Identificação de madeiras nativas por DNA Barcode

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Borges, Kelly Carla Almeida de Souza
Data de Publicação: 2016
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRRJ
Texto Completo: https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/9399
Resumo: O DNA Barcode é uma tecnologia em que se utiliza um fragmento de DNA para identificar espécies de forma rápida e precisa. Devido a grande dificuldade encontrada para identificar madeiras nativas, principalmente, se as mesmas estiverem secas e processadas, o presente trabalho teve como objetivo verificar a possibilidade de extrair, amplificar e sequenciar o DNA de madeira de cerne seco de espécies nativas comercializadas no Estado do Rio de Janeiro, grande consumidor de madeira. As madeiras estudadas foram: amarelão (Aspidosperma vargasii), araracanga (Aspidosperma desmanthum), caju-açu (Anacardium giganteum), cedro (Cedrela odorata), cerejeira (Amburana acreana), cumaru (Dypterix odorata), peroba-mica (Aspidosperma macrocarpon), piquiarana (Caryocar glabrum), roxinho (Peltogyne confertiflora) e seru (Allantona lineata). As características anatômicas da madeira macroscópicas das madeiras foram verificadas com auxílio de lupa (aumento de 10x) e por microscopia eletrônica de varredura (MEV). A extração de DNA foi conduzida por meio de teste de cinco protocolos e com seis repetições. Por tratar-se de material degradado, o DNA foi amplificado com enzima Taq polimerase Platinum para aumentar a eficiência da amplificação. O gene escolhido como marcador foi o rbcL, gene de região conservada. As etapas de purificação e sequenciamento das amostras foram conduzidas pela empresa Macrogen (Seoul, Coreia do Sul). O melhor protocolo para extração de DNA de cerne seco foi o kit Qiagen (protocolo 2) e para essa técnica o grau de pureza das amostras é mais importante que maiores concentrações de DNA. Foi possível amplificar o DNA de todas as amostras e identificar a sequência ―DNA Barcode‖ para as espécies amarelão (Aspidosperma vargasii), cumaru (Dypterix odorata) e seru (Allantona lineata). Para as demais espécies, não houve variação que permitisse selecionar a sequência Barcode, mas as sequências obtidas foram listadas, já que o sequenciamento das mesmas ainda não tinha sido citado na literatura. O resultado encontrado no presente trabalho pode ser utilizado como uma ferramenta de identificação de madeiras tanto no âmbito da fiscalização florestal, quanto para agregar valor ao comércio madeireiro através de certificação de madeiras identificadas por métodos moleculares.
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Tese (Doutorado em Ciências Ambientais e Florestais) - Instituto de Florestas, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica, 2016.https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/9399O DNA Barcode é uma tecnologia em que se utiliza um fragmento de DNA para identificar espécies de forma rápida e precisa. Devido a grande dificuldade encontrada para identificar madeiras nativas, principalmente, se as mesmas estiverem secas e processadas, o presente trabalho teve como objetivo verificar a possibilidade de extrair, amplificar e sequenciar o DNA de madeira de cerne seco de espécies nativas comercializadas no Estado do Rio de Janeiro, grande consumidor de madeira. As madeiras estudadas foram: amarelão (Aspidosperma vargasii), araracanga (Aspidosperma desmanthum), caju-açu (Anacardium giganteum), cedro (Cedrela odorata), cerejeira (Amburana acreana), cumaru (Dypterix odorata), peroba-mica (Aspidosperma macrocarpon), piquiarana (Caryocar glabrum), roxinho (Peltogyne confertiflora) e seru (Allantona lineata). As características anatômicas da madeira macroscópicas das madeiras foram verificadas com auxílio de lupa (aumento de 10x) e por microscopia eletrônica de varredura (MEV). A extração de DNA foi conduzida por meio de teste de cinco protocolos e com seis repetições. Por tratar-se de material degradado, o DNA foi amplificado com enzima Taq polimerase Platinum para aumentar a eficiência da amplificação. O gene escolhido como marcador foi o rbcL, gene de região conservada. As etapas de purificação e sequenciamento das amostras foram conduzidas pela empresa Macrogen (Seoul, Coreia do Sul). O melhor protocolo para extração de DNA de cerne seco foi o kit Qiagen (protocolo 2) e para essa técnica o grau de pureza das amostras é mais importante que maiores concentrações de DNA. Foi possível amplificar o DNA de todas as amostras e identificar a sequência ―DNA Barcode‖ para as espécies amarelão (Aspidosperma vargasii), cumaru (Dypterix odorata) e seru (Allantona lineata). Para as demais espécies, não houve variação que permitisse selecionar a sequência Barcode, mas as sequências obtidas foram listadas, já que o sequenciamento das mesmas ainda não tinha sido citado na literatura. O resultado encontrado no presente trabalho pode ser utilizado como uma ferramenta de identificação de madeiras tanto no âmbito da fiscalização florestal, quanto para agregar valor ao comércio madeireiro através de certificação de madeiras identificadas por métodos moleculares.DNA barcode is a DNA fragment to identify species quickly and accurately. Considering the difficulty to