Identificação de espécies de lactobacilos mediante sequenciamento parcial de genes constitutivos

• Autor(a) principal: Ev, Laís Daniela
• Data de Publicação: 2014
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/116468
• topic: Cárie dentária; Lactobacilos; Lactobacillus; pheS; rpoA; groEL; Housekeeping genes

O sequenciamento do gene 16S rRNA apresenta limitações na identificação de espécies de Lactobacilos devido à presença de polimorfismos e de múltiplas cópias deste gene. No sentido de aprimorar a classificação filogenética e superar estas limitações surge a proposta do uso de genes constitutivos, também chamados housekeeping genes, que são genes responsáveis pelo metabolismo bacteriano na identificação de lactobacilos. O presente estudo teve como objetivo avaliar o uso dos genes constitutivos pheS (subunidade α da fenilalanina), rpoA (subunidade α da RNA polimerase) e groEL (hsp60 ou 60-kDa proteína de choque térmico) na identificação de espécies de lactobacilos orais mediante o sequenciamento parcial destes genes. A metodologia utilizada consistiu na extração do DNA bacteriano de amostras de dentina, seguida pela amplificação dos genes pheS, rpoA e/ou groEL por PCR e sequenciamento dos mesmos. As sequências foram comparadas quanto à sua homologia com sequências de nucleotídeos do banco de dados do Centro Nacional de Informação Biotecnológica (NCBI) dos Estados Unidos. Definiu-se que similaridades deveriam ser iguais ou superiores a 97% para classificação das espécies. Os lactobacilos identificados nesse estudo pertencem às espécies de L. paracasei (n= 41), L. rhamnosus (n= 32), L. plantarum (n=1). Na identificação de lactobacilos orais tanto o gene pheS quanto o gene groEL são marcadores filogenéticos confiáveis e com bom poder discriminatório. No entanto, para os L. rhamnosus o gene groEL mostrou-se mais eficiente do que o gene pheS. O gene rpoA não mostrou-se efetivo como marcador filogenético para lactobacilos orais. Assim, sugere-se o uso do sequenciamento parcial do gene groEL como primeira alternativa na identificação genotípica de lactobacilos orais e, em casos de não amplificação, o gene pheS pode ser utilizado.