Prevalência de espécies de Aspergillus em amostras de origem clínica/ambiental e análise de seu perfil de susceptibilidade

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Negri, Clara Ezequiel [UNIFESP]
Data de Publicação: 2013
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UNIFESP
Texto Completo: https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/22864
Resumo: Espécies do gênero Aspergillus são responsáveis pela segunda e/ou terceira maior ocorrência de infecções fúngicas invasivas (IFIs) em hospitais terciários. Na prática clínica, essas infecções são difíceis de diagnosticar e o tratamento tardio é muito frequente. Poucos centros médicos têm capacitação para realizar a identificação acurada de espécies deste gênero de fungos, visto que a formação em micologia clássica, bem como o domínio e disponibilidade de técnicas moleculares são requeridas para este diagnóstico. Os casos de resistência a antifúngicos não são comuns na medicina contemporânea, mas o número de isolados resistentes e fracasso terapêutico têm aumentado significativamente nas últimas décadas. São escassos os dados no Brasil sobre a prevalência de espécies de Aspergillus e seu perfil de susceptibilidade a antifúngicos. O presente estudo teve como objetivos analisar a distribuição das espécies do gênero Aspergillus em 150 amostras clínicas/ambientais e avaliar a ocorrência de cepas com valores de CIMs superiores ao cut-off epidemiológico proposto aos antifúngicos comumente utilizados. A identificação de espécies do gênero Aspergillus foi realizada pela abordagem polifásica, a qual inclui análise macro e micromorfológica, termotolerância, sequenciamento e filogenia se necessário, (região ITS do rDNA e dos genes calmodulina e β-tubulina). Os isolados também foram avaliados quanto à tolerância a cloreto de sódio (5% e 10%), cicloheximida (0,1% e 0,5 %) e produção de ácidos orgânicos em CREA e ácido aspergílico em AFPA. Foi avaliado o perfil de susceptibilidade in vitro dos 150 isolados frente a triazólicos (itraconazol, voriconazol e posaconazol) utilizando 2 diferentes métodos: microdiluição em caldo e E-test. Os isolados com valores de cut-off superiores aos estabelecidos, também foram testados frente a anfotericina B, caspofungina e anidulafungina. A caracterização fenotípica, assim como o sequenciamento da região ITS separou os isolados em nove seções, a saber: Circumdati, Clavati, Flavi, Flavipedes, Fumigati, Nidulantes, Nigri, Terrei e Usti. Utilizando a abordagem polifásica, 141/150 isolados foram identificados em nível de espécie. Com a abordagem realizada, não foi possível identificar 3/43 isolados pertencentes à seção Flavi e 6/17 da seção Nigri. Com relação aos triazólicos testados, 141/150 isolados apresentaram valores de CIMs menores ou iguais ao cut-off epidemiológico estabelecido utilizando a metodologia padronizada. Dentre os isolados, 1/9 Circumdati, 1/9 Usti, 1/9 Nigri, 4/9 Fumigati e 2/9 Flavi apresentaram valores mais elevados frente a estes antifúngicos; 2/9 apresentaram valores de CIM elevados também frente à anfotericina B (N. pseudofischeri e A. ochraceus). Somente o isolado de A. calidoustus apresentou valor de CIM elevado frente à caspofungina. Todos os nove isolados testados frente à anidulafungina apresentaram como valor de CIM a menor concentração testada deste fármaco, demonstrando sua ótima atividade in vitro. A falta de padronização da metodologia de E-test®, dificultou sua execução e avaliação do teste, principalmente no que diz respeito à leitura, prejudicando, assim, o estabelecimento de taxas de correlação entre as duas metodologias testadas. Esta taxa foi classificada como marginal quando consideramos como equivalentes valores de ± uma diluição e as taxas tornam-se aceitáveis quando consideramos como equivalentes valores de ± duas diluições. Os dados observados reforçam a importância na identificação acurada de espécies de Aspergillus, visto que encontramos um número substancial de espécies crípticas que apresentam variações no perfil de susceptibilidade entre os isolados aos antifúngicos comumente utilizados. Neste contexto, demonstramos a importância na padronização da metodologia de E-test® para aumentar a confiabilidade do teste.
