Golias: software para análises estatística e biométrica de grande conjunto de dados utilizando as linguagens Júlia e R

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Oliveira, Cristiano Ferreira de
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
Texto Completo: http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/20578
Resumo: A utilização de informações de marcadores moleculares para identificação de indivíduos geneticamente superiores para características de interesse é uma as principais contribuições da genética molecular no melhoramento genético. Assim, em programas de melhoramento genético, é crescente o uso de marcadores moleculares dispostos em matrizes de alta densidade, que necessitam de controle de qualidade e uso de metodologias adequadas para realizar a predição dos valores genéticos. Diante do exposto este trabalho tem como objetivo apresentar o software Golias, que é um software livre destinado ao processamento de dados de marcadores SNPs de alta dimensão. O Golias é integrado com os ambientes de programação R e Julia, utilizando o poder de processamento da linguagem Júlia e de pacotes do R otimizados em código C. Todas as análises são realizadas sem fazer necessário que o usuário tenha qualquer conhecimento em programação. O software proposto dispõe de procedimentos para o controle de qualidade de SNPs como call rate, MAF, teste de equilíbrio de Hardy-Weinberg, descarte de variáveis via componentes principais, um procedimento para imputação de informações genotípicas perdidas e algumas técnicas de predição utilizando métodos bayesianos. O Golias está disponível em português; pode ser baixado da Internet (https://www.dropbox.com/sh/ql92mzjed8735wq/AADfVadXY3oYM_3qe84Vb N-Ea?dl=0) e é compatível com sistema operacional Windows.
id UFV_02d21cc04e83a2bd89d25d2bd22a185d
oai_identifier_str oai:locus.ufv.br:123456789/20578
network_acronym_str UFV
network_name_str LOCUS Repositório Institucional da UFV
repository_id_str 2145
spelling Nascimento, MoysésOliveira, Cristiano Ferreira dehttp://lattes.cnpq.br/0880202677543608Cruz, Cosme Damião2018-07-10T20:14:54Z2018-07-10T20:14:54Z2018-02-21OLIVEIRA, Cristiano Ferreira de. Golias: software para análises estatística e biométrica de grande conjunto de dados utilizando as linguagens Júlia e R. 2018. 48 f. Dissertação (Mestrado em Estatística Aplicada e Biometria) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. 2018.http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/20578A utilização de informações de marcadores moleculares para identificação de indivíduos geneticamente superiores para características de interesse é uma as principais contribuições da genética molecular no melhoramento genético. Assim, em programas de melhoramento genético, é crescente o uso de marcadores moleculares dispostos em matrizes de alta densidade, que necessitam de controle de qualidade e uso de metodologias adequadas para realizar a predição dos valores genéticos. Diante do exposto este trabalho tem como objetivo apresentar o software Golias, que é um software livre destinado ao processamento de dados de marcadores SNPs de alta dimensão. O Golias é integrado com os ambientes de programação R e Julia, utilizando o poder de processamento da linguagem Júlia e de pacotes do R otimizados em código C. Todas as análises são realizadas sem fazer necessário que o usuário tenha qualquer conhecimento em programação. O software proposto dispõe de procedimentos para o controle de qualidade de SNPs como call rate, MAF, teste de equilíbrio de Hardy-Weinberg, descarte de variáveis via componentes principais, um procedimento para imputação de informações genotípicas perdidas e algumas técnicas de predição utilizando métodos bayesianos. O Golias está disponível em português; pode ser baixado da Internet (https://www.dropbox.com/sh/ql92mzjed8735wq/AADfVadXY3oYM_3qe84Vb N-Ea?dl=0) e é compatível com sistema operacional Windows.The use of molecular marker information to identify genetically superior individuals for traits of interest is one of the main contributions of genomic selection in breeding. Thus, in genetic breeding programs is increasing the use of molecular markers arranged in high density matrices which require quality control and the use of appropriate methodologies to predict genetic values. The work aims to present the Golias software that is a free software for processing data from high- size SNPs. Golias is integrated with the R and Julia programming environments, using the processing power of the Júlia language and R-optimized C-packets. All analyzes are performed without making it necessary for the user to have any programming knowledge. The proposed software has procedures for quality control of SNPs such as call rate, MAF, Hardy-Weinberg equilibrium test, variables discarding via principal components, a procedure for imputation of lost genotype information and some prediction techniques using Bayesian methods. Golias is available in Portuguese; can be downloaded from the Internet (https://www.dropbox.com/sh/ql92mzjed8735wq/AADfVadXY3oYM_3qe84Vb N-Ea?dl=0) and is compatible with Windows operating system.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorporUniversidade Federal de ViçosaBiometriaGolias (software)Melhoramento genético - SoftwareGenética QuantitativaGolias: software para análises estatística e biométrica de grande conjunto de dados utilizando as linguagens Júlia e RGolias: software for statistical and biometric analysis of a large dataset using the languages Julia and Rinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisUniversidade Federal de ViçosaDepartamento de EstatísticaMestre em Estatística Aplicada e BiometriaViçosa - MG2018-02-21Mestradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:LOCUS Repositório Institucional da UFVinstname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)instacron:UFVORIGINALtextocompleto.pdftextocompleto.pdftexto completoapplication/pdf660296https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/20578/1/textocompleto.pdf3ddfa0bd00c9a41014d5aa9058baa8beMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/20578/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52THUMBNAILtextocompleto.pdf.jpgtextocompleto.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg3543https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/20578/3/textocompleto.pdf.jpg8d9762d71c9cad782a88c7336d3507aeMD53123456789/205782022-06-28 11:38:16.871oai:locus.ufv.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.locus.ufv.br/oai/requestfabiojreis@ufv.bropendoar:21452022-06-28T14:38:16LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)false
