Espectroscopia de infravermelho e de fluorescência molecular em conjunto com análise multivariada na detecção de arbovírus em mosquitos Aedes aegypti e amostras clínicas
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Data de Publicação: | 2022 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFRN |
Texto Completo: | https://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/49436 |
Resumo: | Doenças virais estão entre os principais problemas de saúde pública, podendo-se destacar os arbovírus, que estão entre os vírus que mais infectam seres humanos, com uma estimativa de que 3 bilhões de pessoas morem em áreas de risco de infecção. O objetivo deste trabalho foi avaliar a aplicação de técnicas espectroscópicas na detecção de arbovírus em mosquitos Aedes aegypti e amostras clínicas. Nos trabalhos descritos aqui, a espectroscopia de fluorescência molecular foi aplicada em conjunto com as técnicas de análise multivariada PARAFAC-LDA, PARAFAC-QDA e NPLS-DA, como uma nova metodologia sensível, específica, rápida, simples e capaz de identificar variações espectrais entre amostras clínicas com e sem os vírus da dengue e chikungunya. Para isso, foram utilizadas as matrizes de excitação-emissão (EEM) de 26 amostras para cada classe (saudável x dengue x chikungunya), totalizando 78 amostras. As amostras foram divididas em conjuntos de calibração e teste e, após a construção dos modelos, os resultados foram analisados com base em cálculos de exatidão, sensibilidade, especificidade e precisão. Foi observado que o modelo mais eficiente no trabalho de classificação foi o PARAFAC-QDA, obtendo o valor máximo para todas as figuras de mérito calculadas. PARAFAC-LDA e NPLS-DA também alcançaram resultados animadores. Os pesos capturados no PARAFAC foram fornecidos e podem ser utilizados em estudos futuros para comprovar a relação (ou não) dos dados espectrais com a presença dos vírus. Em outro estudo, foram utilizados espectros de infravermelho (NIR e MIR) em conjunto com os algoritmos de seleção de variáveis SPA e GA com o objetivo de selecionar números de onda capazes de discriminar mosquitos Aedes aegypti fêmeas infectados com dengue (n = 32) de mosquitos não infectados (n = 66). Para isso foram construídos modelos SPA-LDA e GA-LDA para as duas técnicas (NIR e ATR-FTIR). Os modelos construídos foram avaliados com base nos cálculos de sensibilidade e especificidade, sendo observado que tanto para SPA-LDA quanto para GA-LDA, os modelos baseados nos espectros NIR obtiveram melhores valores de classificação alcançando 82.65 % de sensibilidade e especificidade para NIR-SPA-LDA; e 100.00 % de sensibilidade e especificidade para NIR-GA-LDA. Observou-se que matrizes EEM têm potencial para serem utilizadas como triagem ou diagnóstico de arbovírus, possuindo vantagens quando comparadas às técnicas mais convencionais e, futuramente, será possível contar com instrumentos portáteis de NIR no trabalho da vigilância entomológica e previsão de surtos de dengue. Por fim, as técnicas desenvolvidas nestes estudos demonstraram ser até 25,71 vezes mais rápida e 29,97 vezes mais barata que RTPCR. |
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Santos, Marfran Claudino Domingos doshttp://lattes.cnpq.br/7043437196766535https://orcid.org/0000-0002-3827-3800http://lattes.cnpq.br/6928918856031880Menezes, Fabricio Gavahttps://orcid.org/0000-0003-2153-1647http://lattes.cnpq.br/2848745987784319Santos, Luciene da SilvaGoicoechea, Hector CasimiroSilva, Robinson Sabino daLima2022-09-27T19:17:44Z2022-09-27T19:17:44Z2022-07-26SANTOS, Marfran Claudino Domingos dos. Espectroscopia de infravermelho e de fluorescência molecular em conjunto com análise multivariada na detecção de arbovírus em mosquitos Aedes aegypti e amostras clínicas. 2022. 