Dissecção virtual e morfometria do girino Thoropa miliaris usando o algoritmo de recuperação de fase em imagens 3D obtidas com luz síncrotron
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2019 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFRJ |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/11422/13326 |
Resumo: | O uso de anfíbios como modelos experimentais tem grande aplicação na Biologia. Estudos da história natural de anfíbios identificaram claramente atributos que os tornam adequados para manipulações experimentais, mostrando resultados sobre sua diversidade e dados sobre sistemas ecológicos como um todo. A utilização de girinos em pesquisas científicas possui certa importância, que ocorre devido ao fato de, aproximadamente, 75% das espécies anfíbias catalogadas possuírem esse estágio larval de maneira análoga entre si. O objetivo deste trabalho foi apresentar a primeira investigação não invasiva e de alta resolução da morfometria de girinos da espécie anfíbia brasileira Thoropa miliaris, usando microtomografia com luz síncrotron, onde foi criado um protocolo para aquisição de imagens dessas amostras em meio líquido. Foram utilizadas as linhas IMX, no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron, e SYRMEP, no síncrotron Elettra, ambas por possuírem características notáveis para aplicações biomédicas. Para a melhor visualização das estruturas internas do animal, foi utilizada a técnica de contraste de fase em linha e um algoritmo de recuperação de fase foi empregado em conjunto com o algoritmo de reconstrução por retroprojeção filtrada. O uso dessas técnicas de imageamento e reconstrução possibilitou o acesso a informações sobre a morfologia e desenvolvimento das estruturas internas do Thoropa miliaris, fornecendo dados referentes ao seu desenvolvimento, a partir da observação desses tecidos. |
id |
UFRJ_83e7b58cdaec481059010e199de8e80d |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:pantheon.ufrj.br:11422/13326 |
network_acronym_str |
UFRJ |
network_name_str |
Repositório Institucional da UFRJ |
repository_id_str |
|
spelling |
Silva, Gabriel Fidalgo Queiróz dahttp://lattes.cnpq.br/8303849011697171http://lattes.cnpq.br/1551791767541733Barroso, Regina Cély Rodrigueshttp://lattes.cnpq.br/1192737490168244Gonçalves, Marcos Vinicius ColaçoSilva, Hélio Ricardo daArchilha, Nathaly LopesLima, Alan Miranda Monteiro deBraz, Delson2020-10-23T21:54:38Z2023-11-30T03:01:43Z2019-02http://hdl.handle.net/11422/13326O uso de anfíbios como modelos experimentais tem grande aplicação na Biologia. Estudos da história natural de anfíbios identificaram claramente atributos que os tornam adequados para manipulações experimentais, mostrando resultados sobre sua diversidade e dados sobre sistemas ecológicos como um todo. A utilização de girinos em pesquisas científicas possui certa importância, que ocorre devido ao fato de, aproximadamente, 75% das espécies anfíbias catalogadas possuírem esse estágio larval de maneira análoga entre si. O objetivo deste trabalho foi apresentar a primeira investigação não invasiva e de alta resolução da morfometria de girinos da espécie anfíbia brasileira Thoropa miliaris, usando microtomografia com luz síncrotron, onde foi criado um protocolo para aquisição de imagens dessas amostras em meio líquido. Foram utilizadas as linhas IMX, no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron, e SYRMEP, no síncrotron Elettra, ambas por possuírem características notáveis para aplicações biomédicas. Para a melhor visualização das estruturas internas do animal, foi utilizada a técnica de contraste de fase em linha e um algoritmo de recuperação de fase foi empregado em conjunto com o algoritmo de reconstrução por retroprojeção filtrada. O uso dessas técnicas de imageamento e reconstrução possibilitou o acesso a informações sobre a morfologia e desenvolvimento das estruturas internas do Thoropa miliaris, fornecendo dados