Estudo da influência das partículas defectivas interferentes na dinâmica viral intra-hospedeiro: uma abordagem matemática e computacional
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Data de Publicação: | 2022 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UNIFESP |
Texto Completo: | https://repositorio.unifesp.br/11600/67479 |
Resumo: | Objetivo: Realizar um estudo in sílico sobre a influência das partículas defectivas interferentes dentro de populações virais. Dada a dificuldade de se realizar experimentos com partículas virais interferentes, uma ferramenta computacional foi desenvolvida. Esse programa permite simular cenários distintos e que representam a dinâmica da infecção. Métodos: O modelo matemático elaborado foi implementado em uma ferramenta computacional com interface gráfica e nomeado ENVELOPEDI. Assim, o programa possibilitou a realização de simulações para analisar a influência das partículas defectivas interferentes na dinâmica de populações virais. No modelo, as partículas infecciosas viáveis conseguem produzir progênie viral quando infectam sozinhas uma célula, mas as partículas defectivas interferentes não. Porém, em situações em que as partículas virais são mais abundantes que as células, podem ocorrer eventos de coinfecção. Nessa situação específica de infecção, as partículas defectivas interferentes geram progênie, que também é defectiva interferente, que utiliza produtos virais produzidos pelas partículas viáveis. Resultados: O modelo proposto foi implementado no programa ENVELOPEDI e validado. Com o programa, foram simulados diversos cenários, os quais foram analisados e comparados com informações da literatura de forma bem-sucedida. Foi comprovada a versatilidade do programa em produzir hipóteses coerentes com fenômenos biológicos previamente descritos para a evolução de populações virais na presença de partículas defectivas interferentes. Conclusão: As simulações do programa ENVELOPEDI foram capazes de reproduzir diferentes cenários de infecções virais de partículas defectivas interferentes. Assim, foi possível demonstrar que as observações experimentais feitas sobre a interferência de partículas virais defectivas também podem ser realizadas computacionalmente. |
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Métodos: O modelo matemático elaborado foi implementado em uma ferramenta computacional com interface gráfica e nomeado ENVELOPEDI. Assim, o programa possibilitou a realização de simulações para analisar a influência das partículas defectivas interferentes na dinâmica de populações virais. No modelo, as partículas infecciosas viáveis conseguem produzir progênie viral quando infectam sozinhas uma célula, mas as partículas defectivas interferentes não. Porém, em situações em que as partículas virais são mais abundantes que as células, podem ocorrer eventos de coinfecção. Nessa situação específica de infecção, as partículas defectivas interferentes geram progênie, que também é defectiva interferente, que utiliza produtos virais produzidos pelas partículas viáveis. Resultados: O modelo proposto foi implementado no programa ENVELOPEDI e validado. Com o programa, foram simulados diversos cenários, os quais foram analisados e comparados com informações da literatura de forma bem-sucedida. Foi comprovada a versatilidade do programa em produzir hipóteses coerentes com fenômenos biológicos previamente descritos para a evolução de populações virais na presença de partículas defectivas interferentes. Conclusão: As simulações do programa ENVELOPEDI foram capazes de reproduzir diferentes cenários de infecções virais de partículas defectivas interferentes. Assim, foi possível demonstrar que as observações experimentais feitas sobre a interferência de partículas virais defectivas também podem ser realizadas computacionalmente.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)163828/2017-2141 f.porUniversidade Federal de São PauloVírus defectivos interferentesQuase-espécie viralModelos teóricosDinâmica populacionalCoinfecção viralEvolução molecularEstudo da influência das partículas defectivas interferentes na dinâmica viral intra-hospedeiro: uma abordagem matemática e computacionalStudy of the influence of defective interfering particles on intra-host viral dynamics: a mathematical and computational approachinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UNIFESPinstname:Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)instacron:UNIFESPEscola Paulista de Medicina (EPM)InfectologiaEpidemiologia, Evolução Viral, Modelos Matemáticos e Biologia ComputacionalVírus Defectivos Interferentes, Coinfecção viral, Quase-Espécie, Modelos Teóricos, Dinâmica Populacional e Evolução Molecular.TEXTTese de doutorado - Bruno Zanardo Gorzoni (PDF A - 2b).pdf.txtTese de doutorado - Bruno Zanardo Gorzoni (PDF A - 2b).pdf.txtExtracted texttext/plain209657${dspace.ui.url}/bitstream/11600/67479/13/Tese%20de%20doutorado%20-%20Bruno%20Zanardo%20Gorzoni%20%28PDF%20A%20-%202b%29.pdf.txt7b9f0edddf009940c94fe790f03a7906MD513open accessTHUMBNAILTese de doutorado - Bruno Zanardo Gorzoni (PDF A - 2b).pdf.jpgTese de doutorado - Bruno Zanardo Gorzoni (PDF A - 2b).pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg3828${dspace.ui.url}/bitstream/11600/67479/15/Tese%20de%20doutorado%20-%20Bruno%20Zanardo%20Gorzoni%20%28PDF%20A%20-%202b%29.pdf.jpgfda84ae945cea2b8a5d66f39b06e3d94MD515open accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-85889${dspace.ui.url}/bitstream/11600/67479/6/license.txtfb04f51688b06e3b287fdf59a91272b0MD56open accessORIGINALTese de 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Vírus defectivos interferentes Quase-espécie viral Modelos teóricos Dinâmica populacional Coinfecção viral Evolução molecular |
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Objetivo: Realizar um estudo in sílico sobre a influência das partículas defectivas interferentes dentro de populações virais. Dada a dificuldade de se realizar experimentos com partículas virais interferentes, uma ferramenta computacional foi desenvolvida. Esse programa permite simular cenários distintos e que representam a dinâmica da infecção. Métodos: O modelo matemático elaborado foi implementado em uma ferramenta computacional com interface gráfica e nomeado ENVELOPEDI. Assim, o programa possibilitou a realização de simulações para analisar a influência das partículas defectivas interferentes na dinâmica de populações virais. No modelo, as partículas infecciosas viáveis conseguem produzir progênie viral quando infectam sozinhas uma célula, mas as partículas defectivas interferentes não. Porém, em situações em que as partículas virais são mais abundantes que as células, podem ocorrer eventos de coinfecção. Nessa situação específica de infecção, as partículas defectivas interferentes geram progênie, que também é defectiva interferente, que utiliza produtos virais produzidos pelas partículas viáveis. Resultados: O modelo proposto foi implementado no programa ENVELOPEDI e validado. Com o programa, foram simulados diversos cenários, os quais foram analisados e comparados com informações da literatura de forma bem-sucedida. Foi comprovada a versatilidade do programa em produzir hipóteses coerentes com fenômenos biológicos previamente descritos para a evolução de populações virais na presença de partículas defectivas interferentes. Conclusão: As simulações do programa ENVELOPEDI foram capazes de reproduzir diferentes cenários de infecções virais de partículas defectivas interferentes. Assim, foi possível demonstrar que as observações experimentais feitas sobre a interferência de partículas virais defectivas também podem ser realizadas computacionalmente. |
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2022 |
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GORZONI, Bruno Zanardo. Estudo da influência das partículas defectivas interferentes na dinâmica viral intra-hospedeiro: uma abordagem matemática e computacional. 2022. 141 f. Tese (Doutorado em Infectologia) - Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). São Paulo, 2022. |
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