163f. Tese (Doutorado em Química) - Centro de Ciências Exatas e da Terra, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2022.https://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/49436Doenças virais estão entre os principais problemas de saúde pública, podendo-se destacar os arbovírus, que estão entre os vírus que mais infectam seres humanos, com uma estimativa de que 3 bilhões de pessoas morem em áreas de risco de infecção. O objetivo deste trabalho foi avaliar a aplicação de técnicas espectroscópicas na detecção de arbovírus em mosquitos Aedes aegypti e amostras clínicas. Nos trabalhos descritos aqui, a espectroscopia de fluorescência molecular foi aplicada em conjunto com as técnicas de análise multivariada PARAFAC-LDA, PARAFAC-QDA e NPLS-DA, como uma nova metodologia sensível, específica, rápida, simples e capaz de identificar variações espectrais entre amostras clínicas com e sem os vírus da dengue e chikungunya. Para isso, foram utilizadas as matrizes de excitação-emissão (EEM) de 26 amostras para cada classe (saudável x dengue x chikungunya), totalizando 78 amostras. As amostras foram divididas em conjuntos de calibração e teste e, após a construção dos modelos, os resultados foram analisados com base em cálculos de exatidão, sensibilidade, especificidade e precisão. Foi observado que o modelo mais eficiente no trabalho de classificação foi o PARAFAC-QDA, obtendo o valor máximo para todas as figuras de mérito calculadas. PARAFAC-LDA e NPLS-DA também alcançaram resultados animadores. Os pesos capturados no PARAFAC foram fornecidos e podem ser utilizados em estudos futuros para comprovar a relação (ou não) dos dados espectrais com a presença dos vírus. Em outro estudo, foram utilizados espectros de infravermelho (NIR e MIR) em conjunto com os algoritmos de seleção de variáveis SPA e GA com o objetivo de selecionar números de onda capazes de discriminar mosquitos Aedes aegypti fêmeas infectados com dengue (n = 32) de mosquitos não infectados (n = 66). Para isso foram construídos modelos SPA-LDA e GA-LDA para as duas técnicas (NIR e ATR-FTIR). Os modelos construídos foram avaliados com base nos cálculos de sensibilidade e especificidade, sendo observado que tanto para SPA-LDA quanto para GA-LDA, os modelos baseados nos espectros NIR obtiveram melhores valores de classificação alcançando 82.65 % de sensibilidade e especificidade para NIR-SPA-LDA; e 100.00 % de sensibilidade e especificidade para NIR-GA-LDA. Observou-se que matrizes EEM têm potencial para serem utilizadas como triagem ou diagnóstico de arbovírus, possuindo vantagens quando comparadas às técnicas mais convencionais e, futuramente, será possível contar com instrumentos portáteis de NIR no trabalho da vigilância entomológica e previsão de surtos de dengue. Por fim, as técnicas desenvolvidas nestes estudos demonstraram ser até 25,71 vezes mais rápida e 29,97 vezes mais barata que RTPCR.Viral diseases are among the main public health problems, especially arboviruses, which are among the viruses that most infect humans, with an estimated 3 billion people living in areas at risk of infection. The aim of this research was to evaluate the application of spectroscopic techniques in the detection of arboviruses in Aedes aegypti mosquitoes and clinical samples. In the described studies, on this thesis, molecular fluorescence spectroscopy was applied together with the multivariate analysis techniques PARAFAC-LDA, PARAFAC-QDA, and NPLS-DA, as a new sensitive, specific, fast, simple methodology capable of identifying spectral variations between clinical samples with and without dengue and chikungunya viruses. To get this, Excitation-Emission Matrix (EEM) of 26 samples for each class (healthy x dengue x chikungunya) were used, totaling 78 samples. The samples were divided into calibration and test sets and, after building the models, the results were analyzed based on calculations of accuracy, sensitivity, specificity, and F-score. It was observed that the most efficient model in the classification work was the PARAFAC-QDA, obtaining the maximum value for all the calculated figures. PARAFAC-LDA and NPLS-DA also achieved encouraging results. The loadings captured in PARAFAC were provided and can be used in future studies to prove the relationship (or not) of the spectral data with the presence of viruses. In another study, infrared spectra (NIR and MIR) were used together with the SPA and GA variable selection algorithms, to select wave numbers capable of discriminating female Aedes aegypti mosquitoes infected with dengue (n = 32) from uninfected mosquitoes (n = 66). For this, SPA-LDA and GA-LDA models were constructed for the two techniques (NIR and ATR-FTIR). The built models were evaluated based on sensitivity and specificity calculations, and it was observed that for both SPA-LDA and GA-LDA, the models based on NIR spectra obtained better classification values, reaching 82.65 % of sensitivity and specificity for NIR-SPA-LDA; and 100.00 % for sensitivity and specificity for NIR-GA-LDA. It was observed that EEM matrices have the potential to be used as screening or diagnosis of arboviruses, having advantages when compared to more conventional techniques and, in the future, it will be possible to rely on portable NIR instruments in the work of entomological surveillance and prediction of dengue outbreaks. Finally, the techniques developed in these studies proved to be up to 25.71 times faster and 29.97 times cheaper than RT-PCR.