referentes ao seu desenvolvimento, a partir da observação desses tecidos.The use of amphibians as experimental models has great application in Biology. Studies of the natural history of amphibians have clearly identified attributes that make them suitable for experimental manipulations, showing results on their diversity and data on ecological systems. The use of tadpoles in scientific research is very important because approximately 75% of the cataloged amphibian species have this larval stage in an analogous way. The objective of this work was to present the first non-invasive and highresolution morphometric analysis of tadpoles of the Brazilian amphibian Thoropa miliaris, using synchrotron microtomography, where a protocol was created to acquire images of these samples in a liquid solution. It was used the IMX beamline, in the Brazilian Synchrotron Light Laboratory, and SYRMEP beamline, in the Elettra Synchrotron (Italy), both of which have remarkable characteristics for biomedical applications. In order to better visualize the internal structures of the animal, the in-line phase-contrast technique was used, where the phase-retrieval algorithm was used together with the filtered backprojection reconstruction algorithm. The use of these imaging and reconstruction techniques allowed access to information on the morphology and development of the internal structures of Thoropa miliaris, providing data regarding their development, from the observation of these tissues.Submitted by Moreno Barros (moreno@ct.ufrj.br) on 2020-10-23T21:54:38Z No. of bitstreams: 1 GabrielFidalgoQueirozDaSilva.pdf: 5011866 bytes, checksum: 6f861335ffc6cbfb39a754b6daa4f3d0 (MD5)Made available in DSpace on 2020-10-23T21:54:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 GabrielFidalgoQueirozDaSilva.pdf: 5011866 bytes, checksum: 6f861335ffc6cbfb39a754b6daa4f3d0 (MD5) Previous issue date: 2019-02porUniversidade Federal do Rio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Engenharia NuclearUFRJBrasilInstituto Alberto Luiz Coimbra de Pós-Graduação e Pesquisa de EngenhariaCNPQ::ENGENHARIAS::ENGENHARIA NUCLEAR::APLICACOES DE RADIOISOTOPOSTomografia computadorizadaContrasteRadiação síncrotronThoropa miliarisProcessamento de imagensDissecção virtual e morfometria do girino Thoropa miliaris usando o algoritmo de recuperação de fase em imagens 3D obtidas com luz síncrotroninfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisabertoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFRJinstname:Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)instacron:UFRJORIGINALGabrielFidalgoQueirozDaSilva.pdfGabrielFidalgoQueirozDaSilva.pdfapplication/pdf3509519http://pantheon.ufrj.br:80/bitstream/11422/13326/3/GabrielFidalgoQueirozDaSilva.pdf263edae5263337308557250784ac6583MD53LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81853http://pantheon.ufrj.br:80/bitstream/11422/13326/2/license.txtdd32849f2bfb22da963c3aac6e26e255MD5211422/133262023-11-30 00:01:43.352oai:pantheon.ufrj.br:11422/13326TElDRU7Dh0EgTsODTy1FWENMVVNJVkEgREUgRElTVFJJQlVJw4fDg08KCkFvIGFzc2luYXIgZSBlbnRyZWdhciBlc3RhIGxpY2Vuw6dhLCB2b2PDqihzKSBvKHMpIGF1dG9yKGVzKSBvdSBwcm9wcmlldMOhcmlvKHMpIGRvcyBkaXJlaXRvcyBhdXRvcmFpcyBjb25jZWRlKG0pIGFvIFJlcG9zaXTDs3JpbyBQYW50aGVvbiBkYSBVbml2ZXJzaWRhZGUgRmVkZXJhbCBkbyBSaW8gZGUgSmFuZWlybyAoVUZSSikgbyBkaXJlaXRvIG7Do28gLSBleGNsdXNpdm8gZGUgcmVwcm9kdXppciwgY29udmVydGVyIChjb21vIGRlZmluaWRvIGFiYWl4byksIGUvb3UgZGlzdHJpYnVpciBvIGRvY3VtZW50byBlbnRyZWd1ZSAoaW5jbHVpbmRvIG8gcmVzdW1vKSBlbSB0b2RvIG8gbXVuZG8sIGVtIGZvcm1hdG8gZWxldHLDtG5pY28gZSBlbSBxdWFscXVlciBtZWlvLCBpbmNsdWluZG8sIG1hcyBuw6NvIGxpbWl0YWRvIGEgw6F1ZGlvIGUvb3UgdsOtZGVvLgoKVm9jw6ogY29uY29yZGEgcXVlIGEgVUZSSiBwb2RlLCBzZW0gYWx0ZXJhciBvIGNvbnRlw7pkbywgdHJhZHV6aXIgYSBhcHJlc2VudGHDp8OjbyBkZSBxdWFscXVlciBtZWlvIG91IGZvcm1hdG8gY29tIGEgZmluYWxpZGFkZSBkZSBwcmVzZXJ2YcOnw6NvLgoKVm9jw6ogdGFtYsOpbSBjb25jb3JkYSBxdWUgYSBVRlJKIHBvZGUgbWFudGVyIG1haXMgZGUgdW1hIGPDs3BpYSBkZXNzYSBzdWJtaXNzw6NvIHBhcmEgZmlucyBkZSBzZWd1cmFuw6dhLCBiYWNrLXVwIGUgcHJlc2VydmHDp8OjbyBkaWdpdGFsLgoKRGVjbGFyYSBxdWUgbyBkb2N1bWVudG8gZW50cmVndWUgw6kgc2V1IHRyYWJhbGhvIG9yaWdpbmFsLCBlIHF1ZSB2b2PDqiB0ZW0gbyBkaXJlaXRvIGRlIGNvbmNlZGVyIG9zIGRpcmVpdG9zIGNvbnRpZG9zIG5lc3RhIGxpY2Vuw6dhLiBWb2PDqiB0YW1iw6ltIGRlY2xhcmEgcXVlIGEgc3VhIGFwcmVzZW50YcOnw6NvLCBjb20gbyBtZWxob3IgZGUgc2V1cyBjb25oZWNpbWVudG9zLCBuw6NvIGluZnJpbmdpIGRpcmVpdG9zIGF1dG9yYWlzIGRlIHRlcmNlaXJvcy4KClNlIG8gZG9jdW1lbnRvIGVudHJlZ3VlIGNvbnTDqW0gbWF0ZXJpYWwgZG8gcXVhbCB2b2PDqiBuw6NvIHRlbSBkaXJlaXRvcyBkZSBhdXRvciwgZGVjbGFyYSBxdWUgb2J0ZXZlIGEgcGVybWlzc8OjbyBpcnJlc3RyaXRhIGRvIGRldGVudG9yIGRvcyBkaXJlaXRvcyBhdXRvcmFpcyBlIGNvbmNlZGUgYSBVRlJKIG9zIGRpcmVpdG9zIHJlcXVlcmlkb3MgcG9yIGVzdGEgbGljZW7Dp2EsIGUgcXVlIGVzc2UgbWF0ZXJpYWwgZGUgcHJvcHJpZWRhZGUgZGUgdGVyY2Vpcm9zIGVzdMOhIGNsYXJhbWVudGUgaWRlbnRpZmljYWRvIGUgcmVjb25oZWNpZG8gbm8gdGV4dG8gb3UgY29udGXDumRvIGRhIHN1Ym1pc3PDo28uCgpTZSBvIGRvY3VtZW50byBlbnRyZWd1ZSDDqSBiYXNlYWRvIGVtIHRyYWJhbGhvIHF1ZSBmb2ksIG91IHRlbSBzaWRvIHBhdHJvY2luYWRvIG91IGFwb2lhZG8gcG9yIHVtYSBhZ8OqbmNpYSBvdSBvdXRybyhzKSBvcmdhbmlzbW8ocykgcXVlIG7Do28gYSBVRlJKLCB2b2PDqiBkZWNsYXJhIHF1ZSBjdW1wcml1IHF1YWxxdWVyIGRpcmVpdG8gZGUgUkVWSVPDg08gb3UgZGUgb3V0cmFzIG9icmlnYcOnw7VlcyByZXF1ZXJpZGFzIHBvciBjb250cmF0byBvdSBhY29yZG8uCgpBIFVGUkogaXLDoSBpZGVudGlmaWNhciBjbGFyYW1lbnRlIG8ocykgc2V1KHMpIG5vbWUocykgY29tbyBhdXRvcihlcykgb3UgcHJvcHJpZXTDoXJpbyhzKSBkYSBzdWJtaXNzw6NvLCBlIG7Do28gZmFyw6EgcXVhbHF1ZXIgYWx0ZXJhw6fDo28sIHBhcmEgYWzDqW0gZGFzIHBlcm1pdGlkYXMgcG9yIGVzdGEgbGljZW7Dp2EsIG5vIGF0byBkZSBzdWJtaXNzw6NvLgo=Repositório de PublicaçõesPUBhttp://www.pantheon.ufrj.br/oai/requestopendoar:2023-11-30T03:01:43Repositório Institucional da UFRJ - Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)false |
dc.title.pt_BR.fl_str_mv |
Dissecção virtual e morfometria do girino Thoropa miliaris usando o algoritmo de recuperação de fase em imagens 3D obtidas com luz síncrotron |
title |
Dissecção virtual e morfometria do girino Thoropa miliaris usando o algoritmo de recuperação de fase em imagens 3D obtidas com luz síncrotron |
spellingShingle |
Dissecção virtual e morfometria do girino Thoropa miliaris usando o algoritmo de recuperação de fase em imagens 3D obtidas com luz síncrotron Silva, Gabriel Fidalgo Queiróz da CNPQ::ENGENHARIAS::ENGENHARIA NUCLEAR::APLICACOES DE RADIOISOTOPOS Tomografia computadorizada Contraste Radiação síncrotron Thoropa miliaris Processamento de imagens |
title_short |
Dissecção virtual e morfometria do girino Thoropa miliaris usando o algoritmo de recuperação de fase em imagens 3D obtidas com luz síncrotron |
title_full |
Dissecção virtual e morfometria do girino Thoropa miliaris usando o algoritmo de recuperação de fase em imagens 3D obtidas com luz síncrotron |
title_fullStr |
Dissecção virtual e morfometria do girino Thoropa miliaris usando o algoritmo de recuperação de fase em imagens 3D obtidas com luz síncrotron |
title_full_unstemmed |
Dissecção virtual e morfometria do girino Thoropa miliaris usando o algoritmo de recuperação de fase em imagens 3D obtidas com luz síncrotron |
title_sort |
Dissecção virtual e morfometria do girino Thoropa miliaris usando o algoritmo de recuperação de fase em imagens 3D obtidas com luz síncrotron |
author |
Silva, Gabriel Fidalgo Queiróz da |
author_facet |
Silva, Gabriel Fidalgo Queiróz da |
author_role |
author |
dc.contributor.advisorLattes.pt_BR.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/8303849011697171 |
dc.contributor.authorLattes.pt_BR.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/1551791767541733 |
dc.contributor.advisorCo1.none.fl_str_mv |
Barroso, Regina Cély Rodrigues |
dc.contributor.advisorCo1Lattes.pt_BR.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/1192737490168244 |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Silva, Gabriel Fidalgo Queiróz da |
dc.contributor.referee1.fl_str_mv |
Gonçalves, Marcos Vinicius Colaço |
dc.contributor.referee2.fl_str_mv |
