Análise de fatores aplicada a predição genômica considerando seleção de marcadores em Oryza sativa

• Autor(a) principal: Fialho, Izabela Clara
• Data de Publicação: 2021
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
• Texto Completo: https://locus.ufv.br//handle/123456789/28135
• topic: Arroz - Seleção - Métodos estatísticos; Genômica; BLUP; Estatística

O arroz asiático Oryza sativa é um dos alimentos mais consumidos em grande parte do mundo. Assim, o crescimento populacional justifica o interesse dos pesquisadores em tornar as variedades deste arroz altamente produtivas. Para alcançar esse objetivo, a Seleção Genômica Ampla (Genome Wide Selection - GWS) é uma ferramenta utilizada pelos programas de melhoramento. A GWS emprega dados fenotípicos e genotípicos por meio de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) amplamente distribuídos no genoma. Porém, nem todos estes SNPs estão associados as características de relevância para o pesquisador, o que torna necessário o uso de métodos estatísticos para a seleção de marcadores. O BLUP genômico (Genomic best linear unbiased prediction – G-BLUP) é um método amplamente aplicado a predição genômica, e quando este está associado a seleção de marcadores dá origem ao chamado G-BLUP supervisionado. Dessa forma, o presente trabalho objetivou-se avaliar a eficiência na predição genômica ao combinar a análise de fatores e a seleção de marcadores via G-BLUP supervisionado para grupos de características de interesse. O conjunto de dados de arroz utilizado é público e faz parte de dois projetos, o Projeto OryzaSNP e o Projeto OMAP e está disponível no site http://ricediversity.org/data/. O arquivo contém informações de 28 características fenotípicas e 36.901 marcadores SNPs de 413 indivíduos. Os resultados obtidos indicam que a aplicação da análise de fatores combinada à seleção de marcadores SNPs para a predição genômica se mostrou eficiente, visto que apresentaram valores semelhantes para capacidade preditiva em relação aos encontrados considerando as análises individuais das variáveis (em ambas as análises obteve-se variação entre 0,6 a 0,8 de capacidade preditiva) e alta concordância (acima de 50% de concordância para todos os grupos de marcadores) entre os indivíduos selecionados considerando o fator e as variáveis individuais. Palavras-chave: Arroz. Seleção genômica. G-BLUP.