Caracterização morfológica e filogenética de bactéria magnetotática de fonte termal do Deserto de Mojave
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2019 |
Tipo de documento: | Trabalho de conclusão de curso |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFRJ |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/11422/19165 |
Resumo: | Bactérias magnetotáticas (BMs) são um grupo de microrganismos aquáticos e flagelados, que possuem morfologia e metabolismo diverso, além de distribuídas em diferentes filos do domínio Bacteria. BMs possuem a capacidade de produzir magnetossomos, nanocristais ferromagnéticos envoltos por membrana biológica. Estes cristais conferem à bactéria a capacidade de se alinhar passivamente ao campo geomagnético, isto associado ao movimento flagelar compõe o fenômeno da magnetotaxia. Os magnetossomos são formados a partir de um processo de biomineralização e os principais genes relacionados são os genes mam. O objetivo deste trabalho é caracterizar morfologicamente e filogeneticamente uma nova espécie de bactéria magnetotática, encontrada em fontes termais no Deserto de Mojave, Nevada, EUA, pertencente ao filo Nitrospirae. Após o enriquecimento magnético, que permite a obtenção de amostra de bactérias magnetotáticas concentrada, foi possível observar a presença apenas de células ovoides que respondiam ao campo magnético aplicado por um ímã. A morfologia ovoide foi confirmada posteriormente através da análise de imagens. A observação das amostras por microscopia eletrônica de transmissão mostrou a presença de magnetossomos com formato ponta de lança de aproximadamente 102,5 nm organizados em múltiplas cadeias na célula. Através do enriquecimento magnético das amostras foi possível realizar a amplificação do genoma utilizando o kit REPLI-g e o sequenciamento do mesmo através da plataforma Illumina. A partir da anotação automática obtida através do servidor RAST do genoma montado utilizando o software CLC Genomics Workbench, foi possível identificar o gene que codifica o rRNA 16S, os genes relacionados à biomineralização e outros de relevância na caracterização do potencial metabólico da bactéria magnetotática em estudo. O genoma parcial montado possui 2.804.646 pb em 188 contigs, sendo que o maior contig possui 145 kb. A análise por BLASTn do gene que codifica o rRNA 16S mostrarou que essas células pertencem ao filo Nitrospirae, sendo próxima à Candidatus Magnetoovum chiemensis cepa CS-4 (91% de similaridade entre as sequências). Foi feita uma análise de homologia utilizando as sequências codificadas pelos genes mam conhecidas, com a finalidade de identificar esse grupo de genes na célula ovoide estudada, sendo estes: mamA, mamB, mamC, mamE, mamI, mamK, mamM, mamP, mamQ-I e mamQ-II. Também foram feitas árvores filogenéticas (com base no gene que codifica o rRNA 16S e com base nas proteínas Mam), utilizando o programa MEGA, e análise por homologia de enzimas chave de vias metabólicas da bactéria. Foram encontrados genes que codificam enzimas chave de vias metabólicas que sugerem que célula magnetotática ovoide é capaz de fixar nitrogênio (genes nif) e carbono (gene para a enzima RubisCO), bem como crescimento anaeróbico através da respiração de sulfato, o que é interessante para a elaboração de um meio de cultivo e para entender o seu comportamento e sua função no ambiente e nos ciclos biogeoquímicos. Em vista dos dados morfológicos e genéticos obtidos propõe-se o nome Candidatus Magnetovoide thermalis cepa GS-1 para essa espécie. |
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Ferreira, Juliana Guimarãeshttp://lattes.cnpq.br/4252772816829043Almeida, Ana Maria Mazotto deLeão, Pedro Ernesto LopesMateus, Jackeline RossettiNico, DirleiAbreu, Fernanda de Ávila2022-11-16T17:05:05Z2023-11-30T03:05:20Z2019-06-28FERREIRA, J. G. (2019). Caracterização morfológica e filogenética de bactéria magnetotática de fonte termal do Deserto de Mojave [Trabalho de Conclusão de Curso, Universidade Federal do Rio de Janeiro]. Repositório Institucional Pantheon.http://hdl.handle.net/11422/19165Submitted by Luiza Arias (luiza@micro.ufrj.br) on 2022-11-16T17:05:05Z No. of bitstreams: 1 JGFerreira.pdf: 1527107 bytes, checksum: 1b21ec618bc366a60f9c436afcb90bd6 (MD5)Made available in DSpace on 2022-11-16T17:05:05Z (GMT). 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Em vista dos dados morfológicos e genéticos obtidos propõe-se o nome Candidatus Magnetovoide thermalis cepa GS-1 para essa espécie.porUniversidade Federal do Rio de JaneiroUFRJBrasilInstituto de Microbiologia Paulo de GóesCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::MICROBIOLOGIACNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::IMUNOLOGIABactérias magnetotáticasMagnetossomosFilogeniaBiologia computacionalMagnetotactic bacteriaMagnetosomesPhylogenyComputational biologyCaracterização morfológica e filogenética de bactéria magnetotática de fonte termal do Deserto de Mojaveinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisabertoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFRJinstname:Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)instacron:UFRJLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81853http://pantheon.ufrj.br:80/bitstream/11422/19165/2/license.txtdd32849f2bfb22da963c3aac6e26e255MD52ORIGINALJGFerreira.pdfJGFerreira.pdfapplication/pdf1527107http://pantheon.ufrj.br:80/bitstream/11422/19165/1/JGFerreira.pdf1b21ec618bc366a60f9c436afcb90bd6MD5111422/191652023-11-30 00:05:20.85oai:pantheon.ufrj.br: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Repositório de PublicaçõesPUBhttp://www.pantheon.ufrj.br/oai/requestopendoar:2023-11-30T03:05:20Repositório Institucional da UFRJ - Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)false |
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