Caracterização molecular de germoplasma de patchouli (Pogostemon sp.) por marcadores RAPD
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Data de Publicação: | 2013 |
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Tipo de documento: | Artigo |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFS |
Texto Completo: | https://ri.ufs.br/handle/riufs/1570 |
Resumo: | O patchouli (Pogostemon sp.) é uma planta herbácea, pertencente a família Lamiaceae, cujo óleo essencial é utilizado na indústria de cosméticos e perfumaria. O trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genética de acessos de patchouli do Banco Ativo de Germoplasma da UFS por meio de marcadores RAPD. Para a caracterização molecular foram utilizados os acessos POG-001, POG-002, POG-006, POG-014, POG-015, POG-016, POG-017, POG-019, POG-021 e POG-022. Foram coletadas folhas jovens dos acessos para a extração de DNA. A seguir, procedeu-se a purificação e amplificação utilizando 11 oligonucleotídeos, sendo os produtos separados em gel de agarose 1% corados com brometo de etídio e visualizados sob luz UV. A similaridade genética entre os acessos foi calculada pelo coeficiente de similaridade de Jaccard e a construção do dendrograma realizada utilizando-se o método de agrupamento de médias aritméticas não ponderadas – UPGMA. A análise genética por meio de marcadores RAPD possibilitou a separação dos acessos de patchouli em quatro grupos. Houve variabilidade genética entre os acessos avaliados._________________________________________________________________________________________ ABSTRACT: The patchouli (Pogostemon sp.) is a herbaceous plant belonging to the Lamiaceae family, whose essential oil is widely used in cosmetics and perfumery. The study aimed to evaluate the genetic variability of patchouli accesses the Active Germplasm Bank of UFS by RAPD markers. For molecular characterization were used accessions POG-001, POG-002, POG-006, POG-014, POG-015, POG-016, POG-017, POG-019, POG and POG-021-022. We collected young leaves of access to DNA extraction. Then we proceeded to the purification and amplification using oligonucleotides 11, and the products separated on a 1% agarose gel stained with ethidium bromide and visualized under UV light. The genetic similarity among accessions was calculated by Jaccard Similarity coefficient and dendrograms were performed using the method of grouping unweighted arithmetic average - UPGMA. Genetic analysis by RAPD markers enabled the separation of patchouli accessions into four groups. There was significant variability among accessions. |
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Santos, Priscilla SantanaArrigoni-Blank, Maria de FátimaBlank, Arie FitzgeraldSilva, Susi Alves daGois, Itamara BomfimSilva-Mann, Renata2016-01-11T17:41:54Z2016-01-11T17:41:54Z2013-05SANTOS, P. S. et al. Caracterização molecular de germoplasma de patchouli (Pogostemon sp.) por marcadores RAPD. Scientia Plena, Aracaju, v. 9, n. 5, maio 2013. Disponível em: <http://www.scientiaplena.org.br/sp/article/view/1268/705>. Acesso em 11 jan. 20161808-2793https://ri.ufs.br/handle/riufs/1570Autorização para publicação no Repositório Institucional da Universidade Federal de Sergipe (RIUFS) concedida pelo editorO patchouli (Pogostemon sp.) é uma planta herbácea, pertencente a família Lamiaceae, cujo óleo essencial é utilizado na indústria de cosméticos e perfumaria. O trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genética de acessos de patchouli do Banco Ativo de Germoplasma da UFS por meio de marcadores RAPD. Para a caracterização molecular foram utilizados os acessos POG-001, POG-002, POG-006, POG-014, POG-015, POG-016, POG-017, POG-019, POG-021 e POG-022. Foram coletadas folhas jovens dos acessos para a extração de DNA. A seguir, procedeu-se a purificação e amplificação utilizando 11 oligonucleotídeos, sendo os produtos separados em gel de agarose 1% corados com brometo de etídio e visualizados sob luz UV. A similaridade genética entre os acessos foi calculada pelo coeficiente de similaridade de Jaccard e a construção do dendrograma realizada utilizando-se o método de agrupamento de médias aritméticas não ponderadas – UPGMA. A análise genética por meio de marcadores RAPD possibilitou a separação dos acessos de patchouli em quatro grupos. Houve variabilidade genética entre os acessos avaliados._________________________________________________________________________________________ ABSTRACT: The patchouli (Pogostemon sp.) is a herbaceous plant belonging to the Lamiaceae family, whose essential oil is widely used in cosmetics and perfumery. The study aimed to evaluate the genetic variability