Mapeamento por associação genômica ampla para identificação de resistência ao mofo branco em soja

• Autor(a) principal: Mesquita, Ana Carolina Oliveira
• Data de Publicação: 2017
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFU
• Texto Completo: https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/18908; http://dx.doi.org/10.14393/ufu.di.2017.149
• topic: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA; Agronomia; Soja - Resistência a doenças e pragas; Sclerotinia sclerotiorum; Marcadores moleculares; Screening; Genotipagem por sequenciamento; SNP; Marcador; QTL; Sclerotinia sclerotiorum; Genotype-by-sequencing; Marker; Sclerotinia sclerotiorum

O mofo branco, causado pelo fungo Sclerotinia sclerotiorum., é uma doença de grande importância no Brasil. A seleção para sua resistência seria muito facilitada com a utilização de marcadores moleculares e com a descoberta de genes envolvidos com a doença. A soja não tem resistência completa, mas tem diferentes níveis de resistência parciais que podem ser bem-sucedidos em retardar a progressão da doença e permitir que as plantas se recuperem, especialmente se o ambiente favorece mais a planta e menos o patógeno. Marcadores moleculares do tipo SNP foram identificados a partir de genótipos de soja, com a finalidade de associação de marcadores moleculares com resistência ao fungo S. sclerotiorum no genoma amplo pela técnica GBS. Foram coletados genótipos de soja reportados como parcialmente resistentes à doença, assim como genótipos de três diferentes programas de melhoramento no Brasil. As plantas foram inoculadas com o isolado Jataí no estádio V2 utilizando o método Straw test e avaliou-se o avanço da doença nas hastes das plantas aos quatro dias após a inoculação. Antes da inoculação, extraiu-se e fragmentou-se o DNA das plantas por digestão de restrição utilizando HindIII e MseI, e converteu-se em bibliotecas de genotipagem por sequenciamento utilizando barcodes antes do sequenciamento. Após a limpeza das sequências, as leituras foram alinhadas permitindo a identificação de 50.000 polimorfismos de nucleotídeos simples. As amostras foram, ainda, processadas para redução dos genótipos ou SNPs altamente heterozigóticos resultando em 324 genótipos e 49.000 SNPs para usar no software GAPIT para estudo de associação ampla do genoma para SNPs associados com diferentes níveis de resistência ao fungo do mofo branco. Foram identificados oito SNPs com p-value ajustados por FDR <0,05. Sete SNPs estavam no cromossomo 1, e quatro destes estavam em desequilíbrio de ligação, significando que estes representavam quatro QTLs. O último SNP estava localizado no cromossomo 12. Os SNPs fornecem possíveis marcadores que poderiam ser utilizados na seleção de soja com resistência ao fungo S. sclerotiorum.