Caracterização de plasmídeos de isolados clínicos de acinetobacter spp. produtores de carbapenemases

• Autor(a) principal: Silva, Adriana Pereira de Matos Marques [UNIFESP]
• Data de Publicação: 2017
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNIFESP
• Texto Completo: https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=5255798; http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/50666
• topic: Acinetobacter Spp; Resistência aos carbapenêmicos; Oxacilinases; Plasmídeos em acinetobacter Spp; Farmacorresistência bacteriana

RESUMO Acinetobacter spp. é um patógeno frequentemente isolado em infecções nosocomiais em pacientes de UTI. Altas taxas de resistência aos carbapenêmicos têm sido observadas entre estes isolados. A produção de enzimas da classe D que hidrolisam carbapenêmicos (CHDLs) é o mecanismo de resistência mais frequente e mais importante. Estas espécies possuem habilidade em adquirir plasmídeos e elementos genéticos móveis (EGMs) que mobilizam genes de resistência. Este estudo teve como objetivo descrever os plasmídeos de isolados clínicos de Acinetobacter spp. carreadores de genes codificadores de carbapenemases. Foram selecionadas seis cepas de Acinetobacter spp. resistentes aos carbapenêmicos produtoras de OXA-58, OXA-143, OXA-231 e OXA-253. A identificação foi realizada pelo MALDI-TOF MS e confirmada pelo sequenciamento do rpoB. A detecção de carbapenemases foi confirmada por PCR/sequenciamento e o teste de sensibilidade foi realizado por microdiluição em caldo. O MLST foi realizado para análise da ancestralidade. O pool de plasmídeos foi extraído utilizando o Mini Prep Extraction Kit® e quantificado no fluorômetro Qubit® 3.0. As bibliotecas foram construídas utilizando Illumina® TruSeq Nano DNA LT Library Preparation Kit - SetA gerando fragmentos de ~550 pb e o sequenciamento foi realizado na plataforma Illumina® MiSeq 2x300 bp no modo paired-end. As sequências foram submetidas à montagem utilizando os softwares Newbler 3.0 e Ray 2.3.1. Para anotação automática foi utilizada a plataforma SABIA/LNCC e para validação manual foram utilizados os softwares NCBI Blast, UniProt, ISFinder e ResFinder 2.1. A figura circularizada dos plasmídeos e a análise in silico dos grupos de replicase (AbGR) foram obtidas do programa Snap Gene®. As sequências promotoras foram sugeridas pela ferramenta BPROM. Cinco das seis cepas foram identificadas como A. baumannii e uma foi identificada como A. seifertii. Altas CIMs foram observadas para os β-lactâmicos testados. Somente polimixina B e minociclina apresentaram boa atividade frente às cepas testadas, exceto para A. seifertii que foi resistente à polimixina B (CIM: 4μg/mL). A cepa produtora de OXA-231 foi incluída no ST107, a cepa produtora de OXA-253 no ST25 e as cepas de A. seifertii e A. baumannii produtoras de OXA-58 no ST551 e ST15, respectivamente. Foram obtidos um total de 23 plasmídeos das seis cepas analisadas. Na cepa A-58.015 foram obtidos os plasmídeos pAb58015_a (118.738 pb/173 ORFs; carreador do gene blaOXA-143), pAb58015_b (55.356 pb/62 ORFs), pAb58015_c (6.520 pb/9 ORFs) e pAb58015_d (2.368 pb/3 ORFs); na cepa 81048, três plasmídeos idênticos aos pAb58015_b, pAb58015_c e pAb58015_d e os plasmídeos pAb81048_a (113.646 pb/177 ORFs), pAb81048_b (87.915 pb/101 ORFs), pAb81048_c (13.910 pb/21 ORFs), pAb81048_d (9.304 pb/15 ORFs), pAb81048_e (7.763 pb/6 ORFs; carreador do gene blaOXA-143), pAb81048_f (5.300 pb/6 ORFs) e pAb81048_g (2.845 pb/5 ORFs); na cepa A-41.652 os plasmídeos pAb41652_a (101.946 pb/137 ORFs), pAb41652_b (11.844 pb/12 ORFs) e pAb41652_c (3.955 pb/3 ORFs; carreador do gene blaOXA-231); na cepa 86 os plasmídeos pAb86_a (234.383 pb/256 ORFs) e pAb86_b (13.453 pb/14 ORFs; carreador do gene blaOXA-253); na cepa 1069 os plasmídeos pAs1069_a (24.672 pb/44 ORFs; carreador do gene blaOXA-58) e pAs1069_b (13.129 pb/14 ORFs); e na cepa A-45.063 os plasmídeos pAb45063_a (183.767 pb/209 ORFs) e pAb45063_b (19.808 pb/24 ORFs; carreador do gene blaOXA-58). Seis grupos AbGR foram encontrados (GR2, GR3, GR4, GR6, GR8 e GR19). Genes de resistência a diversas classes de antimicrobianos foram encontrados em cerca de metade dos plasmídeos sequenciados. Nove plasmídeos possuíam de dois a três genes de virulência. Um novo contexto genético nos isolados produtores de OXA-143 e suas variantes OXA-231 e OXA-253 foi descrito nestes isolados. A presença de uma ISAba825 à montante do gene blaOXA-58 no plasmídeo pAs1069_a em A. seifertii é a principal diferença no contexto genético deste gene quando comparado ao plasmídeo pAb45063_b carreado por A. baumannii. O grande número de EGMs encontrados nos plasmídeos avaliados neste estudo, sugere que estas estruturas possuem alta capacidade de mobilização e, consequentemente transmissão horizontal.