Linkage disequilibrium and haplotype block patterns in popcorn populations

• Autor(a) principal: Andrade, Andréa Carla Bastos
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: eng
• Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
• Texto Completo: https://locus.ufv.br//handle/123456789/28706
• topic: Gametas; Haplótipos; Genética vegetal; Milho de pipoca - Populações - Melhoramento genético; Genética Quantitativa

Desequilíbrio de ligação (DL) e blocos de haplótipos têm sido um conhecimento preliminar e poderoso para estudos genômicos em humanos, animais e plantas. Nós objetivamos descrever as medidas de DL, D' e r 2 , e caracterizar os padrões de blocos de haplótipos em populações de milho-pipoca de origem tropical (sintético e população de melhoramento) e temperada (população biparental). As três populações foram genotipadas por genotipagem por sequenciamento (GBS), 190 ou 192 indivíduos de cada população. Após o controle de qualidade dos dados, o conjunto final de marcadores remanescentes para análise variou de 75.000 a 76.055 SNPs. D' e r 2 foram avaliados por cromossomo, e os blocos de haplótipos foram caracterizados por número e tamanho de blocos, e número de SNP. DL e blocos de haplótipos foram também avaliados em 12 genes contendo polimorfismos relacionados à biossíntese de zeína, amido, celulose e ácidos graxos. Nossos resultados mostraram que o sintético é a população com maior LD, seguida pela população biparental. Observamos valores médios baixos de r 2 nas populações. Há um decréscimo de LD inicialmente mais alto para os SNPs separados por 51-100 kb (3 a 7% para D' e 28 a 66% para r 2 , em média) e então uma diminuição gradual para o valor mínimo de LD para SNPs separados por 451- 500 kb. O número e a extensão dos blocos de haplótipos e o número de SNPs por bloco de haplótipos foram proporcionais à média de r 2 . No entanto, não se espera uma vantagem significativa do estudo de associação baseado em haplótipos e na seleção genômica ao longo das gerações, devido ao número reduzido de SNPs nos blocos de haplótipos (2 a 3). A abordagem intragênica de LD revelou que as populações tropicais (sintético e população de melhoramento) desenvolvidas pelo programa de melhoramento genético, com base no volume de expansão, têm maior LD e presença de blocos de haplótipos. No entanto, não podemos inferir que os maiores valores de r 2 observados em 11 dos 12 genes são devidos a seleção para qualidade em populações. Palavras-chave: Desequilíbrio de Fase Gamética. Haplótipos. População Biparental. Sintético. População de Melhoramento.