Impacto do tamanho de voxel e método de segmentação na análise morfológica de sapos do gênero Brachycephalus pela técnica de microCT

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Santos, Caio Márcio Sorrentino de Freitas Farias dos
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFRJ
Texto Completo: http://hdl.handle.net/11422/13300
Resumo: A Floresta Atlântica brasileira abriga muitas espécies do gênero Brachycephalus, e, dentre elas, a espécie Brachycephalus ephippium. A microtomografia computadorizada por raios X é uma técnica não destrutiva que permite a visualização e análise de microestruturas internas de amostras diversas. Esta técnica já foi e continua sendo aplicada nas áreas biológicas para o estudo destes animais, permitindo uma minuciosa descrição e caracterização de novas espécies. A espécie usada nesse estudo é particularmente especial, uma vez que foi a primeira do gênero a ser descoberta, tornando-a de certa forma a base comparativa entre espécies. O crânio é de fundamental interesse, sendo muito usado nos trabalhos de aplicação de microCT. Dentre as estruturas de interesse no crânio, algumas são da ordem do milímetro, podendo chegar a menos de meio milímetro. Os efeitos do tamanho de voxel de imagem então podem tornar-se relevantes, e foi isso que foi investigado nesse trabalho, tanto visualmente quanto quantitativamente. Foram usados dois métodos de segmentação de imagens bem conhecidos, o Global (manual) e o de Otsu (automático), e oito parâmetros morfométricos foram analisados. Verificou-se que a variação do tamanho de voxel implicou em perda substancial de informações nas imagens para a maioria dos parâmetros estudados, enquanto a variação quanto ao método de segmentação foi verificada somente para os parâmetros Tb.Pf e Obj.N.
id UFRJ_245fdfc786c97f8e66dbe712889eb8f8
oai_identifier_str oai:pantheon.ufrj.br:11422/13300
network_acronym_str UFRJ
network_name_str Repositório Institucional da UFRJ
repository_id_str
spelling Santos, Caio Márcio Sorrentino de Freitas Farias doshttp://lattes.cnpq.br/8246131317396176http://lattes.cnpq.br/2025139365734633Oliveira, Davi Ferreira deAssis, Joaquim Teixeira deLopes, Ricardo Tadeu2020-10-23T02:06:06Z2023-11-30T03:01:43Z2019-03http://hdl.handle.net/11422/13300A Floresta Atlântica brasileira abriga muitas espécies do gênero Brachycephalus, e, dentre elas, a espécie Brachycephalus ephippium. A microtomografia computadorizada por raios X é uma técnica não destrutiva que permite a visualização e análise de microestruturas internas de amostras diversas. Esta técnica já foi e continua sendo aplicada nas áreas biológicas para o estudo destes animais, permitindo uma minuciosa descrição e caracterização de novas espécies. A espécie usada nesse estudo é particularmente especial, uma vez que foi a primeira do gênero a ser descoberta, tornando-a de certa forma a base comparativa entre espécies. O crânio é de fundamental interesse, sendo muito usado nos trabalhos de aplicação de microCT. Dentre as estruturas de interesse no crânio, algumas são da ordem do milímetro, podendo chegar a menos de meio milímetro. Os efeitos do tamanho de voxel de imagem então podem tornar-se relevantes, e foi isso que foi investigado nesse trabalho, tanto visualmente quanto quantitativamente. Foram usados dois métodos de segmentação de imagens bem conhecidos, o Global (manual) e o de Otsu (automático), e oito parâmetros morfométricos foram analisados. Verificou-se que a variação do tamanho de voxel implicou em perda substancial de informações nas imagens para a maioria dos parâmetros estudados, enquanto a variação quanto ao método de segmentação foi verificada somente para os parâmetros Tb.Pf e Obj.N.The Brazilian Rainforest inhabits many species of the Brachycephalus genre and, among them, the Brachycephalus ephippium species. X-ray computed tomography is a nondestructive imaging technique which allows for the visualization and analysis of internal microestructures of various samples. This technique was and still is applied on biological research for the study of these