of patchouli accesses the Active Germplasm Bank of UFS by RAPD markers. For molecular characterization were used accessions POG-001, POG-002, POG-006, POG-014, POG-015, POG-016, POG-017, POG-019, POG and POG-021-022. We collected young leaves of access to DNA extraction. Then we proceeded to the purification and amplification using oligonucleotides 11, and the products separated on a 1% agarose gel stained with ethidium bromide and visualized under UV light. The genetic similarity among accessions was calculated by Jaccard Similarity coefficient and dendrograms were performed using the method of grouping unweighted arithmetic average - UPGMA. Genetic analysis by RAPD markers enabled the separation of patchouli accessions into four groups. There was significant variability among accessions.Associação Sergipana de CiênciaPlantas aromáticasGenótipoVariabilidade genéticaAromatic plantsGenotypeGenetic variabilityGermoplasmaCaracterização molecular de germoplasma de patchouli (Pogostemon sp.) por marcadores RAPDMolecular characterization of germplasm of patchouli (Pogostemon sp.) by RAPD markersinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleporreponame:Repositório Institucional da UFSinstname:Universidade Federal de Sergipe (UFS)instacron:UFSinfo:eu-repo/semantics/openAccessTHUMBNAILGermoplasmaPatchouliRAPD.pdf.jpgGermoplasmaPatchouliRAPD.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1561https://ri.ufs.br/jspui/bitstream/riufs/1570/4/GermoplasmaPatchouliRAPD.pdf.jpgfdf8d09be429a5d4a8c4d861d6bdd024MD54ORIGINALGermoplasmaPatchouliRAPD.pdfGermoplasmaPatchouliRAPD.pdfapplication/pdf71089https://ri.ufs.br/jspui/bitstream/riufs/1570/1/GermoplasmaPatchouliRAPD.pdff53ff0b4bb409451a344ee10f28ba8d1MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://ri.ufs.br/jspui/bitstream/riufs/1570/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52TEXTGermoplasmaPatchouliRAPD.pdf.txtGermoplasmaPatchouliRAPD.pdf.txtExtracted texttext/plain21650https://ri.ufs.br/jspui/bitstream/riufs/1570/3/GermoplasmaPatchouliRAPD.pdf.txt7d144dd72d77193b83d27b870c63dac0MD53riufs/15702016-01-29 20:39:33.219oai:ufs.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://ri.ufs.br/oai/requestrepositorio@academico.ufs.bropendoar:2016-01-29T23:39:33Repositório Institucional da UFS - Universidade Federal de Sergipe (UFS)false |
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O patchouli (Pogostemon sp.) é uma planta herbácea, pertencente a família Lamiaceae, cujo óleo essencial é utilizado na indústria de cosméticos e perfumaria. O trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genética de acessos de patchouli do Banco Ativo de Germoplasma da UFS por meio de marcadores RAPD. Para a caracterização molecular foram utilizados os acessos POG-001, POG-002, POG-006, POG-014, POG-015, POG-016, POG-017, POG-019, POG-021 e POG-022. Foram coletadas folhas jovens dos acessos para a extração de DNA. A seguir, procedeu-se a purificação e amplificação utilizando 11 oligonucleotídeos, sendo os produtos separados em gel de agarose 1% corados com brometo de etídio e visualizados sob luz UV. A similaridade genética entre os acessos foi calculada pelo coeficiente de similaridade de Jaccard e a construção do dendrograma realizada utilizando-se o método de agrupamento de médias aritméticas não ponderadas – UPGMA. A análise genética por meio de marcadores RAPD possibilitou a separação dos acessos de patchouli em quatro grupos. Houve variabilidade genética entre os acessos avaliados._________________________________________________________________________________________ ABSTRACT: The patchouli (Pogostemon sp.) is a herbaceous plant belonging to the Lamiaceae family, whose essential oil is widely used in cosmetics and perfumery. The study aimed to evaluate the genetic variability of patchouli accesses the Active Germplasm Bank of UFS by RAPD markers. For molecular characterization were used accessions POG-001, POG-002, POG-006, POG-014, POG-015, POG-016, POG-017, POG-019, POG and POG-021-022. We collected young leaves of access to DNA extraction. Then we proceeded to the purification and amplification using oligonucleotides 11, and the products separated on a 1% agarose gel stained with ethidium bromide and visualized under UV light. The genetic similarity among accessions was calculated by Jaccard Similarity coefficient and dendrograms were performed using the method of grouping unweighted arithmetic average - UPGMA. Genetic analysis by RAPD markers enabled the separation of patchouli accessions into four groups. There was significant variability among accessions. |
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