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPqUniversidade Federal do Rio Grande do NortePROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM QUÍMICAUFRNBrasilCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::QUIMICAEspectroscopia de fluorescência molecularDetecção de arbovírusVigilância entomológicaEspectroscopia NIRClassificação multivariadaEspectroscopia de infravermelho e de fluorescência molecular em conjunto com análise multivariada na detecção de arbovírus em mosquitos Aedes aegypti e amostras clínicasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFRNinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN)instacron:UFRNORIGINALEspectroscopiainfravermelhofluorescencia_Santos_2022.pdfapplication/pdf14881989https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/49436/1/Espectroscopiainfravermelhofluorescencia_Santos_2022.pdf79ca3f89b60a7e40cf918545adee5238MD51123456789/494362022-09-27 16:18:21.236oai:https://repositorio.ufrn.br:123456789/49436Repositório de PublicaçõesPUBhttp://repositorio.ufrn.br/oai/opendoar:2022-09-27T19:18:21Repositório Institucional da UFRN - Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN)false |
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Doenças virais estão entre os principais problemas de saúde pública, podendo-se destacar os arbovírus, que estão entre os vírus que mais infectam seres humanos, com uma estimativa de que 3 bilhões de pessoas morem em áreas de risco de infecção. O objetivo deste trabalho foi avaliar a aplicação de técnicas espectroscópicas na detecção de arbovírus em mosquitos Aedes aegypti e amostras clínicas. Nos trabalhos descritos aqui, a espectroscopia de fluorescência molecular foi aplicada em conjunto com as técnicas de análise multivariada PARAFAC-LDA, PARAFAC-QDA e NPLS-DA, como uma nova metodologia sensível, específica, rápida, simples e capaz de identificar variações espectrais entre amostras clínicas com e sem os vírus da dengue e chikungunya. Para isso, foram utilizadas as matrizes de excitação-emissão (EEM) de 26 amostras para cada classe (saudável x dengue x chikungunya), totalizando 78 amostras. As amostras foram divididas em conjuntos de calibração e teste e, após a construção dos modelos, os resultados foram analisados com base em cálculos de exatidão, sensibilidade, especificidade e precisão. Foi observado que o modelo mais eficiente no trabalho de classificação foi o PARAFAC-QDA, obtendo o valor máximo para todas as figuras de mérito calculadas. PARAFAC-LDA e NPLS-DA também alcançaram resultados animadores. Os pesos capturados no PARAFAC foram fornecidos e podem ser utilizados em estudos futuros para comprovar a relação (ou não) dos dados espectrais com a presença dos vírus. Em outro estudo, foram utilizados espectros de infravermelho (NIR e MIR) em conjunto com os algoritmos de seleção de variáveis SPA e GA com o objetivo de selecionar números de onda capazes de discriminar mosquitos Aedes aegypti fêmeas infectados com dengue (n = 32) de mosquitos não infectados (n = 66). Para isso foram construídos modelos SPA-LDA e GA-LDA para as duas técnicas (NIR e ATR-FTIR). Os modelos construídos foram avaliados com base nos cálculos de sensibilidade e especificidade, sendo observado que tanto para SPA-LDA quanto para GA-LDA, os modelos baseados nos espectros NIR obtiveram melhores valores de classificação alcançando 82.65 % de sensibilidade e especificidade para NIR-SPA-LDA; e 100.00 % de sensibilidade e especificidade para NIR-GA-LDA. Observou-se que matrizes EEM têm potencial para serem utilizadas como triagem ou diagnóstico de arbovírus, possuindo vantagens quando comparadas às técnicas mais convencionais e, futuramente, será possível contar com instrumentos portáteis de NIR no trabalho da vigilância entomológica e previsão de surtos de dengue. Por fim, as técnicas desenvolvidas nestes estudos demonstraram ser até 25,71 vezes mais rápida e 29,97 vezes mais barata que RTPCR. |
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