Metagenoma do músculo caudal de um exemplar do camarão Penaeus vannamei infectado pelo vírus da síndrome da mancha branca

• Autor(a) principal: Soares, Paulo Eduardo Toscano
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRN
• Texto Completo: https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/27709
• topic: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS; Camarão da pata branca; Microbiota; Metagenômica shotgun; WSSV; Metagenômica viral

O camarão de patas brancas (Penaeus vannamei) é a espécie mais cultivada na aquicultura mundial. O cultivo comercial geralmente ocorre em densidades altas, o que pode resultar na seleção de patógenos virulentos e surtos de doenças. Assim, estratégias de monitoramento da microbiota nos cultivos tornam-se necessárias e, neste contexto, o uso de metagenômica tem sido sugerido na aquicultura. A metagenômica shotgun é capaz de recuperar a informação genômica do hospedeiro e microbiota associada, incluindo vírus, permitindo descobrir sua composição taxonômica e funcional. Neste estudo foram analisados dados de sequenciamento shotgun do músculo caudal de um espécime de P. vannamei infectado pelo vírus da síndrome da mancha branca (WSSV), com o intuito de prospectar sequências e informações do metagenoma. Classificações taxonômicas e funcionais foram realizadas para se obter os respectivos perfis dos dados. P. vannamei e WSSV foram os organismos mais abundantes na classificação taxonômica. A classificação funcional foi realizada através do software MEGAN, mostrando várias funções relacionadas com as vias metabólicas de carboidratos, lipídios e proteínas, além de funções relacionadas com virulência (liberação da latência viral, integrase, CRISPR associated helicase, cas3 e resistência a acriflavina). Uma classificação taxonômica a partir do BLASTx realizada via MEGAN apresentou resultados similares aos da classificação usando BLASTn, reforçando-os. Os resultados do BLASTn guiaram a montagem do genoma mitocondrial completo do P. vannamei, no qual foi feito um estudo preliminar de caracterização da região d-loop e avaliação do seu potencial de barcoding. Também neste estudo foram anotados 287 contigs para P. vannamei, ainda sem um genoma de referência disponível. Por fim, este estudo revelou baixa diversidade taxonômica e funcional no músculo do camarão, além da caracterização do d-loop mitocondrial da espécie P. vannamei.