id UFSP_9d90b36aef7428296ec4ce8d25e6aef0
oai_identifier_str oai:repositorio.unifesp.br:11600/22864
network_acronym_str UFSP
network_name_str Repositório Institucional da UNIFESP
repository_id_str 3465
spelling Negri, Clara Ezequiel [UNIFESP]Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)Colombo, Arnaldo Lopes [UNIFESP]2015-12-06T23:46:18Z2015-12-06T23:46:18Z2013-09-25NEGRI, Clara Ezequiel. Prevalência de espécies de Aspergillus em amostras de origem clínica/ambiental e análise de seu perfil de susceptibilidade. São Paulo, 2013. 161 f. Dissertação (Mestrado em Medicina Translacional) – Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo, São Paulo, 2013.https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/22864Dissertação - versão final - Clara Ezequiel Negri.pdfEspécies do gênero Aspergillus são responsáveis pela segunda e/ou terceira maior ocorrência de infecções fúngicas invasivas (IFIs) em hospitais terciários. Na prática clínica, essas infecções são difíceis de diagnosticar e o tratamento tardio é muito frequente. Poucos centros médicos têm capacitação para realizar a identificação acurada de espécies deste gênero de fungos, visto que a formação em micologia clássica, bem como o domínio e disponibilidade de técnicas moleculares são requeridas para este diagnóstico. Os casos de resistência a antifúngicos não são comuns na medicina contemporânea, mas o número de isolados resistentes e fracasso terapêutico têm aumentado significativamente nas últimas décadas. São escassos os dados no Brasil sobre a prevalência de espécies de Aspergillus e seu perfil de susceptibilidade a antifúngicos. O presente estudo teve como objetivos analisar a distribuição das espécies do gênero Aspergillus em 150 amostras clínicas/ambientais e avaliar a ocorrência de cepas com valores de CIMs superiores ao cut-off epidemiológico proposto aos antifúngicos comumente utilizados. A identificação de espécies do gênero Aspergillus foi realizada pela abordagem polifásica, a qual inclui análise macro e micromorfológica, termotolerância, sequenciamento e filogenia se necessário, (região ITS do rDNA e dos genes calmodulina e β-tubulina). Os isolados também foram avaliados quanto à tolerância a cloreto de sódio (5% e 10%), cicloheximida (0,1% e 0,5 %) e produção de ácidos orgânicos em CREA e ácido aspergílico em AFPA. Foi avaliado o perfil de susceptibilidade in vitro dos 150 isolados frente a triazólicos (itraconazol, voriconazol e posaconazol) utilizando 2 diferentes métodos: microdiluição em caldo e E-test. Os isolados com valores de cut-off superiores aos estabelecidos, também foram testados frente a anfotericina B, caspofungina e anidulafungina. A caracterização fenotípica, assim como o sequenciamento da região ITS separou os isolados em nove seções, a saber: Circumdati, Clavati, Flavi, Flavipedes, Fumigati, Nidulantes, Nigri, Terrei e Usti. Utilizando a abordagem polifásica, 141/150 isolados foram identificados em nível de espécie. Com a abordagem realizada, não foi possível identificar 3/43 isolados pertencentes à seção Flavi e 6/17 da seção Nigri. Com relação aos triazólicos testados, 141/150 isolados apresentaram valores de CIMs menores ou iguais ao cut-off epidemiológico estabelecido utilizando a metodologia padronizada. Dentre os isolados, 1/9 Circumdati, 1/9 Usti, 1/9 Nigri, 4/9 Fumigati e 2/9 Flavi apresentaram valores mais elevados frente a estes antifúngicos; 2/9 apresentaram valores de CIM elevados também frente à anfotericina B (N. pseudofischeri e A. ochraceus). Somente o isolado de A. calidoustus apresentou valor de CIM elevado frente à caspofungina. Todos os nove isolados testados frente à anidulafungina apresentaram como valor de CIM a menor concentração testada deste fármaco, demonstrando sua ótima atividade in vitro. A falta de padronização da metodologia de E-test®, dificultou sua execução e avaliação do teste, principalmente no que diz respeito à leitura, prejudicando, assim, o estabelecimento de taxas de correlação entre as duas metodologias testadas. Esta taxa foi classificada como marginal quando consideramos como equivalentes valores de ± uma diluição e as taxas tornam-se aceitáveis quando consideramos como equivalentes valores de ± duas diluições. Os dados observados reforçam a importância na identificação acurada de espécies de Aspergillus, visto que