Estudo computacional de docagem e dinâmica molecular sobre o mecanismo de ação do Molnupiravir sobre o Coronavírus SARS-CoV-2

• Autor(a) principal: Kuhn, Eduardo Ramires
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/270673
• topic: COVID-19; Docagem molecular; Dinâmica molecular; Molnupiravir; COVID19; Molecular docking; Molecular dynamics

O novo coronavírus (SARS-CoV-2), sendo o agente que provoca a pandemia CoViD-19, se tornou a maior preocupação da saúde pública. O mecanismo principal de entrada do vírus é através de uma interação inicial da enzima ACE2 (Enzima Conversora da Angiotensina 2) com o SARS-CoV-2, o que possibilita a entrada do vírus e posterior replicação envolvendo duas proteínas não-estruturais RNA polimerase dependente de RNA (RdRp) e Protease Principal (MPRO/CLPRO). Há diversas pesquisas em torno de um tratamento eficaz e comprovado, além das vacinas desenvolvidas. Medicamentos como Molnupiravir, uma pró-droga aprovada como medicamento no Reino Unido em 2021, é um derivado nucleosídeo sintético. Em sua forma ativa trifosfato (MTP) atua inibindo a reprodução do vírus por meio de inserção de erros na cópia durante o processo de replicação do RNA. O presente trabalho tem como objetivo aprofundar o estudo em torno do mecanismo de ação do MTP com o seu principal receptor RdRp, expandindo para outro possível receptor que é a Protease Principal (MPRO/CLPRO) do SARS-CoV-2. As interações entre as proteínas do SARS-CoV-2 e o MTP foram estudadas mediante cálculos de docagem molecular no AutoDock4, posteriormente analisadas com AutoDockTools (ADT) e PyMOL. Com base nos resultados obtidos, foram conduzidas simulações de dinâmica molecular clássica e obtidos dados de RMSD, RMSF, distância mínima e do centro de massa, ligações de hidrogênio e resíduos na interface de interação. Por fim, foram demonstradas interações favoráveis e permanência explicável do ligante MTP com as proteínas do SARS-CoV-2, indicando que além da atuação com RdRp, é provável atuação do fármaco com a MPRO.