Diversity of viruses present in cattle rumen and in genomes of Ralstonia sp species complex

• Autor(a) principal: Souza, Flávia de Oliveira
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: eng
• Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
• Texto Completo: https://locus.ufv.br//handle/123456789/32213
• topic: Diversidade genética; Vírus - Ecologia; Ralstonia; Rumen - Microbiologia; Microbiologia Agrícola

Os vírus são microrganismos presentes em todos ambientes e podem infectar todos tipos de organismos. A infecção viral afeta a dinâmica e as características de seus hospedeiros, dependendo dda estratégia de multiplicação que o vírus utiliza. Por muito tempo esforços foram realizados para descobrir e caracterizar novos vírus por meio de técnicas como filtração, cultura de tecidos, microscopia eletrônica, sorologia e vacinação, em condições laboratoriais. O avanço nas técnicas de sequenciamento de ácidos nucléicos, bioinformática e técnicas independentes de manutenção de culturas em laboratório tais como a metagenômica, passou a ser utilizada em estudos com o intuito de descobrir e caracterizar vírus em diversos ambientes. A relação ecológica entre vírus e um determinado grupo hospedeiro tem sido acessada por meio de ferramentas de bioinformática, identificando-se sequências derivadas de vírus em genomas bacterianos já sequenciados. Essa análise é possível devido ao fato de que alguns vírus que infectam bactérias podem se integrar ao genoma bacteriano e permanecer na forma de profago, replicando seu genoma juntamente com o genoma bacteriano. Nesse sentido, o crescente número de sequências completas de genomas bacterianos disponíveis em bancos de dados tornou possível a busca de evidências de vírus integrados nesses genomas em escala global. Ralstonia solanacearum é uma bactéria fitopatogênica causadora da murcha bacteriana, capaz de infectar cerca de 200 culturas de importância agrícola, distribuídas em cerca de 50 famílias botânicas diferentes. Além disso, R. solanacearum é reconhecida como um grupo de bactérias com diversidade genética, onde as cepas podem ser fenotipicamente subdivididas em quatro filotipos. Apesar dos esforços atuais para isolar vírus que infectam, pouco se sabe sobre a ocorrência e composição de profagos nos genomas de espécies de Ralstonia spp. A diversidade viral nos diferentes ecossistemas também tem sido acessada a partir de métodos independentes de cultivos laboratoriais e sem a necessidade de se conhecer o hospedeiro que desses vírus. Os principais ambientes pesquisados são água marinha, solos, fezes e intestinos de humanos e animais mamíferos. O rúmen é um componente do sistema gastrointestinal de animais ruminantes que tem como uma das principais características uma população de microrganismos complexa residente nesse ambiente. Animais ruminantes são incapazes de produzir enzimas para degradar a fibra ingerido no alimento. Os microrganismos ruminais, produzem essas enzimas e, portanto, são diretamente responsáveispela obtenção de energia pelo animal e, consequentemente, por sua saúde e rentabilidade. Desta forma, muitas pesquisas tem se concentrado em estudar a microbiota ruminal, mas estudos sobre o viroma ruminal ainda são escassos. Devido às complexas relações entre vírus e seus hospedeiros, seja em relação a um grupo específico de bactérias, como as fitopagênicas, ou em ambientes simbióticos, tais como o rúmen bovino, propusemos analisar a presença de sequências derivadas de vírus nos genomas do complexo de espécies Rasltonia solanacearum (RSC) disponíveis no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (NCBI). Também acessamos o viroma de duas vacas leiteiras da Universidade Federal de Viçosa e fomos capazes de isolar o primeiro vírus do tipo mimivírus dessas amostras ruminais. Palavras-chave: Diversidade Viral. Ecologia Viral. Complexo de espécies de Rasltonia sp. Viroma ruminal.