Diversidade de micro-organismos endofíticos em eucalipto

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Miguel, Paulo Sérgio Balbino
Data de Publicação: 2015
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
Texto Completo: https://locus.ufv.br//handle/123456789/31344
Resumo: Árvores pertencentes ao gênero Eucalyptus estão entre as mais cultivadas em todo o mundo. O rápido crescimento do eucalipto e a sua adaptabilidade a vários ambientes podem ser compreendidos pelo estudo da comunidade microbiana presente nessa planta. Essa comunidade é composta por micro-organismos endofíticos e epifíticos. Endofíticos colonizam os tecidos internos de plantas saudáveis sem causar sintomas ou efeitos negativos à planta. Neste estudo, foram avaliadas a diversidade e a distribuição de fungos endofíticos em folhas e exsudatos xilemáticos de plantas de eucalipto com 18 e 72 meses de idade. As coletas foram realizadas no início do período chuvoso e durante os períodos chuvoso e seco. Avaliou-se, também, a diversidade de bactérias, fungos e leveduras em plantas provenientes de diferentes fases de desenvolvimento: jardim clonal, sombreamento, recém-saídas do sombreamento, expedição e campo. A diversidade microbiana foi relacionada à concentração de açúcares. Após extração de DNA de folhas e exsudatos xilemáticos, os amplicons obtidos por amplificação das subunidades do rRNA 16S, 18S e 26S foram utilizados na DGGE e as bandas eluídas dos géis foram sequenciadas. A avaliação da composição da comunidade bacteriana em folhas do jardim clonal, sombreamento, recém-saídas do sombreamento, expedição e campo também foi comprovada pelo isolamento e sequenciamento do rRNA 16S das colônias. A comunidade de fungos endofíticos foi afetada pela idade das plantas e pela sazonalidade. A análise filogenética mostrou a dominância de fungos dos filos Ascomycota e Basidiomycota. Neste estudo, foi apresentado o relato inédito de Marasmius alliaceus, Ganoderma boninense, Alloclavaria purpurea, Coniophora puteana, Boletus rubropunctus, Dichomitus squalens, Fusarium solani, Wallemia sebi e Teratosphaeriaecea sp. como habitantes dos exsudatos xilemáticos em plantas. No viveiro, a colonização endofítica da parte aérea de eucalipto foi dependente das fases de desenvolvimento da planta. Neste estudo, foi relatada pela primeira vez a presença das leveduras dos gêneros Pichia sp., Candida, Nilaparvata, Saturnispora sp., Malassezia, Bensingtonia e das espécies Rhodosporidium fluviale e Aureobasidium pullulans como endofíticas em eucalipto. Bactérias dos filos Firmicutes, Proteobacteria, classes Alfa, Beta e Gamma, e Actinobacteria foram identificadas na comunidade investigada. Nessa comunidade, as espécies Novosphingobium barchamii, Rhizobium grahami, Stenotrophomonas panacihumi, Paenibacillus terrigena, Paenibacillus darwinianus e Terrabacter lappili foram identificadas pela primeira vez como endofíticas. Proteobacteria foi o filo mais representativo em folhas de mudas nas fases de sombreamento e recém-saídas do sombreamento; e Firmicutes, em plantas a campo. Observaram-se correlações negativas entre os teores de glicose, frutose e sacarose e os índices de diversidade e riqueza microbianas. A distribuição das espécies de fungos, leveduras e bactérias endofíticas em eucalipto mostrou ser distinta e específica para as fases de desenvolvimento da planta. Algumas espécies bacterianas encontradas apresentam potencial para fixação de nitrogênio.
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spelling Tótola, Marcos RogérioNeves, Júlio César LimaMiguel, Paulo Sérgio Balbinohttp://lattes.cnpq.br/8644923911722035Costa, Maurício Dutra2023-08-22T17:21:28Z2023-08-22T17:21:28Z2015-05-29MIGUEL, Paulo Sérgio Balbino. Diversidade de micro-organismos endofíticos em eucalipto. 2015. 125 f. Tese (Doutorado em Microbiologia Agrícola) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. 2015.https://locus.ufv.br//handle/123456789/31344Árvores pertencentes ao gênero Eucalyptus estão entre as mais cultivadas em todo o mundo. O rápido crescimento do eucalipto e a sua adaptabilidade a vários ambientes podem ser compreendidos pelo estudo da comunidade microbiana presente nessa planta. Essa comunidade é composta por micro-organismos endofíticos e epifíticos. Endofíticos colonizam os tecidos internos de plantas saudáveis sem causar sintomas ou efeitos negativos à planta. Neste estudo, foram avaliadas a diversidade e a distribuição de fungos endofíticos em folhas e exsudatos xilemáticos de plantas de eucalipto com 18 e 72 meses de idade. As coletas foram realizadas no início do período chuvoso e durante os períodos chuvoso e seco. Avaliou-se, também, a diversidade de bactérias, fungos e leveduras em plantas provenientes de diferentes fases de desenvolvimento: jardim clonal, sombreamento, recém-saídas do sombreamento, expedição e campo. A diversidade microbiana foi relacionada à concentração de açúcares. Após extração de DNA de folhas e exsudatos xilemáticos, os amplicons obtidos por amplificação das subunidades do rRNA 16S, 18S e 26S foram utilizados na DGGE e as bandas eluídas dos géis foram sequenciadas. A avaliação da composição da comunidade bacteriana em folhas do jardim clonal, sombreamento, recém-saídas do sombreamento, expedição e campo também foi comprovada pelo isolamento e sequenciamento do rRNA 16S das colônias. A comunidade de fungos endofíticos foi afetada pela idade das plantas e pela sazonalidade. A análise filogenética mostrou a dominância de fungos dos filos Ascomycota e Basidiomycota. Neste estudo, foi apresentado o relato inédito de Marasmius alliaceus, Ganoderma boninense, Alloclavaria purpurea, Coniophora