encontramos um número substancial de espécies crípticas que apresentam variações no perfil de susceptibilidade entre os isolados aos antifúngicos comumente utilizados. Neste contexto, demonstramos a importância na padronização da metodologia de E-test® para aumentar a confiabilidade do teste.The species of Apergillus genus are responsible for the second or third largest occurrence of invasive fungal infection in tertiary hospitals. In clinical practice, those kinds of infections are difficult to diagnose commonly resulting in the late treatment of the infection. Few medical centers are prepared to perform accurate identification of species of this particular genus of Fungi, mainly due to the lack of classical training in mycology as well as the limited availability of molecular techniques required for this diagnosis. Cases of resistance to antifungal drugs are uncommon in contemporary medicine; however the number of cases of resistance and therapeutic failures has risen significantly in recent decades. There is limited prevalence of Aspergillus species and their antifungal susceptibility in Brazil. This study aims to analyze the distribution of the species of Aspergillus genus in 150 clinical and environment samples and evaluate the occurrence of strains with MIC values above the cut-off protocols commonly used antifungal drugs. The identification of Aspergillus species was performed through a polyphasic approach, which comprised macro and micromorphology, thermotolerance, sequencing and phylogeny if necessary (ITS region, calmodulin and β-tubulin genes). The isolates were also evaluated for their sodium chloride (5% and 10%) and cicloheximide (0.1% and 0.5%) tolerance, organic acids production in CREA and aspergillic acid production with AFPA medium. The in vitro susceptibility profile of 150 isolates against triazoles (itraconazole, voriconazole and posaconazole) was evaluated using two different methods: broth microdilution and E-test®. The isolates with MICs values above the epidemiological cut-off, has also been tested against amphotericin B, caspofungin and anidulafungin. The phenotypic characterization, and the ITS region sequencing discriminated the isolates in nine sections: Circumdati, Clavati, Flavi, Flavipedes, Fumigati, Nidulantes, Nigri, Terrei and Usti. Using polyphasic approach, 141/150 isolates were identified to the species level. Based on the results, it was not possible to identify 3/43 isolates from Flavi section and 6/17 from Nigri section. Regarding to the triazoles tested, 141/150 isolates presented MIC values equal to or lowers than the value established epidemiological cut-off using the standardized methodology. Among the isolates, 1/9 Circumdati, 1/9 Usti, 1/9 Nigri, 4/9 Fumigati and 2/9 Flavi presented MIC values above the established epidemiological cut-off of these antifungal drugs; 2/9 present MIC values higher also against amphotericin B (N. pseudofischeri and A. ochraceus). Only the A. calidoustus isolate present MIC values higher also against caspofungin. All of the nine isolates were tested against anidulafungin exhibited lower concentration of drug tested as MIC values demonstrating great in vitro activity. The lack of E-test methodology standardization is a factor that can affect and compromise the results, damaging the establishment of rates of correlation between the two tested methodologies; in that case this rate has been classified as marginal, when considered as equivalent values within ± one dilution and became acceptable when considered as equivalent values within ± two-fold dilution. According to the results, the observed data reinforce the importance of accurate identification of Aspergillus species, since the study found that a substantial number of cryptic species that show variations in susceptibility profile among isolates against the commonly used antifungal drugs. This context demonstrated the importance of standardization in the Etest® methodology to increase the reliability of the test.