e a inferência Bayesiana. Os ITS produziram os melhores resultados, com mais de 50% das espécies apresentando barcoding gaps ou sendo reunidas em clados exclusivos. Além disso, de 58% a 81% dos indivíduos foram identificados corretamente com o uso desses espaçadores nos testes de similaridade e nas filogenias, dependendo da estratégia adotada. O marcador psbA-trnH foi a segunda região mais polimórfica, mas teve o pior desempenho, possivelmente devido à proporção considerável de divergências interespecíficas nulas. Já o matK exibiu taxas de discriminação modestas nas análises executadas com o TAXONDNA, porém insuficientes nos testes de barcoding gap e nas reconstruções filogenéticas, onde foi capaz de identificar no máximo 40% das espécies. O desfecho desse trabalho sugere que barcodes com origens plastidiais e nucleares diferem quanto à sua performance em Myrteae, sendo que a aplicação da técnica nessa tribo pode ser comprometida por uma série de fatores característicos de linhagens botânicas complexas, ainda que estudos com maior abrangência amostral devam ser realizados. O potencial dos candidatos nucleares, entretanto, pode ser aproveitado como ponto de partida para investigações mais profundas e integrativas dentro desse grupo.