Análise de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) do gene HSP70 em populações de litopenaeus vannamei comercializadas no Brasil

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Ferreira Júnior, Augusto Luiz
Data de Publicação: 2014
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFSC
Texto Completo: https://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/128925
Resumo: Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Aqüicultura, Florianópolis, 2014.
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spelling Análise de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) do gene HSP70 em populações de litopenaeus vannamei comercializadas no BrasilAquiculturaLitopenaeus vannameiCriaçãoVariação (Genética)Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Aqüicultura, Florianópolis, 2014.O objetivo do trabalho foi estudar a diversidade genética do gene HSP70 através da análise de SNPs em três populações (LV A, LV B e LV C) de Litopenaeus vannamei comercializadas no Brasil e verificar se existe associação entre seus genótipos e a tolerância ao vírus da síndrome da mancha branca. (WSSV). Um desafio viral foi efetuado com a população LV B (nunca exposta à doença viral). O fragmento (posição 475 a 1594) do gene HSP70 foi amplificado em PCR com os iniciadores específicos. Neste estudo utilizou-se 5 SNPs (C661A, T712C, C782T, C892T e C1090T) presentes nas três populações. As heterozigozidades (Ho e He) foram menores nas populações LV A e LV B (sem controle de pedigree) comparadas com LV C (com melhoramento genético de resistência a vírus). O FIS indicou que as populações LV A e LV B possuem maiores coeficientes endogamia (4,5 e 5,0 x maiores, respectivamente) comparadas com a população LV C. Houve uma baixa divergência gênica (FST: 0,042; GST: 0,031) e diferenças entre as populações (p<0,05). Uma baixa distância genética (NeiD) foi observada entre as populações, com diferença fenotípicas (p<0,05) no SNP C892T entre as populações sem controle de pedigree (LVA e LV B) e a população com melhoramento genético de resistência viral (LV C). No desafio viral não se observou diferenças entre os genótipos e a tolerância ao WSSV, mas com um aumento da frequência no alelo T do SNP C892T. Podemos concluir que existem pequenas diferenças entre as três populações cultivadas no Brasil e uma possível relação do SNPs C892T a doenças virais.<br>Abstract : This work was aimed at studying the genetic diversity of HSP70 gene by analyzing SNPs in three Litopenaeus vannamei populations (LV A, LV B and LV C) marketed in Brazil and investigating whether its genotypes are somehow associated to tolerance to the white spot syndrome virus (WSSV). A viral challenge was carried out with the LV B population (never subjected to the viral disease). A fragment (position 475 to 1594) of the HSP70 gene was PCR amplified with specific primers. In this study we used 5 SNPs (C661A, T712C, C782T, C892T and C1090T) present in three populations. Heterozygosities (Ho and He) were lower in the populations LV A and LV B (no pedigree control) when compared with LV C (with breeding for virus resistance). FIS has revealed that the populations LV A and LV B have higher inbreeding coefficients (4.5 and 5.0 x higher, respectively) when compared with LV C. There have been low genetic divergence (FST: 0.042; GST: 0.031) and differences between populations (p<0.05). Low genetic distance (NeiD) was observed amongst populations and there were phenotypic differences (p<0.05) in the SNP C892T of populations without pedigree control (LVA and LV B) and that subjected to breeding for viral resistance (LV C). In viral challenge there were no differences between the genotypes and tolerance to WSSV, but the T allele frequency was seen to have increased in SNP C892T. We can therefore conclude that there are small differences between the three populations grown in Brazil, as well as a possible association of C892T SNPs with viral diseases.Perazzolo, Luciane MariaPetersen, Rodolfo LuisUniversidade Federal de Santa CatarinaFerreira Júnior, Augusto Luiz2015-02-05T20:29:52Z2015-02-05T20:29:52Z2014info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis66 p.| il., tabs.application/pdf328846https://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/128925porreponame:Repositório Institucional da UFSCinstname:Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)instacron:UFSCinfo:eu-repo/semantics/openAccess2016-03-07T18:54:28Zoai:repositorio.ufsc.br:123456789/128925Repositório InstitucionalPUBhttp://150.162.242.35/oai/requestopendoar:23732016-03-07T18:54:28Repositório Institucional da UFSC - Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)false
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