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)BV UNIFESP: Teses e dissertações161 f.porUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP)AspergillusSuscetibilidade a DoençasDiluiçãoHabilidades para Realização de TestesPrevalência de espécies de Aspergillus em amostras de origem clínica/ambiental e análise de seu perfil de susceptibilidadeAspergillus species prevalence in clinical and environmental samples and susceptibility profileinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UNIFESPinstname:Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)instacron:UNIFESPSão Paulo, Escola Paulista de Medicina (EPM)Medicina translacional – São PauloORIGINALDissertação - versão final - Clara Ezequiel Negri.pdfDissertação - versão final - Clara Ezequiel Negri.pdfapplication/pdf9830080${dspace.ui.url}/bitstream/11600/22864/1/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20-%20vers%c3%a3o%20final%20-%20Clara%20Ezequiel%20Negri.pdf9404757fcc2fe2d3b3f51eef67040983MD51open access11600/228642022-09-01 15:18:33.365open accessoai:repositorio.unifesp.br:11600/22864Repositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.unifesp.br/oai/requestopendoar:34652022-09-01T18:18:33Repositório Institucional da UNIFESP - Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)false
dc.title.pt.fl_str_mv Prevalência de espécies de Aspergillus em amostras de origem clínica/ambiental e análise de seu perfil de susceptibilidade
dc.title.alternative.en.fl_str_mv Aspergillus species prevalence in clinical and environmental samples and susceptibility profile
title Prevalência de espécies de Aspergillus em amostras de origem clínica/ambiental e análise de seu perfil de susceptibilidade
spellingShingle Prevalência de espécies de Aspergillus em amostras de origem clínica/ambiental e análise de seu perfil de susceptibilidade
Negri, Clara Ezequiel [UNIFESP]
Aspergillus
Suscetibilidade a Doenças
Diluição
Habilidades para Realização de Testes
title_short Prevalência de espécies de Aspergillus em amostras de origem clínica/ambiental e análise de seu perfil de susceptibilidade
title_full Prevalência de espécies de Aspergillus em amostras de origem clínica/ambiental e análise de seu perfil de susceptibilidade
title_fullStr Prevalência de espécies de Aspergillus em amostras de origem clínica/ambiental e análise de seu perfil de susceptibilidade
title_full_unstemmed Prevalência de espécies de Aspergillus em amostras de origem clínica/ambiental e análise de seu perfil de susceptibilidade
title_sort Prevalência de espécies de Aspergillus em amostras de origem clínica/ambiental e análise de seu perfil de susceptibilidade
author Negri, Clara Ezequiel [UNIFESP]
author_facet Negri, Clara Ezequiel [UNIFESP]
author_role author
dc.contributor.institution.none.fl_str_mv Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
dc.contributor.author.fl_str_mv Negri, Clara Ezequiel [UNIFESP]
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Colombo, Arnaldo Lopes [UNIFESP]
contributor_str_mv Colombo, Arnaldo Lopes [UNIFESP]
dc.subject.por.fl_str_mv Aspergillus
Suscetibilidade a Doenças
Diluição
Habilidades para Realização de Testes
topic Aspergillus
Suscetibilidade a Doenças
Diluição
Habilidades para Realização de Testes
description Espécies do gênero Aspergillus são responsáveis pela segunda e/ou terceira maior ocorrência de infecções fúngicas invasivas (IFIs) em hospitais terciários. Na prática clínica, essas infecções são difíceis de diagnosticar e o tratamento tardio é muito frequente. Poucos centros médicos têm capacitação para realizar a identificação acurada de espécies deste gênero de fungos, visto que a formação em micologia clássica, bem como o domínio e disponibilidade de técnicas moleculares são requeridas para este diagnóstico. Os casos de resistência a antifúngicos não são comuns na medicina contemporânea, mas o número de isolados resistentes e fracasso terapêutico têm aumentado significativamente nas últimas décadas. São escassos os dados no Brasil sobre a prevalência de espécies de Aspergillus e seu perfil de susceptibilidade a antifúngicos. O presente estudo teve como objetivos analisar a distribuição das espécies do gênero Aspergillus em 150 amostras clínicas/ambientais e avaliar a ocorrência de cepas com valores de CIMs superiores ao cut-off epidemiológico proposto aos antifúngicos comumente utilizados. A identificação de espécies do gênero Aspergillus foi realizada pela abordagem polifásica, a qual inclui análise macro e micromorfológica, termotolerância, sequenciamento e filogenia se necessário, (região ITS do rDNA e dos genes calmodulina e β-tubulina). Os isolados também foram avaliados quanto à