Análise integrada de metilação de DNA e expressão gênica nos quatro subgrupos de meduloblastoma

• Autor(a) principal: Michaelsen, Gustavo Lovatto
• Data de Publicação: 2021
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/243288
• topic: Câncer infantil; Meduloblastoma; Metilação de DNA; Childhood cancer; Differential methylation

O meduloblastoma (MB) está entre os tumores sólidos pediátricos mais frequentemente diagnosticados e estima-se que um terço dos pacientes com meduloblastoma irão a óbito devido à doença. Este tumor heterogêneo é atualmente classificado em quatro subgrupos moleculares geneticamente distintos: wingless (WNT), sonic hedgehog (SHH), Grupo 3 (G3 ) e Grupo 4 (G4). Alterações epigenéticas, como a disrupção da metilação do DNA são reconhecidas como uma característica universal da tumorigênese, e para o MB isto não é exceção. Neste estudo foi utilizado um grande conjunto de dados compreendendo 763 amostras pareadas de MB, tanto de microarranjo de expressão gênica como de metilação de DNA. Primeiramente foram identificados os genes diferencialmente metilados (DMs) e diferencialmente expressos (DEs) em cada um dos subgrupos. O subgrupo SHH apresentou uma menor taxa de metilação diferencial com 10,3% dos sítios CpGs DM, enquanto que o subgrupo G3 apresentou a maior taxa com 14,6%. Todos os subgrupos apresentaram uma maior taxa de hipermetilação comparada à hipometilação, em média 1,28 vezes maior. Posteriormente, foi examinada a correlação entre a metilação do DNA e expressão gênica. A correlação negativa está comumente associada a um silenciamento transcricional ao limitar o acesso de fatores de transcrição a regiões promotoras. Neste estudo, a correlação negativa mostrou-se mais comum que a positiva, especialmente em regiões promotoras, contudo a correlação positiva predominou no corpo do gene e na região 3’UTR. A metilação CpG do corpo gênico ainda não é bem compreendida, mas geralmente está associada à maior expressão do gene correspondente. Genes já associados ao MB como GLI2, GAB1 e PRAME assim como genes ligados a outros tipos tumorais foram identificados DMs e DEs e possuindo um grande número de sítios CpGs com correlação significativa. Esse conjunto de genes nos ajudam a entender o comportamento da metilação e de que maneira ela influencia a expressão gênica nos diferentes subgrupos de MB.