animals, enabling thorough description and characterization of new species. The species used in this study is of particular interest, since it was the first of this genre to be discovered, which makes it in a way the interspecies comparative basis. The cranium is of fundamental interest and it’s very used in microCT application works. Amid structures of interest in the cranium, some are of the order of the milimeter, sometimes less than half a milimeter. The effects of the voxel size of microCT images can therefore be relevant, and this is what was investigated in this work, both visually and quantitatively. Two well-known segmentation methods were used: Global (manual) and Otsu (automatic), and eight morphometric parameters were analyzed. There was significant variation due to voxel size alone, which led to information loss on the images for most evaluated parameters, while segmentation did not represent significant variation for most parameters, only for Tb.Pf. and Obj.N.Submitted by Moreno Barros (moreno@ct.ufrj.br) on 2020-10-23T02:06:06Z No. of bitstreams: 1 CaioMarcioSorrentinoDeFreitasFariasDosSantos.pdf: 4740649 bytes, checksum: 1d32e98e21d25dc914793c3742d2ebde (MD5)Made available in DSpace on 2020-10-23T02:06:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CaioMarcioSorrentinoDeFreitasFariasDosSantos.pdf: 4740649 bytes, checksum: 1d32e98e21d25dc914793c3742d2ebde (MD5) Previous issue date: 2019-03porUniversidade Federal do Rio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Engenharia NuclearUFRJBrasilInstituto Alberto Luiz Coimbra de Pós-Graduação e Pesquisa de EngenhariaCNPQ::ENGENHARIAS::ENGENHARIA NUCLEAR::APLICACOES DE RADIOISOTOPOSMicrotomografiaTomografia computadorizada por raios XProcessamento de imagensBrachycephalusImpacto do tamanho de voxel e método de segmentação na análise morfológica de sapos do gênero Brachycephalus pela técnica de microCTinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisabertoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFRJinstname:Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)instacron:UFRJORIGINALCaioMarcioSorrentinoDeFreitasFariasDosSantos.pdfCaioMarcioSorrentinoDeFreitasFariasDosSantos.pdfapplication/pdf1779749http://pantheon.ufrj.br:80/bitstream/11422/13300/3/CaioMarcioSorrentinoDeFreitasFariasDosSantos.pdf606bd4216a23ffdc40fe596021c16bf2MD53LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81853http://pantheon.ufrj.br:80/bitstream/11422/13300/2/license.txtdd32849f2bfb22da963c3aac6e26e255MD5211422/133002023-11-30 00:01:43.328oai:pantheon.ufrj.br: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Repositório de PublicaçõesPUBhttp://www.pantheon.ufrj.br/oai/requestopendoar:2023-11-30T03:01:43Repositório Institucional da UFRJ - Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Impacto do tamanho de voxel e método de segmentação na análise morfológica de sapos do gênero Brachycephalus pela técnica de microCT
title Impacto do tamanho de voxel e método de segmentação na análise morfológica de sapos do gênero Brachycephalus pela técnica de microCT
spellingShingle Impacto do tamanho de voxel e método de segmentação na análise morfológica de sapos do gênero Brachycephalus pela técnica de microCT
Santos, Caio Márcio Sorrentino de Freitas Farias dos
CNPQ::ENGENHARIAS::ENGENHARIA NUCLEAR::APLICACOES DE RADIOISOTOPOS
Microtomografia
Tomografia computadorizada por raios X
Processamento de imagens
Brachycephalus
title_short Impacto do tamanho de voxel e método de segmentação na análise morfológica de sapos do gênero Brachycephalus pela técnica de microCT
title_full Impacto do tamanho de voxel e método de segmentação na análise morfológica de sapos do gênero Brachycephalus pela técnica de microCT
title_fullStr Impacto do tamanho de voxel e método de segmentação na análise morfológica de sapos do gênero Brachycephalus pela técnica de microCT
title_full_unstemmed Impacto do tamanho de voxel e método de segmentação na análise morfológica de sapos do gênero Brachycephalus pela técnica de microCT
