Redundância funcional dos receptores NIK1 e NIK2 na imunidade antiviral

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Rodrigues, Raquel Gomes
Data de Publicação: 2024
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
Texto Completo: https://locus.ufv.br/handle/123456789/33162
https://doi.org/10.47328/ufvbbt.2024.645
Resumo: Devido a relevância da subfamília II de receptores do tipo quinase ricos em repetições em leucina (LRRII-RLK), há um interesse crescente na elucidação da função de proteínas dessa subfamília, pois atuam como correceptores de várias vias de sinalização celular. NIK1 “NUCLEAR SHUTTLE PROTEIN (NSP)-INTERACTING KINASE 1” pertence a esta subfamília e foi identificada por interagir com a proteína de begomovírus, NSP. NIK1 demonstra atividade antiviral e atua como correceptor em uma via de sinalização antiviral, ativada por begomovírus, estando mais relacionado a NIK2. Para determinar se NIK2 e NIK1 são funcionalmente redundantes na imunidade antiviral, foi realizada inicialmente uma análise filogenética da subfamília LRRII-RLK, utilizando proteínas de 100 espécies de plantas. As LRRII-RLKs foram divididas em cinco clados principais com alto grau de estabilidade. Consistente com a hipótese de redundância funcional, NIK1 e NIK2 foram agrupadas juntas, designando o clado como NIK e demonstrando alta conservação de sequência. Ensaios de infecção viral, utilizando os nocautes simples nik1-1 e nik2-1 e o nocaute duplo nik1-1/nik2-1, forneceram evidências de que, similar a NIK1, NIK2 está envolvida em resistência contra begomovírus. A inativação de NIK2 aumentou a suscetibilidade ao begomovírus cabbage leaf curl virus (CabLCV), com sintomas mais severos e acúmulo do DNA viral superior àqueles exibidos por Col-0, embora similares a nik1-1. No mutante duplo nik1-1/nik2-1, o fenótipo de suscetibilidade aumentada foi acentuado e a carga viral foi ainda maior do que nos mutantes simples. Coletivamente estes resultados indicam que NIK2 atua na imunidade antiviral de maneira similar a NIK1. Para confirmar que NIK1 e NIK2 compartilham a mesma via de sinalização antiviral, foi avaliado se padrões moleculares associados a patógenos (PAMPs) virais, ácidos nucléicos derivados de begomovírus, induziriam a mesma via de sinalização antiviral nos nocautes. A ativação da via de sinalização de NIK1 foi monitorada por meio de determinação da repressão de genes marcadores da referida via de sinalização. Tanto RNA quanto DNA preparados de plantas infectadas induziram a repressão dos genes marcadores em nik1-1 e nik2-1, embora em níveis inferiores a Col-0. Estes resultados confirmaram que NIK1 e NIK2 participam da mesma via de sinalização antiviral mediada por NIK1/NIK2. Também foi avaliado se o genoma do vírus funcionava como PAMP viral. Para isso, DNA-A de CabLCV foi purificado de Escherichia coli e o fragmento do genoma contendo a região intergênica foram usados para tratamento dos nocautes e Col-0. Ambos os DNAs funcionaram como PAMPs virais e ativaram a via de sinalização antiviral de NIK1/NIK2. Devido à facilidade de produção da região intergênica em altas quantidades, estas PAMPs poderão ser utilizadas em escrutínios para identificar possíveis receptores sensores desses padrões moleculares (PRRs antivirais). Palavras-chave: Redundância funcional. Receptores. Imunidade antiviral.