puteana, Boletus rubropunctus, Dichomitus squalens, Fusarium solani, Wallemia sebi e Teratosphaeriaecea sp. como habitantes dos exsudatos xilemáticos em plantas. No viveiro, a colonização endofítica da parte aérea de eucalipto foi dependente das fases de desenvolvimento da planta. Neste estudo, foi relatada pela primeira vez a presença das leveduras dos gêneros Pichia sp., Candida, Nilaparvata, Saturnispora sp., Malassezia, Bensingtonia e das espécies Rhodosporidium fluviale e Aureobasidium pullulans como endofíticas em eucalipto. Bactérias dos filos Firmicutes, Proteobacteria, classes Alfa, Beta e Gamma, e Actinobacteria foram identificadas na comunidade investigada. Nessa comunidade, as espécies Novosphingobium barchamii, Rhizobium grahami, Stenotrophomonas panacihumi, Paenibacillus terrigena, Paenibacillus darwinianus e Terrabacter lappili foram identificadas pela primeira vez como endofíticas. Proteobacteria foi o filo mais representativo em folhas de mudas nas fases de sombreamento e recém-saídas do sombreamento; e Firmicutes, em plantas a campo. Observaram-se correlações negativas entre os teores de glicose, frutose e sacarose e os índices de diversidade e riqueza microbianas. A distribuição das espécies de fungos, leveduras e bactérias endofíticas em eucalipto mostrou ser distinta e específica para as fases de desenvolvimento da planta. Algumas espécies bacterianas encontradas apresentam potencial para fixação de nitrogênio.Plants belonging to the Eucalyptus genus are among the most cultivated in the world. Eucalypts are fast-growing plants and their ability to adjust to a variety of environments can be understood by studying the associated microbiome. Eucalypt microbiome is composed by endophytic and epiphytic microrganisms. Endophytes colonize the internal tissues of healthy plants without causing symptoms or negative effects. In this study, the endophytic fungal diversity and distribution were evaluated in leafs and xylematic exudates from 18- and 72-month-old eucalypt plants in the beggining of the rainy season, in the rainy season and in the dry season. The bacterial, fungal, and yeast diversity in plants from different developmental stages was also evaluated: clonal garden, shading, post-shading, expedition and field. The microbial diversity was correlated with the sugar concentration in leaves. Following DNA extraction from leafs and xylematic exudates, amplicons generated by the amplification of 16S, 18S, and 26S rRNA subunits were submitted to DGGE, and the bands excised were sequenced. Bacterial community composition in leaves from the clonal garden, shading, post-shading, expedition, and field was also evaluated and confirmed by isolating bacteria and sequencing the 16S rRNA from bacterial colonies. Endophytic fungal community in leaves was affected by plant age and seasonality. Phylogenetic analyses revealed the dominance of Basidiomycota and Ascomytoca phyla during the development stages studied. In this work, the first report of Marasmius alliaceus, Ganoderma boninense, Alloclavaria purpurea, Coniophora puteana, Boletus rubropunctus, Dichomitus squalens, Fusarium solani, Wallemia sebi, and Teratosphaeriaecea sp. as inhabitants of the xylematic exudates in plants is provided. In the nursery, endophytic colonization of eucalypt shoots was dependent on the plant developmental stages. In this study, the yeasts Pichia sp., Candida, Nilaparvata, Saturnispora sp., Malassezia, Bensingtonia, Rhodosporidium fluviale, and Aureobasidium pullulans were described as endophytic for the first time. Firmicutes, Proteobacteria (Alpha-, Beta-, and Gamma- classes) and Actinobacteria were identified in the endophytic community. Novosphingobium barchamii, Rhizobium grahami, Stenotrophomonas panacihumi, Paenibacillus terrigena, Paenibacillus darwinianus, and Terrabacter lappili were identified as endophytic for the first time. Proteobacteria was the most represented phylum in leaves from the shading and post-shading stages, while Firmicutes was the main phylum found in leaves of plants in the field. Negative correlations were observed between the glucose, fructose, and sucrose contents in leaves and the microbial diversity and richness indices measured. The distribution of endophytic fungal, yeast, and bacterial species in eucalypt revealed to be distinct and specific to the developmental stage of eucalytpt plants. Some of the bacterial species found in eucalypt leaves show the potential for nitrogen fixation.porUniversidade Federal de ViçosaMicrobiologia AgrícolaEucalipto - MicrobiologiaFungosBactérias endofíticasLevedurasFilogeniaCiências AgráriasDiversidade de micro-organismos endofíticos em eucaliptoEndophytic microbial diversity in Eucalyptsinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisUniversidade Federal de ViçosaDepartamento de MicrobiologiaDoutor em Microbiologia AgrícolaViçosa - MG2015-05-29Doutoradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:LOCUS Repositório Institucional da UFVinstname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)instacron:UFVLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/31344/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52ORIGINALtexto completo.pdftexto completo.pdftexto completoapplication/pdf5493036https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/31344/1/texto%20completo.pdf5b63fece212ae18d74991480560b5b79MD51123456789/313442023-08-25 07:44:26.687oai:locus.ufv.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.locus.ufv.br/oai/requestfabiojreis@ufv.bropendoar:21452023-08-25T10:44:26LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)false
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