Analysis of prophages in Erwinia spp. genomes

• Autor(a) principal: Lima, Thamylles Thuany Mayrink
• Data de Publicação: 2020
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: eng
• Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
• Texto Completo: https://locus.ufv.br//handle/123456789/31359
• topic: Bacteriófagos; Lisogenia; Bactérias fitopatogênicas; CRISPR (Genética); Virologia

Os bacteriófagos podem ser encontrados em muitos ambientes, incluindo água, solo, sistema gastrointestinal e integrado aos genomas do hospedeiro, como profagos. Os profagos podem ter um efeito positivo, neutro ou negativo para seu hospedeiro. Podem afetar a variabilidade genética do genoma bacteriano, conferir vantagem seletiva ao hospedeiro, transportar fatores de virulência, introduzir novos genes de patogenicidade e conferir novas propriedades fenotípicas a seus hospedeiros, contribuindo para a aptidão. Bactérias do gênero Erwinia são patógenos que infectam um grande número de importantes culturas agrícolas. Estudos sobre profagos neste grupo de bactérias são pouco explorados. Neste trabalho, examinamos profagos nos genomas de Erwinia spp. Sequências de bacteriófagos na forma de profagos foram identificadas em 100% dos genomas analisados. Mais de um profago foi encontrado no mesmo genoma, caracterizando polilisogenia. A análise de profagos intactos sugere que são espécies não caracterizadas, pois mostraram baixa identidade com genomas de vírus em bancos de dados públicos. Genes bacterianos foram encontrados nos profagos integrados, sugerindo transferência horizontal de genes e genes que codificam fatores que podem conferir características especiais ao hospedeiro também foram encontrados. Detectamos sequências espaçadoras de fagos no locus CRISPR dos genomas de Erwinia spp. mas não encontramos espaçadores para os profagos residentes nos genomas analisados, sugerindo que os profagos residentes no genoma não foram reconhecidos pelo sistema CRISPR-Cas. Nossos resultados mostram que os bacteriófagos estão amplamente distribuídos nos genomas de Erwinia spp. e que podem estar contribuindo com as características fenotípicas do seu hospedeiro. Palavras-chave: PHASTER; Lisogenia; CRISPR-Cas; Bacteriófagos; Bactéria fitopatogênica.