Estudo da variabilidade genética do papilomavírus humano e determinação de alvos moleculares para detecção e tipagem

• Autor(a) principal: Cavalcante, Gustavo Henrique Oliveira
• Data de Publicação: 2018
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRN
• Texto Completo: https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/24993
• topic: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA; Diagnóstico; Câncer cervical; PCR; Genotipagem; Evolução molecular

O papilomavírus humano (HPV) é um pequeno vírus de DNA de dupla fita circular, caracterizado como um dos mais comuns agentes sexualmente transmissíveis no mundo, cuja detecção e genotipagem acuradas só são possíveis por meio de técnicas de biologia molecular. Diferentes propriedades biológicas têm sido reportadas dentre os mais de 170 tipos já caracterizados, de maneira que um grupo particular de HPVs está fortemente relacionado a infecções persistentes, lesões intraepiteliais de diferentes graus e progressão para cânceres tais como cervical, anal, vulvar, vaginal, orofaríngeo e de pênis. No presente trabalho foram realizadas análises de variabilidade genética e evolução molecular nos genomas dos principais HPVs de importância clínica. Reconstruções filogenéticas e análises dos perfis de assinatura genética nos genomas de cada genótipo sugeriram a presença de subgrupos de HPVs definidos por diferenças nas sequências dos genes E1, E6, L1 e L2. Testes de evolução em nível de DNA revelaram uma atuação mais forte da seleção natural em códons específicos, mais frequentemente nos genes E1, E2, L1 e L2. A partir dos dados obtidos nas análises de variabilidade, foi desenhado um novo conjunto de primers para a detecção e genotipagem dos HPVs de importância clínica por meio da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR). O gene E1 foi escolhido como alvo molecular devido a presença de uma região conservada com tamanho variável entre genótipos. O sistema proposto teve sua eficiência avaliada in vitro e foi comparado ao protocolo de PCR mais utilizado para detecção do HPV em amostras clínicas. Utilizando a amplificação de ácido nucleico de forma semianinhada (seminested), o sistema proposto foi capaz de detectar com boa sensibilidade alguns dos principais HPVs de alto risco oncogênico e mostrou melhor especificidade em relação aos primers genéricos GP5+/6+, mesmo aplicando uma temperatura de anelamento consideravelmente maior. A análise do tamanho dos fragmentos amplificados usando a separação por eletroforese em gel de agarose pode favorecer a identificação do tipo de HPV presente nas amostras, permitindo a discriminação entre aqueles mais prevalentes na população e a redução do tempo e do custo necessários para a identificação do agente. Opcionalmente, a separação dos produtos em matrizes de alta resolução e o sequenciamento direto podem ser usados para a tipagem, possibilitando a identificação de uma ampla variedade de genótipos de HPV descritos.