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Para determinar se NIK2 e NIK1 são funcionalmente redundantes na imunidade antiviral, foi realizada inicialmente uma análise filogenética da subfamília LRRII-RLK, utilizando proteínas de 100 espécies de plantas. As LRRII-RLKs foram divididas em cinco clados principais com alto grau de estabilidade. Consistente com a hipótese de redundância funcional, NIK1 e NIK2 foram agrupadas juntas, designando o clado como NIK e demonstrando alta conservação de sequência. Ensaios de infecção viral, utilizando os nocautes simples nik1-1 e nik2-1 e o nocaute duplo nik1-1/nik2-1, forneceram evidências de que, similar a NIK1, NIK2 está envolvida em resistência contra begomovírus. A inativação de NIK2 aumentou a suscetibilidade ao begomovírus cabbage leaf curl virus (CabLCV), com sintomas mais severos e acúmulo do DNA viral superior àqueles exibidos por Col-0, embora similares a nik1-1. 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Para isso, DNA-A de CabLCV foi purificado de Escherichia coli e o fragmento do genoma contendo a região intergênica foram usados para tratamento dos nocautes e Col-0. Ambos os DNAs funcionaram como PAMPs virais e ativaram a via de sinalização antiviral de NIK1/NIK2. Devido à facilidade de produção da região intergênica em altas quantidades, estas PAMPs poderão ser utilizadas em escrutínios para identificar possíveis receptores sensores desses padrões moleculares (PRRs antivirais). Palavras-chave: Redundância funcional. Receptores. Imunidade antiviral.Due to the relevance of subfamily II of leucine repeat-rich kinase receptors (LRRII-RLK), there is a growing interest in elucidating the function of proteins from this subfamily, as they act as coreceptors for several cellular signaling pathways. NIK1 [“NUCLEAR SHUTTLE PROTEIN (NSP)-INTERACTING KINASE 1”] belongs to this subfamily and was identified via interaction with the begomovirus protein NSP. NIK1 demonstrates antiviral activity and acts as a coreceptor in an antiviral signaling pathway activated by begomovirus and is more related to NIK2. To determine whether NIK2 and NIK1 are functionally redundant in antiviral immunity, a phylogenetic analysis of the LRRII-RLK subfamily was initially performed using proteins from 100 plant species. The LRRII-RLKs were divided into five main clades with high stability. Consistent with the functional redundancy hypothesis, NIK1 and NIK2 were clustered together, designating the clade as NIK and demonstrating high sequence conservation. Viral infection assays, using the nik1-1 and nik2-1 single knockouts and the nik1-1/nik2-1 double knockout, provided evidence that, like NIK1, NIK2 is involved in resistance against begomoviruses. Inactivation of NIK2 increased susceptibility to the begomovirus cabbage leaf curl virus (CabLCV), with more severe symptoms and viral DNA accumulation greater than those exhibited by Col-0, although similar levels to nik1-1. In the nik1-1/nik2-1 double mutant, the increased susceptibility phenotype was accentuated, and the viral load was even higher than in the single mutants. Collectively, these results indicate that NIK2 functions in antiviral immunity in a similar manner to NIK1. To confirm that NIK1 and NIK2 share the same antiviral signaling pathway, we evaluated whether viral pathogen-associated molecular patterns (PAMPs), nucleic acids derived from begomoviruses, would induce the same antiviral signaling pathway in the knockouts. The activation of the NIK1 signaling pathway was monitored by determining the repression of marker genes associated with the signaling pathway. Both RNA and DNA prepared from infected plants induced repression of marker genes in nik1-1 and nik2-1, although at lower levels than Col-0. These results confirmed that NIK1 and NIK2 participate in the same NIK1/NIK2-mediated antiviral signaling pathway. To assess whether the virus genome functioned as a viral PAMP, CabLCV DNA-B was purified from E. coli, and the genome fragment containing the intergenic region was used to treat the knockouts and Col-0. Both DNAs functioned as viral PAMPs and activated the NIK1/NIK2 antiviral signaling pathway. Due to the ease of producing the intergenic region in high quantities, these PAMPs can be used in screenings to identify possible antiviral sensing receptors for these molecular patterns (antiviral PRRs). Keywords: Functional redundancy. Receptors. Antiviral immunity.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG)Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP)Universidade Federal de ViçosaGenética e MelhoramentoFontes, Elizabeth Pacheco Batistahttp://lattes.cnpq.br/2086203847470348Ramos, Humberto Josué de OliveiraReis, Pedro Augusto Braga dosRodrigues, Raquel Gomes2024-11-19T12:18:25Z2024-02-28info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfRODRIGUES, Raquel Gomes. Redundância funcional dos receptores NIK1 e NIK2 na imunidade antiviral. 2024. 45 f. 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