dc.title.pt-BR.fl_str_mv Golias: software para análises estatística e biométrica de grande conjunto de dados utilizando as linguagens Júlia e R
dc.title.en.fl_str_mv Golias: software for statistical and biometric analysis of a large dataset using the languages Julia and R
title Golias: software para análises estatística e biométrica de grande conjunto de dados utilizando as linguagens Júlia e R
spellingShingle Golias: software para análises estatística e biométrica de grande conjunto de dados utilizando as linguagens Júlia e R
Oliveira, Cristiano Ferreira de
Biometria
Golias (software)
Melhoramento genético - Software
Genética Quantitativa
title_short Golias: software para análises estatística e biométrica de grande conjunto de dados utilizando as linguagens Júlia e R
title_full Golias: software para análises estatística e biométrica de grande conjunto de dados utilizando as linguagens Júlia e R
title_fullStr Golias: software para análises estatística e biométrica de grande conjunto de dados utilizando as linguagens Júlia e R
title_full_unstemmed Golias: software para análises estatística e biométrica de grande conjunto de dados utilizando as linguagens Júlia e R
title_sort Golias: software para análises estatística e biométrica de grande conjunto de dados utilizando as linguagens Júlia e R
author Oliveira, Cristiano Ferreira de
author_facet Oliveira, Cristiano Ferreira de
author_role author
dc.contributor.authorLattes.pt-BR.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/0880202677543608
dc.contributor.none.fl_str_mv Nascimento, Moysés
dc.contributor.author.fl_str_mv Oliveira, Cristiano Ferreira de
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Cruz, Cosme Damião
contributor_str_mv Cruz, Cosme Damião
dc.subject.pt-BR.fl_str_mv Biometria
Golias (software)
Melhoramento genético - Software
topic Biometria
Golias (software)
Melhoramento genético - Software
Genética Quantitativa
dc.subject.cnpq.fl_str_mv Genética Quantitativa
description A utilização de informações de marcadores moleculares para identificação de indivíduos geneticamente superiores para características de interesse é uma as principais contribuições da genética molecular no melhoramento genético. Assim, em programas de melhoramento genético, é crescente o uso de marcadores moleculares dispostos em matrizes de alta densidade, que necessitam de controle de qualidade e uso de metodologias adequadas para realizar a predição dos valores genéticos. Diante do exposto este trabalho tem como objetivo apresentar o software Golias, que é um software livre destinado ao processamento de dados de marcadores SNPs de alta dimensão. O Golias é integrado com os ambientes de programação R e Julia, utilizando o poder de processamento da linguagem Júlia e de pacotes do R otimizados em código C. Todas as análises são realizadas sem fazer necessário que o usuário tenha qualquer conhecimento em programação. O software proposto dispõe de procedimentos para o controle de qualidade de SNPs como call rate, MAF, teste de equilíbrio de Hardy-Weinberg, descarte de variáveis via componentes principais, um procedimento para imputação de informações genotípicas perdidas e algumas técnicas de predição utilizando métodos bayesianos. O Golias está disponível em português; pode ser baixado da Internet (https://www.dropbox.com/sh/ql92mzjed8735wq/AADfVadXY3oYM_3qe84Vb N-Ea?dl=0) e é compatível com sistema operacional Windows.
publishDate 2018
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2018-07-10T20:14:54Z
dc.date.available.fl_str_mv 2018-07-10T20:14:54Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2018-02-21
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv OLIVEIRA, Cristiano Ferreira de. Golias: software para análises estatística e biométrica de grande conjunto de dados utilizando as linguagens Júlia e R. 2018. 48 f. Dissertação (Mestrado em Estatística Aplicada e Biometria) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. 2018.
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/20578
identifier_str_mv OLIVEIRA, Cristiano Ferreira de. Golias: software para análises estatística e biométrica de grande conjunto de dados utilizando as linguagens Júlia e R. 2018. 48 f. Dissertação (Mestrado em Estatística Aplicada e Biometria) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. 2018.
url http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/20578
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Viçosa
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Viçosa
dc.source.none.fl_str_mv reponame:LOCUS Repositório Institucional da UFV
instname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)
instacron:UFV
instname_str Universidade Federal de Viçosa (UFV)
instacron_str UFV
institution UFV
reponame_str LOCUS Repositório Institucional da UFV
collection LOCUS Repositório Institucional da UFV
bitstream.url.fl_str_mv https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/20578/1/textocompleto.pdf
https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/20578/2/license.txt
https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/20578/3/textocompleto.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv 3ddfa0bd00c9a41014d5aa9058baa8be
8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33
8d9762d71c9cad782a88c7336d3507ae
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)
repository.mail.fl_str_mv fabiojreis@ufv.br
_version_ 1801213078300262400