identify native woods, especially if they are dry and processed, this study aimed to verify the possibility of extracting, amplifying and sequencing the DNA of dry heartwood of species commercialized in Rio de Janeiro. The studied woods were: Aspidosperma vargasii, Aspidosperma desmanthum, Anacardium giganteum, Cedrela odorata, Amburana acreana, Dypterix odorata, Aspidosperma macrocarpon, Caryocar glabrum, Peltogyne confertiflora and Allantona lineata. The anatomical characteristics of the macroscopic wood woods were checked with magnifying aid (10X magnification) and scanning electron microscopy (SEM). The DNA extraction was conducted using five test protocols and six replicates. Because it is degraded material, the DNA was amplified with Platinum Taq polymerase enzyme to increase amplification efficiency. The gene chosen as a marker was the rbcL, conserved region gene. The steps of purification and sequencing of the samples were conducted by Macrogen company (Seoul, South Korea). The best protocol for dry heartwood DNA was extracted using Qiagen kit (protocol 2) and for this technique, the purity of samples is more important that increased concentrations of DNA. It was possible to amplify DNA from all samples and identify the sequence "DNA barcode" for Aspidosperma vargasii, Dypterix odorata and Allantona lineata. For other species, allowing no variation select the barcode sequence, but the listed sequences were obtained, since the same sequence had not yet been reported in the literature. The results found in this study can be used as a timber identification tool both in the forest inspection, and to add value to timber trade through certification woods identified by molecular methods.application/pdfporUniversidade Federal Rural do Rio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Ciências Ambientais e FlorestaisUFRRJBrasilInstituto de FlorestasCernerbcLSequenciamentoHeartwoodSequencingRecursos Florestais e Engenharia FlorestalIdentificação de madeiras nativas por DNA BarcodeIdentification of brazilian woods by DNA Barcodeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisABNT NBR 14790. Manejo florestal sustentável – Cadeia de custódia – Requisitos. 2014. ALBERTS, B.; JOHNSON, A.; LEWIS, J.; RAFF, M.; ROBERTS, K.; WALTER, P. Molecular Biology of the Cell, 5th edition. New York: Garland Science, 1728p., 2007. ARAUJO, P.A.M.; MATTOS FILHO, A. A importância da anatomia do lenho para a comercialização da madeira. Rodriguésia, ano XXXII, nº 53, 1980. 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description O DNA Barcode é uma tecnologia em que se utiliza um fragmento de DNA para identificar espécies de forma rápida e precisa. Devido a grande dificuldade encontrada para identificar madeiras nativas, principalmente, se as mesmas estiverem secas e processadas, o presente trabalho teve como objetivo verificar a possibilidade de extrair, amplificar e sequenciar o DNA de madeira de cerne seco de espécies nativas comercializadas no Estado do Rio de Janeiro, grande consumidor de madeira. As madeiras estudadas foram: amarelão (Aspidosperma vargasii), araracanga (Aspidosperma desmanthum), caju-açu (Anacardium giganteum), cedro (Cedrela odorata), cerejeira (Amburana acreana), cumaru (Dypterix odorata), peroba-mica (Aspidosperma macrocarpon), piquiarana (Caryocar glabrum), roxinho (Peltogyne confertiflora) e seru (Allantona lineata). As características anatômicas da madeira macroscópicas das madeiras foram verificadas com auxílio de lupa (aumento de 10x) e por microscopia eletrônica de varredura (MEV). A extração de DNA foi conduzida por meio de teste de cinco protocolos e com seis repetições. Por tratar-se de material degradado, o DNA foi amplificado com enzima Taq polimerase Platinum para aumentar a eficiência da amplificação. O gene escolhido como marcador foi o rbcL, gene de região conservada. As etapas de purificação e sequenciamento das amostras foram conduzidas pela empresa Macrogen (Seoul, Coreia do Sul). O melhor protocolo para extração de DNA de cerne seco foi o kit Qiagen (protocolo 2) e para essa técnica o grau de pureza das amostras é mais importante que maiores concentrações de DNA. Foi possível amplificar o DNA de todas as amostras e identificar a sequência ―DNA Barcode‖ para as espécies amarelão (Aspidosperma vargasii), cumaru (Dypterix odorata) e seru (Allantona lineata). Para as demais espécies, não houve variação que permitisse selecionar a sequência Barcode, mas as sequências obtidas foram listadas, já que o sequenciamento das mesmas ainda não tinha sido citado na literatura. O resultado encontrado no presente trabalho pode ser utilizado como uma ferramenta de identificação de madeiras tanto no âmbito da fiscalização florestal, quanto para agregar valor ao comércio madeireiro através de certificação de madeiras identificadas por métodos moleculares.
publishDate 2016
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dc.identifier.citation.fl_str_mv BORGES, Kelly Carla Almeida de Souza. Identificação de madeiras nativas por DNA Barcode. 2016. 73 f. Tese (Doutorado em Ciências Ambientais e Florestais) - Instituto de Florestas, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica, 2016.
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