tolerância a cloreto de sódio (5% e 10%), cicloheximida (0,1% e 0,5 %) e produção de ácidos orgânicos em CREA e ácido aspergílico em AFPA. Foi avaliado o perfil de susceptibilidade in vitro dos 150 isolados frente a triazólicos (itraconazol, voriconazol e posaconazol) utilizando 2 diferentes métodos: microdiluição em caldo e E-test. Os isolados com valores de cut-off superiores aos estabelecidos, também foram testados frente a anfotericina B, caspofungina e anidulafungina. A caracterização fenotípica, assim como o sequenciamento da região ITS separou os isolados em nove seções, a saber: Circumdati, Clavati, Flavi, Flavipedes, Fumigati, Nidulantes, Nigri, Terrei e Usti. Utilizando a abordagem polifásica, 141/150 isolados foram identificados em nível de espécie. Com a abordagem realizada, não foi possível identificar 3/43 isolados pertencentes à seção Flavi e 6/17 da seção Nigri. Com relação aos triazólicos testados, 141/150 isolados apresentaram valores de CIMs menores ou iguais ao cut-off epidemiológico estabelecido utilizando a metodologia padronizada. Dentre os isolados, 1/9 Circumdati, 1/9 Usti, 1/9 Nigri, 4/9 Fumigati e 2/9 Flavi apresentaram valores mais elevados frente a estes antifúngicos; 2/9 apresentaram valores de CIM elevados também frente à anfotericina B (N. pseudofischeri e A. ochraceus). Somente o isolado de A. calidoustus apresentou valor de CIM elevado frente à caspofungina. Todos os nove isolados testados frente à anidulafungina apresentaram como valor de CIM a menor concentração testada deste fármaco, demonstrando sua ótima atividade in vitro. A falta de padronização da metodologia de E-test®, dificultou sua execução e avaliação do teste, principalmente no que diz respeito à leitura, prejudicando, assim, o estabelecimento de taxas de correlação entre as duas metodologias testadas. Esta taxa foi classificada como marginal quando consideramos como equivalentes valores de ± uma diluição e as taxas tornam-se aceitáveis quando consideramos como equivalentes valores de ± duas diluições. Os dados observados reforçam a importância na identificação acurada de espécies de Aspergillus, visto que encontramos um número substancial de espécies crípticas que apresentam variações no perfil de susceptibilidade entre os isolados aos antifúngicos comumente utilizados. Neste contexto, demonstramos a importância na padronização da metodologia de E-test® para aumentar a confiabilidade do teste.
publishDate 2013
dc.date.issued.fl_str_mv 2013-09-25
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2015-12-06T23:46:18Z
dc.date.available.fl_str_mv 2015-12-06T23:46:18Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv NEGRI, Clara Ezequiel. Prevalência de espécies de Aspergillus em amostras de origem clínica/ambiental e análise de seu perfil de susceptibilidade. São Paulo, 2013. 161 f. Dissertação (Mestrado em Medicina Translacional) – Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo, São Paulo, 2013.
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/22864
dc.identifier.file.none.fl_str_mv Dissertação - versão final - Clara Ezequiel Negri.pdf
identifier_str_mv NEGRI, Clara Ezequiel. Prevalência de espécies de Aspergillus em amostras de origem clínica/ambiental e análise de seu perfil de susceptibilidade. São Paulo, 2013. 161 f. Dissertação (Mestrado em Medicina Translacional) – Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo, São Paulo, 2013.
Dissertação - versão final - Clara Ezequiel Negri.pdf
url https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/22864
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 161 f.
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UNIFESP
instname:Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
instacron:UNIFESP
instname_str Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
instacron_str UNIFESP
institution UNIFESP
reponame_str Repositório Institucional da UNIFESP
collection Repositório Institucional da UNIFESP
bitstream.url.fl_str_mv ${dspace.ui.url}/bitstream/11600/22864/1/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20-%20vers%c3%a3o%20final%20-%20Clara%20Ezequiel%20Negri.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv 9404757fcc2fe2d3b3f51eef67040983
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UNIFESP - Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1802764262718832640