Análise genômica comparativa da Xanthomonas arboricola pv. juglandis 417 e estudo in silico do gene copb de resistência ao cobre

• Autor(a) principal: Souza, Daniele Ribeiro de
• Data de Publicação: 2021
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFU
• Texto Completo: https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/33074
• topic: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOS; Bioinformática; Análise molecular; Predição estrutural; Xaj 417; Alinhamento estrutural; Bioinformatics; Molecular analysis; Structural prediction; Structural alignment

A Xanthomonas arboricola pv. juglandis é um organismo com presente resistência ao metal Cobre e o causador da ferrugem bacteriana, fitopatogenia que acomete Nogueiras, em todo o mundo. Através de estudos in silico da espécie, foram realizadas análises, em nível molecular, de hipóteses acerca do operon cop e do gene de resistência copB, além de comparações genômicas entre a espécie bacteriana e outras espécies filogeneticamente próximas. Por meio da utilização de softwares de comparação genômica como: EDGAR 3.0 e MAUVE, foi possível identificar os organismos mais próximos filogeneticamente do organismo referencial deste estudo, sendo eles: Xanthomonas campestris pv. campestris, com 253 sequências compatíveis e Xanthomonas hortorum pv. carotae com 148 sequências compatíveis. Baseado no resultado de identificação de similaridade em alinhamentos, gerado pelo software BLAST2GO, foram filtrados 5 genes relacionados à resistência ao cobre: copA, copB, copC e copD, sendo o gene copB expressado duas vezes. Juntamente com os genes citados, outros genes relacionados a funcionalidade da resistência também foram identificados: expressão de amina oxidase, expressão de transportador de cobre ABC ATPase, expressão de homeostase do cobre cutC, expressão de multicobre oxidase (MCO), expressão de regulador transcricional da família copG e expressão de chaperona de cobre PCu(A)C. A predição de processo biológico associado à proteína copb 119 indicando paridade com a copb 3389 no que se refere ao processo biológico. Alinhamento entre os genes copB apresentou taxa de similaridade residual igual à 58,9% e Identidade residual igual à 47,0%. RMSD de alinhamento estrutural entre os genes copB foi igual à 3.22.