Diversidade genômica de isolados com origem clínica distinta de Leishmania infantum do Estado do Rio Grande do Norte
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Data de Publicação: | 2015 |
Tipo de documento: | Dissertação |
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Título da fonte: | Repositório Institucional da UFRN |
Texto Completo: | https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/20327 |
Resumo: | A Leishmaniose é uma doença infecciosa que até o momento não possui uma vacina capaz de eliminar o parasita do hospedeiro, sendo tratada apenas por meio de drogas pouco eficientes e de alto custo. Essa doença normalmente se apresenta formando ulcerações na pele, mucosas e vísceras. Os países mais atingidos por esse parasita encontram-se nas regiões tropicais do planeta, e afeta aproximadamente dois milhões de pessoas a cada ano. Acredita-se que no continente americano a espécie Leishmania infantum tenha sido introduzida pelos imigrantes durante o processo de colonização dos países da América Central e do Sul. Nas últimas décadas, estudos vêm mostrando que a expansão urbana associada com o fluxo de pessoas para regiões muito povoadas estão contribuindo para uma expansão no número de reservatórios para o parasita, influenciando uma maior variação de suas características gênicas. Tais variações genéticas vêm sendo associadas ao perfil sintomatológico dos parasitas em seus hospedeiros, principalmente humanos. No estado do Rio Grande do Norte, Brasil, foram isolados e sequenciados o genoma de 20 cepas de L. infantum as quais apresentaram diferentes padrões sintomatológicos (sintomático e assintomático) e com diferentes períodos de isolamento, 5 na década de 1990 e 15 nos anos recentes. Apesar dos diferentes padrões clínicos o genoma dos isolados apresentaram alto grau de identidade entre si, até mesmo os isolados da década de 90 quando comparados com os recentes. Entretanto, as poucas variações foram suficientes para a identificação de padrões de agrupamentos dos isolados por meio de análises de componentes principais, mostrando que os isolados dos anos recentes se encontram mais homogêneos na população. Análises de reconstrução filogenética utilizando métodos Bayesianos foram realizadas e observou-se a manutenção nos padrões de agrupamento já vistos nos resultados anteriores, além disso foi gerado um expanded bayesian skyline plot por onde foi possível constatar o crescimento da população genômica de L. infantum quando comparado com a década de 1990. Foram observadas alterações no número de cópias cromossômicas em todos os isolados, entretanto apenas o cromossomo 31 se apresentou como exclusivamente trissômico. O presente trabalho apresenta indícios de padrões nos genomas de isolados de L. infantum relacionando-os às características clínicas dos hospedeiros. |
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Os países mais atingidos por esse parasita encontram-se nas regiões tropicais do planeta, e afeta aproximadamente dois milhões de pessoas a cada ano. Acredita-se que no continente americano a espécie Leishmania infantum tenha sido introduzida pelos imigrantes durante o processo de colonização dos países da América Central e do Sul. Nas últimas décadas, estudos vêm mostrando que a expansão urbana associada com o fluxo de pessoas para regiões muito povoadas estão contribuindo para uma expansão no número de reservatórios para o parasita, influenciando uma maior variação de suas características gênicas. Tais variações genéticas vêm sendo associadas ao perfil sintomatológico dos parasitas em seus hospedeiros, principalmente humanos. No estado do Rio Grande do Norte, Brasil, foram isolados e sequenciados o genoma de 20 cepas de L. infantum as quais apresentaram diferentes padrões sintomatológicos (sintomático e assintomático) e com diferentes períodos de isolamento, 5 na década de 1990 e 15 nos anos recentes. Apesar dos diferentes padrões clínicos o genoma dos isolados apresentaram alto grau de identidade entre si, até mesmo os isolados da década de 90 quando comparados com os recentes. Entretanto, as poucas variações foram suficientes para a identificação de padrões de agrupamentos dos isolados por meio de análises de componentes principais, mostrando que os isolados dos anos recentes se encontram mais homogêneos na população. Análises de reconstrução filogenética utilizando métodos Bayesianos foram realizadas e observou-se a manutenção nos padrões de agrupamento já vistos nos resultados anteriores, além disso foi gerado um expanded bayesian skyline plot por onde foi possível constatar o crescimento da população genômica de L. infantum quando comparado com a década de 1990. Foram observadas alterações no número de cópias cromossômicas em todos os isolados, entretanto apenas o cromossomo 31 se apresentou como exclusivamente trissômico. O presente trabalho apresenta indícios de padrões nos genomas de isolados de L. infantum relacionando-os às características clínicas dos hospedeiros.Leishmaniasis is a complex of diseases with no preventable or therapeutic vaccine available. There is only a small set of drugs for treatment of these diseases, which evolve with distinct clinical outcomes from skin ulcers, to mucosal involvement or visceralization. The type of clinical presentation usually is associated with the infecting species of Leishmania. Leishmania infantum is the visceralizing species, causing visceral leishmaniasis, in Latin America, Europe and northern Africa and was introduced in the Americas by Europeans during colonization. Visceral leishmaniasis used to be a sporadic disease found in rural areas Northeast of Brazil, however with urbanization, outbreaks have been reported in periurban areas of major cities. L. infantum infection can evolve with control of the parasite without apparent clinical symptoms, with only a minority developing symptomatic disease. The reasons why one evolve with selfresolution and others develop full