Genomic analyses of Calonectria pteridis and standard area diagram sets for severity assessment of calonectria leaf blight

• Autor(a) principal: Queiroz, Marcia Ferreira
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: eng
• Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
• Texto Completo: https://locus.ufv.br//handle/123456789/31137; https://doi.org/10.47328/ufvbbt.2023.343
• topic: Fungos fitopatogênicos; Cylindrocladium pteridis; Mancha-de-calonectria; Eucalipto - Doenças e pragas; Genoma; Fitopatologia

A mancha-de-calonectria, causada por várias espécies de Calonectria, representa uma séria ameaça à sustentabilidade de plantações comerciais e viveiros de Eucalyptus em todo o mundo. No Brasil, C. pteridis é o principal agente causal da mancha-de-calonectria em plantações de eucalipto. A seleção e o plantio de genótipos de eucalipto resistentes são as principais estratégias de controle dessa doença. Uma compreensão abrangente da biologia, genética e patogenicidade das espécies de Calonectria, bem como a avaliação acurada e confiável da severidade da doença para a seleção de clones de eucalipto resistentes, são conhecimentos essenciais para um manejo eficiente da mancha-de-calonectria. Portanto, no Capítulo 1 desta tese, apresentamos a montagem de novo do genoma nuclear de C. pteridis LPF059, o qual representa uma referência para investigações adicionais. No Capítulo 2, realizamos um estudo abrangente de análise genômica que nos permitiu maximizar a nossa compreensão da genética, estilo de vida, reprodução e patogenicidade de C. pteridis em comparação com outras espécies de Calonectria. A montagem do genoma de C. pteridis LPF059 apresenta alta completude, com um grande conjunto de sequências codificadoras relacionadas a CAZymes e metabólitos secundários. O tamanho e o conteúdo gênico do genoma mitocondrial de C. pteridis LPF059 são comparáveis aos de outras espécies de Calonectria. Com base nos genes de mating type, C. pteridis é uma espécie heterotálica. Calonectria henricotiae e C. pseudonaviculata são classificadas como mesotróficas, enquanto as outras espécies deste estudo são classificadas como vasculotróficas devido às diferenças em seu conteúdo de CAZymes e, consequentemente, na aquisição de nutrientes. Além disso, as espécies de Calonectria consideradas saprofíticas - "apatogênicas" - ou de ampla gama de hospedeiros apresentaram um conteúdo maior de genes relacionados à patogenicidade/virulência do que as espécies de restrita gama de hospedeiros, o que indica que a perda de certos genes pode ter afetado sua capacidade de infectar várias espécies de plantas hospedeiras. No capítulo 3, avaliamos o efeito de instruções fornecidas aos avaliadores e de dois conjuntos de diagramas de área padrão (DAPs), as quais variam em estrutura, na acurácia e reprodutibilidade das estimativas visuais da severidade da mancha-de- calonectria. Descobrimos que as instruções são essenciais para avaliadores naturalmente menos precisos e, dada a importância da avaliação visual dos sintomas da doença, recomendamos o uso do conjunto de diagramas linear ajustado para a avaliação da severidade da mancha-de- calonectria. Este estudo amplia nosso conhecimento sobre a biologia, genética, estilo de vida, evolução e patogenicidade de C. pteridis em comparação com outras espécies de Calonectria, fornecendo dados genômicos valiosos para investigações futuras. Além disso, melhora nossa compreensão sobre questões fundamentais relacionadas ao desenvolvimento e uso de DAPs, além de fornecer valiosos DAPs para serem utilizados na avaliação da severidade da mancha- de-calonectria para seleção de clones de eucalipto resistentes. Palavras-chave: Cylindrocladium pteridis. Sequenciamento do genoma. CAZymes. Estilo de vida. Patogenicidade fúngica. Escala diagramática. Resistência a doenças.