Modelagem e análise de conformidade do processo presente em estratégias computacionais de atracamento molecular

• Autor(a) principal: Biazus, Miller
• Data de Publicação: 2015
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/138247
• topic: Processos de negócios; Modelagem computacional; Bioinformática; Molecular docking; Business process management; Business process model and notation (BPMN); Reference model; Compliance analysis

A modelagem de processos com características dinâmicas e vocabulário especialista, tal como processos de atracamento molecular é complexa. Tal processo envolve macro atividades, dentre elas preparação de receptor, preparação de ligante, adição de solvente, identificação do sítio de ligação, etc, podendo ser simulado por uma imensa quantidade de softwares existentes (por exemplo Gold, Dockthor e Autodock Vina). Porém, cada um desses softwares existentes pode apresentar comportamento diverso para realizar as macro atividades, resultando em processos de atracamento molecular divergentes entre si e em comparação com o processo proposto pela literatura de biologia molecular. O presente trabalho objetiva modelar o processo de atracamento molecular a partir da literatura, gerando um modelo de referência. O modelo de referência do processo de atracamento molecular é validado com especialistas do domínio e verificado usando-se Redes de Petri. Após, realiza-se um estudo comparativo entre softwares para atracamento molecular, identificando convergências e divergências entre os processos de cada software e com o processo identificado a partir da literatura. As principais contribuições deste trabalho são a documentação validada e verificada do processo de atracamento molecular em uma notação para modelagem de processos e um estudo comparativo entre os processos de dois softwares existentes a fim de analisar a conformidade dos mesmos com o modelo de referência. Os resultados deste trabalho são um modelo de referência de atracamento molecular verificado e validado, além de uma análise de dois softwares de atracamento molecular.