blown disease is not entirely understood, but seems to include host genetic susceptibility, comorbidity, sand fly exposure and potentially genetic variation in the infecting Leishmania species. Our ongoing study, have shown structural genome variations in several clinical Leishmania isolates obtained from people infected in the State of Rio Grande do Norte. Despite the different clinical patterns, the isolates´ genomes showed a high identity degree to each other, even the ones isolated from the 90 compared with the latest. However, the few found changes were sufficient for the isolation of the distinct groups by a principal component analysis, showing that the isolates from more recent years are more homogeneous among the population. Phylogenetic analyzes using Bayesian reconstruction methods have been made and supported the grouping patterns already seen in the foregoing results. Moreover by an Expanded Bayesian Skyline Plot it was possible to observe the growth of the genomic population of L. infantum compared with the 1990s. Changes were observed in the number of chromosome copies in all strains, but only chromosome 31 is presented as exclusively trisomic. This work presents evidence on patterns of L. infantum isolated genomes relating them to clinical characteristics of their hosts.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)porUniversidade Federal do Rio Grande do NortePROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOQUÍMICAUFRNBrasilCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICADoença infecciosaLeishmania infantumGenomaEvoluçãoPloidiaDiversidade genômica de isolados com origem clínica distinta de Leishmania infantum do Estado do Rio Grande do Norteinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFRNinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN)instacron:UFRNORIGINALDiversidadeGenômicaIsolados_Teixeira_2015.pdfDiversidadeGenômicaIsolados_Teixeira_2015.pdfapplication/pdf3872056https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/20327/1/DiversidadeGen%c3%b4micaIsolados_Teixeira_2015.pdf9acf7f7aa9222db61423a13b22efb023MD51TEXTDiegoGomesTeixeira_DISSERT.pdf.txtDiegoGomesTeixeira_DISSERT.pdf.txtExtracted texttext/plain106757https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/20327/6/DiegoGomesTeixeira_DISSERT.pdf.txt9a4c9ca18d633510f0fab45959c7fac7MD56DiversidadeGenômicaIsolados_Teixeira_2015.pdf.txtDiversidadeGenômicaIsolados_Teixeira_2015.pdf.txtExtracted texttext/plain106757https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/20327/8/DiversidadeGen%c3%b4micaIsolados_Teixeira_2015.pdf.txt9a4c9ca18d633510f0fab45959c7fac7MD58THUMBNAILDiegoGomesTeixeira_DISSERT.pdf.jpgDiegoGomesTeixeira_DISSERT.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg2595https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/20327/7/DiegoGomesTeixeira_DISSERT.pdf.jpg7b9c89e650be291de604781983c81930MD57DiversidadeGenômicaIsolados_Teixeira_2015.pdf.jpgDiversidadeGenômicaIsolados_Teixeira_2015.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg2595https://repositorio.ufrn.br/bitstream/123456789/20327/9/DiversidadeGen%c3%b4micaIsolados_Teixeira_2015.pdf.jpg7b9c89e650be291de604781983c81930MD59123456789/203272019-01-30 06:11:32.541oai:https://repositorio.ufrn.br:123456789/20327Repositório de PublicaçõesPUBhttp://repositorio.ufrn.br/oai/opendoar:2019-01-30T09:11:32Repositório Institucional da UFRN - Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN)false |
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A Leishmaniose é uma doença infecciosa que até o momento não possui uma vacina capaz de eliminar o parasita do hospedeiro, sendo tratada apenas por meio de drogas pouco eficientes e de alto custo. Essa doença normalmente se apresenta formando ulcerações na pele, mucosas e vísceras. Os países mais atingidos por esse parasita encontram-se nas regiões tropicais do planeta, e afeta aproximadamente dois milhões de pessoas a cada ano. Acredita-se que no continente americano a espécie Leishmania infantum tenha sido introduzida pelos imigrantes durante o processo de colonização dos países da América Central e do Sul. Nas últimas décadas, estudos vêm mostrando que a expansão urbana associada com o fluxo de pessoas para regiões muito povoadas estão contribuindo para uma expansão no número de reservatórios para o parasita, influenciando uma maior variação de suas características gênicas. Tais variações genéticas vêm sendo associadas ao perfil sintomatológico dos parasitas em seus hospedeiros, principalmente humanos. No estado do Rio Grande do Norte, Brasil, foram isolados e sequenciados o genoma de 20 cepas de L. infantum as quais apresentaram diferentes padrões sintomatológicos (sintomático e assintomático) e com diferentes períodos de isolamento, 5 na década de 1990 e 15 nos anos recentes. Apesar dos diferentes padrões clínicos o genoma dos isolados apresentaram alto grau de identidade entre si, até mesmo os isolados da década de 90 quando comparados com os recentes. Entretanto, as poucas variações foram suficientes para a identificação de padrões de agrupamentos dos isolados por meio de análises de componentes principais, mostrando que os isolados dos anos recentes se encontram mais homogêneos na população. Análises de reconstrução filogenética utilizando métodos Bayesianos foram realizadas e observou-se a manutenção nos padrões de agrupamento já vistos nos resultados anteriores, além disso foi gerado um expanded bayesian skyline plot por onde foi possível constatar o crescimento da população genômica de L. infantum quando comparado com a década de 1990. Foram observadas alterações no número de cópias cromossômicas em todos os isolados, entretanto apenas o cromossomo 31 se apresentou como exclusivamente trissômico. O presente trabalho apresenta indícios de padrões nos genomas de isolados de L. infantum relacionando-os às características clínicas dos hospedeiros. |
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