Silva, Hélio Ricardo da |
dc.contributor.referee3.fl_str_mv |
Archilha, Nathaly Lopes |
dc.contributor.referee4.fl_str_mv |
Lima, Alan Miranda Monteiro de |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Braz, Delson |
contributor_str_mv |
Gonçalves, Marcos Vinicius Colaço Silva, Hélio Ricardo da Archilha, Nathaly Lopes Lima, Alan Miranda Monteiro de Braz, Delson |
dc.subject.cnpq.fl_str_mv |
CNPQ::ENGENHARIAS::ENGENHARIA NUCLEAR::APLICACOES DE RADIOISOTOPOS |
topic |
CNPQ::ENGENHARIAS::ENGENHARIA NUCLEAR::APLICACOES DE RADIOISOTOPOS Tomografia computadorizada Contraste Radiação síncrotron Thoropa miliaris Processamento de imagens |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Tomografia computadorizada Contraste Radiação síncrotron Thoropa miliaris Processamento de imagens |
description |
O uso de anfíbios como modelos experimentais tem grande aplicação na Biologia. Estudos da história natural de anfíbios identificaram claramente atributos que os tornam adequados para manipulações experimentais, mostrando resultados sobre sua diversidade e dados sobre sistemas ecológicos como um todo. A utilização de girinos em pesquisas científicas possui certa importância, que ocorre devido ao fato de, aproximadamente, 75% das espécies anfíbias catalogadas possuírem esse estágio larval de maneira análoga entre si. O objetivo deste trabalho foi apresentar a primeira investigação não invasiva e de alta resolução da morfometria de girinos da espécie anfíbia brasileira Thoropa miliaris, usando microtomografia com luz síncrotron, onde foi criado um protocolo para aquisição de imagens dessas amostras em meio líquido. Foram utilizadas as linhas IMX, no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron, e SYRMEP, no síncrotron Elettra, ambas por possuírem características notáveis para aplicações biomédicas. Para a melhor visualização das estruturas internas do animal, foi utilizada a técnica de contraste de fase em linha e um algoritmo de recuperação de fase foi empregado em conjunto com o algoritmo de reconstrução por retroprojeção filtrada. O uso dessas técnicas de imageamento e reconstrução possibilitou o acesso a informações sobre a morfologia e desenvolvimento das estruturas internas do Thoropa miliaris, fornecendo dados referentes ao seu desenvolvimento, a partir da observação desses tecidos. |
publishDate |
2019 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2019-02 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2020-10-23T21:54:38Z |
dc.date.available.fl_str_mv |
2023-11-30T03:01:43Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
format |
doctoralThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/11422/13326 |
url |
http://hdl.handle.net/11422/13326 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal do Rio de Janeiro |
dc.publisher.program.fl_str_mv |
Programa de Pós-Graduação em Engenharia Nuclear |
dc.publisher.initials.fl_str_mv |
UFRJ |
dc.publisher.country.fl_str_mv |
Brasil |
dc.publisher.department.fl_str_mv |
Instituto Alberto Luiz Coimbra de Pós-Graduação e Pesquisa de Engenharia |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal do Rio de Janeiro |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da UFRJ instname:Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) instacron:UFRJ |
instname_str |
Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) |
instacron_str |
UFRJ |
institution |
UFRJ |
reponame_str |
Repositório Institucional da UFRJ |
collection |
Repositório Institucional da UFRJ |
bitstream.url.fl_str_mv |
http://pantheon.ufrj.br:80/bitstream/11422/13326/3/GabrielFidalgoQueirozDaSilva.pdf http://pantheon.ufrj.br:80/bitstream/11422/13326/2/license.txt |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
263edae5263337308557250784ac6583 dd32849f2bfb22da963c3aac6e26e255 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UFRJ - Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1784097190031917056 |