Identificação de uma possível lectina de Mimosa tenuiflora (Willd.) Poir em bancos de sequências genômicas e modelagem computacional da sua estrutura tridimensional

• Autor(a) principal: Silva, Fernanda de Macêdo
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRN
• Texto Completo: https://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/56016
• topic: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS; Estrutura terciária; Lectina de leguminosa; Estudos genômicos; Tertiary structure; Legume lectin; Genomic studies

As lectinas são proteínas de origem não imune que se ligam de maneira específica a carboidratos. Essas proteínas são encontradas frequentemente em leguminosas, onde desempenham funções como a proteção contra patógenos e insetos. Diante disso, nos últimos anos os pesquisadores vêm despertando o seu interesse sobre as suas possíveis aplicações biotecnológicas para a agricultura. Assim, neste estudo foram utilizadas ferramentas de bioinformática para a prospecção de isoformas de lectinas na Mimosa tenuiflora (Willd.) Poir, uma espécie de leguminosa conhecida popularmente como jurema-preta. Foram pesquisados em banco de dados biológicos sequências do genoma dessa espécie, onde os arquivos fastq com os reads foram baixados com o SRA-Toolkit e submetidos a análise de qualidade com o FastQC. A qualidade dos dados foi melhorada com o software Trimmomatic e normalizados com o BBNorm. Após a obtenção dos dados com qualidade, o genoma da espécie foi montado por meio da abordagem de “montagem de novo” com o programa Velvet, onde posteriormente foi alinhada com a sequência primária de uma lectina da espécie Prosopis alba utilizando a ferramenta tBLASTn, no qual uma das contig apresentou 98% de similaridade, indicando a existência de uma provável lectina. A sequência nucleotídica consenso resultante do alinhamento de todas as contigs foi submetida a modelagem, utilizando dois softwares com abordagens de modelagem distintas, para verificar qual iria predizer a melhor estrutura. O modelo gerado por inteligência artificial, através do programa AlphaFold, foi o que apresentou melhor qualidade em comparação ao modelo do Swiss-model, gerado por homologia. A avaliação de qualidade dos modelos foi realizada através do servidor Swiss-Model, onde foram apreciados os valores de clashscore, rotâmentos desfavoráveis, ligações com comprimentos, ângulos ruins e Gráfico de Ramachandran. O modelo obtido neste trabalho da lectina de jurema-preta pode auxiliar em estudos futuros para uma avaliação mais aprofundada da interação dessa proteína com outras moléculas, contribuindo assim para o avanço do conhecimento nessa área.