Predição de valores genéticos por abordagens de seleção genômica ampla e de inteligência computacional

• Autor(a) principal: Silva, Gabi Nunes
• Data de Publicação: 2018
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
• Texto Completo: http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/17939
• topic: Redes neurais (Computação); Seleção genômica; Biometria; Genética Quantitativa

Os programas de melhoramento genético existem com dois objetivos principais: identificação de genótipos superiores e a obtenção de combinações melhoradas por meio de cruzamento entre esses indivíduos elite. Os mais diversos ramos da genética, estatística e biometria contribuíram para o estabelecimento de diferentes estratégias de melhoramento para seleção de genótipos superiores. Em particular, metodologias baseadas em seleção genômica ampla tem apresentado grande destaque dentre os estudos mais recentes de seleção. A seleção genômica ampla (Genome Wide Selection), envolve estudos biométricos e une genética de populações, genética molecular e a genética quantitativa. A maior motivação para tais estudos consiste na possibilidade de utilizar genotipagem em grande escala e incorporar informações genômicas no processo de predição, de modo a aumentar a eficiência seletiva, obter ganhos genéticos de forma mais ágil e diminuir os custos. Nos modelos de genética, as variações fenotípicas dos indivíduos consistem na variância genotípica dos mesmos agregando variâncias devido a dominância, variância ambiental e também epistasia. No entanto, os modelos de GWS, de modo geral, negligenciam a influência de dominância e epistasia, levando em consideração apenas os efeitos aditivos das características. Além disso, a alta densidade de marcadores moleculares pode levar a problemas de dimensionalidade e multicolinearidade. Neste contexto, o uso de estratégias de redução de dimensionalidade e de metodologias baseadas em inteligência computacional que abordem mais adequadamente a inclusão de tais efeitos em estudos de seleção e predição constituem a proposta neste trabalho. O trabalho visa abordar três tópicos principais: o capitulo propõe avaliar a eficiência do RR-BLUP para predição de valores genéticos de uma população simulada com 12 características complexas que contemplavam efeitos de dominância, epistasia e efeitos ambientais. No capítulo 2 propõe-se a aplicação dos Métodos de Regressão Stepwise e da Sonda para redução de dimensionalidade a fim de aumentar a eficiência preditiva do método RR-BLUP aplicado na mesma população considerada no capitulo 1. Finalmente, o capítulo 3 visa avaliar a eficiência das metodologias de inteligência computacional baseadas em Redes Neurais Artificiais de Redes Perceptron Multicamadas e as Redes de Função de Base Radial para predição dos valores genéticos da população simulada abordada nos capítulos anteriores. Os resultados indicaram que o uso de metodologias de redução de dimensionalidade contribui para o aumento da eficiência do método RR-BLUP. No entanto, também evidenciaram a deficiência desse método para predizer valores genéticos de populações que incluam efeitos de dominância e epistasia no controle gênico das características de interesse. As metodologias de Redes Neurais Multicamadas e as Redes de função de Base Radial propostas apresentaram acurácia preditiva, expressa pelo erro quadrático médio, superior à apresentada pelo RR-BLUP, demonstrando que as metodologias de inteligência computacional foram mais eficientes que a Seleção Genômica Ampla para o estudo de características complexas com controle gênico envolvendo efeitos aditivos, dominantes e epistáticos.