Análise do papel dos lncRNAs Fendrr e Slamon no melanoma

• Autor(a) principal: Tonin, Beatriz Cristina Biz [UNIFESP]
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNIFESP
• Texto Completo: https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/69774
• topic: Melanoma; lncRNAs; Epigenética; Expressão gênica

Long non-coding RNAs (lncRNAs) são RNAs longos que pertencem à classe de RNAs que não codificam proteínas (ncRNAs). Estima-se que 70 a 90% do genoma humano seja transcrito em ncRNAs. Estudos já demonstraram a importância dos ncRNAs na modulação da expressão dos genes, podendo ser considerados importante peça da maquinaria epigenética. O melanoma é responsável por cerca de 80% de todas as mortes relacionadas com neoplasias da pele. Isto se deve ao seu alto potencial metastático e de desenvolvimento de resistência aos tratamentos. Nosso laboratório desenvolveu um modelo de progressão linear do melanoma a partir da linhagem murina de melanócitos não tumorigênicos, melan-a, a qual foi submetida a ciclos de desadesão e adesão, resultando na transformação maligna e originando linhagens celulares progressivamente mais agressivas. Com este modelo podemos estudar o melanoma em vários estágios de sua progressão, desde células não tumorigênicas (melan-a) a células com alto potencial metastático (4C11+). Para esse trabalho, utilizamos quatro linhagens celulares, melan-a (melanócitos), 4C (melanócitos pré-malignos), 4C11- (células de melanoma não metastático) e 4C11+ (células de melanoma metastático), as quais foram analisadas por RNA-seq quanto ao perfil de expressão de mRNAs e lncRNAs. Após análises in sílico, definimos como alvos de estudo os lncRNAs Slamon e Fendrr, para entender seu papel na progressão do melanoma. Slamon tem expressão aumentada e Fendrr, expressão diminuída na linhagem celular de melanoma metastático 4C11+ em comparação com as outras linhagens celulares do modelo (melan-a, 4C e 4C11-) e são vizinhos aos genes Slc25a13 e Foxf1, respectivamente. Células de melanoma knockdown ou com superexpressão destes lncRNAs foram avaliadas quanto à proliferação, migração celular, clonogenicidade, resistência à Dacarbazina e crescimento tumoral in vivo. Além disso, a expressão de genes também foi analisada. A superexpressão de Fendrr nas células 4C11+ resultou no aumento da migração, proliferação e resistência a Dacarbazina. Além disso, os tumores resultantes da inoculação de células 4C11+ superexpressando Fendrr são amelanóticos, diferente da linhagem 4C11+ wild type. Encontramos que os níveis de expressão do Fendrr interferem na expressão de Foxf1 e de Cdkn2a, indicando uma possível regulação negativa da proteína P16. Além disso observamos alterações nos níveis de SOX6. Por outro lado, células 4C11+ knockdown para Slamon apresentaram menor capacidade migratória e de resistência à Dacarbazina, e maior expressão de Slc25a13. Em contraste, células 4C11+ knockdown para Slc25a13 apresentaram diminuição da migração, clonogenicidade, proliferação, resistência ao anoikis e ao tratamento com Dacarbazina e inibidor de MEK, ao passo que elevou os níveis de Slamon. Curiosamente, ao realizar o duplo silenciamento (Slc25a13 e Slamon), os resultados funcionais observados com o knockdown isolado de Slc25a13 não permaneceram com o silenciamento conjunto de Slamon. Adicionalmente, observamos que a expressão alterada de Slamon e de Slc25a13 no modelo celular resultam de mudanças na metilação da região promotora desses genes. Nossos resultados sugerem um papel crucial dos lncRNAs Fendrr e Slamon no melanoma. Demonstramos que o lncRNA Fendrr está associado à agressividade tumoral. Por outro lado, Slamon é responsável por regular a agressividade tumoral associada a Slc25a13, formando uma rede de regulação que nunca foi descrita associada a tumores. Esses achados revelam lncRNAs importantes para a biologia do melanoma, além de possivelmente indicar transcritos que podem ser utilizados como biomarcadores de prognóstico e alvos terapêuticos no melanoma.