title_sort Impacto do tamanho de voxel e método de segmentação na análise morfológica de sapos do gênero Brachycephalus pela técnica de microCT
author Santos, Caio Márcio Sorrentino de Freitas Farias dos
author_facet Santos, Caio Márcio Sorrentino de Freitas Farias dos
author_role author
dc.contributor.advisorLattes.pt_BR.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/8246131317396176
dc.contributor.authorLattes.pt_BR.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/2025139365734633
dc.contributor.author.fl_str_mv Santos, Caio Márcio Sorrentino de Freitas Farias dos
dc.contributor.referee1.fl_str_mv Oliveira, Davi Ferreira de
dc.contributor.referee2.fl_str_mv Assis, Joaquim Teixeira de
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Lopes, Ricardo Tadeu
contributor_str_mv Oliveira, Davi Ferreira de
Assis, Joaquim Teixeira de
Lopes, Ricardo Tadeu
dc.subject.cnpq.fl_str_mv CNPQ::ENGENHARIAS::ENGENHARIA NUCLEAR::APLICACOES DE RADIOISOTOPOS
topic CNPQ::ENGENHARIAS::ENGENHARIA NUCLEAR::APLICACOES DE RADIOISOTOPOS
Microtomografia
Tomografia computadorizada por raios X
Processamento de imagens
Brachycephalus
dc.subject.por.fl_str_mv Microtomografia
Tomografia computadorizada por raios X
Processamento de imagens
Brachycephalus
description A Floresta Atlântica brasileira abriga muitas espécies do gênero Brachycephalus, e, dentre elas, a espécie Brachycephalus ephippium. A microtomografia computadorizada por raios X é uma técnica não destrutiva que permite a visualização e análise de microestruturas internas de amostras diversas. Esta técnica já foi e continua sendo aplicada nas áreas biológicas para o estudo destes animais, permitindo uma minuciosa descrição e caracterização de novas espécies. A espécie usada nesse estudo é particularmente especial, uma vez que foi a primeira do gênero a ser descoberta, tornando-a de certa forma a base comparativa entre espécies. O crânio é de fundamental interesse, sendo muito usado nos trabalhos de aplicação de microCT. Dentre as estruturas de interesse no crânio, algumas são da ordem do milímetro, podendo chegar a menos de meio milímetro. Os efeitos do tamanho de voxel de imagem então podem tornar-se relevantes, e foi isso que foi investigado nesse trabalho, tanto visualmente quanto quantitativamente. Foram usados dois métodos de segmentação de imagens bem conhecidos, o Global (manual) e o de Otsu (automático), e oito parâmetros morfométricos foram analisados. Verificou-se que a variação do tamanho de voxel implicou em perda substancial de informações nas imagens para a maioria dos parâmetros estudados, enquanto a variação quanto ao método de segmentação foi verificada somente para os parâmetros Tb.Pf e Obj.N.
publishDate 2019
dc.date.issued.fl_str_mv 2019-03
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2020-10-23T02:06:06Z
dc.date.available.fl_str_mv 2023-11-30T03:01:43Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11422/13300
url http://hdl.handle.net/11422/13300
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal do Rio de Janeiro
dc.publisher.program.fl_str_mv Programa de Pós-Graduação em Engenharia Nuclear
dc.publisher.initials.fl_str_mv UFRJ
dc.publisher.country.fl_str_mv Brasil
dc.publisher.department.fl_str_mv Instituto Alberto Luiz Coimbra de Pós-Graduação e Pesquisa de Engenharia
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal do Rio de Janeiro
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFRJ
instname:Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)
instacron:UFRJ
instname_str Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)
instacron_str UFRJ
institution UFRJ
reponame_str Repositório Institucional da UFRJ
collection Repositório Institucional da UFRJ
bitstream.url.fl_str_mv http://pantheon.ufrj.br:80/bitstream/11422/13300/3/CaioMarcioSorrentinoDeFreitasFariasDosSantos.pdf
http://pantheon.ufrj.br:80/bitstream/11422/13300/2/license.txt
bitstream.checksum.fl_str_mv 606bd4216a23ffdc40fe596021c16bf2
dd32849f2bfb22da963c3aac6e26e255
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFRJ - Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1784097189960613888