Detecção de QTLs em famílias de meios-irmãos por meio de genes idênticos por descendência, utilizando simulação

• Autor(a) principal: Souza, Gustavo Henrique de
• Data de Publicação: 2003
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
• Texto Completo: http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/10513
• topic: QTL; Simulação; Ciências Agrárias

Para muitas espécies de animais domésticos, árvores frutíferas perenes e especialmente seres humanos, a formação de linhagens endogâmicas é impraticável, sendo uma alternativa para o mapeamento de QTL a execução de análises de marcadores moleculares entre famílias existentes dentro de uma população segregante. O procedimento de mapeamento por intervalo baseado em modelo aleatório foi aplicado para estudar a robustez e propriedades no mapeamento de QTL, em populações simuladas, constituídas de famílias de meios-irmãos, variando o número de famílias, o tamanho da família , o número de alelos do QTL e a percentagem da variância genética explicada pelo QTL. As famílias de meios-irmãos foram simuladas considerando um segmento cromossômico de 100 cM, com seis marcadores igualmente distribuídos no cromossomo, a intervalos de 20 cM, com seis alelos de mesma freqüência. O número de alelos do suposto QTL foi de 2, 4, 6 ou 10, sempre com as mesmas freqüências. O número de famílias foi de 10 ou 100 e os tamanhos de famílias foram de 25 ou 50 com 10, 50 ou 100 % da proporção da variância genética devida ao QTL. Sob o modelo aleatório, a localização e os componentes de variância foram estimados, usando o método da máxima verossimilhança. As estimativas dos parâmetros foram baseadas na metodologia de pares de irmão. A proporção de genes idênticos por descendência (IBD) do QTL foi estimada pelo algoritmo proposto por MARTINEZ e VUKASINOVIC (2000). Na estimação dos parâmetros do QTL, que são a localização e os componentes de variância observou-se pouca influencia do número de alelos do QTL, sendo a proporção da variância genética devida ao QTL e ao número de indivíduos analisados, o que mais influenciou nas estimativas. Quando havia apenas 10 famílias, as estimativas de localização dos componentes de variância do QTL e da variância poligênica foram sempre viesadas. O mapeamento por intervalo estabelecido em modelos aleatórios em populações de meios-irmãos para a identificação de QTL parece não ser apropriado para investigar a presença de QTL, quando existem apenas 10 famílias com 25 ou 50 filhos. O número de alelos do QTL parece não influenciar na estimação da localização ou na estimação dos componentes de variância. O método indicou corretamente o intervalo do suposto QTL. Por ser simples e robusto, o modelo aleatório pode ser recomendado para a varredura rápida do genoma, aplicando-se, em seguida, análises mais refinadas no intervalo em que for indicada a existência de um suposto QTL. O modelo aleatório não consegue separar eficientemente a variância poligênica e as variâncias dos QTLs, propondo-se o uso de métodos mais sofisticados para estimar as variâncias devidas ao QTL.