Proteínas que interagem com o RNA de Dengue vírus e sua expressão em pacientes com Dengue Clássica e Síndrome do Choque de Dengue

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Bem, Francisco Domiciano de
Data de Publicação: 2017
Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFSC
Texto Completo: https://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/182041
Resumo: TCC(graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Biologia.
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spelling Proteínas que interagem com o RNA de Dengue vírus e sua expressão em pacientes com Dengue Clássica e Síndrome do Choque de DengueBig data; Dengue; Interferon; SHMT1; LSM14A.TCC(graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Biologia.Com a popularização de técnicas capazes de gerar dados em larga escala, é cada vez mais comum a existência dedados não analisados disponíveis em bancos de dados. O transcriptoma é uma forma de analisar a expressão gênica global em uma amostra. Essa técnica é amplamente utilizada para analisar os genes diferencialmente transcritos durante uma infecção. O vírus da Dengue (DV) pertence à família Flaviviridae e infecta por volta de 390 milhões de pessoas a cada ano. A replicação de DV é restringida pelos interferons do tipo um (IFN-I), mas os mecanismos que levam a essa inibição da replicação viral não são totalmente entendidos. Combinando proteômica quantitativa e precipitação de RNA definimos 64 proteínas que interagem com DV 1 e 4 UTR’s em células HEK tratadas com IFN-I. Nesse trabalho exploramos a expressão desses genes em transcriptomas de sangue total de pacientes Vietnamitas (GSE25001) e Tailandeses (GSE51808) disponíveis no Gene Expression Omnibus (GEO). Os pacientes foram estratificados de acordo com os sintomas que apresentavam, sendo eles: febre da dengue clássica (DF), dengue hemorrágica (DSS), convalescentes e controle saudável (HC). Desses genes selecionamos as proteínas ITLN1, NME1-NME2, TRUB1 ePSME1 para estudar seu perfil de expressão em resposta a infecção e sua função pela literatura, e escolhemos a SHMT1 e LSMA14A para um estudo em células A549. SHMT1 (serinametiltransferase 1) é uma enzima responsável por transformar serina e tetrahidrofolato em glicina e 5,10-metilenotetrahidrofolato no citoplasma. LSMA14A foi mostrada ser um sensor para infecções por vírus com genoma de RNA ou DNA.ITLN1, NME1-NME2, PSME1, SHMT1 E LSM14A são diferencialmente expressas entre HC e as duas condições infectadas (DF e DSS) enquanto TRUB1 apresentou diferença somente entre DSS e HC. ITLN1, NME1-NME2 e TRUB1 parecem estar suprimidos durante a infecção. A seguir testamos se a infecção por DV-4 era suficiente para induzir a expressão de SHMT1 e LSM14A in vitro. LSM14A, mas não SHMT1, foi induzido nessas condições. Em resumo, foram encontradas 25 proteínas que interagem com DV-4 no estado antiviral, dessas somente LSM14A foi induzida quando testada em células A549.Florianópolis, SC.Mansur, Daniel SantosUniversidade Federal de Santa CatarinaBem, Francisco Domiciano de2017-12-11T18:59:18Z2017-12-11T18:59:18Z2017-12-11info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesis67 f.application/pdfhttps://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/182041porreponame:Repositório Institucional da UFSCinstname:Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)instacron:UFSCinfo:eu-repo/semantics/openAccess2017-12-11T18:59:18Zoai:repositorio.ufsc.br:123456789/182041Repositório InstitucionalPUBhttp://150.162.242.35/oai/requestopendoar:23732017-12-11T18:59:18Repositório Institucional da UFSC - Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)false
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