Implementação da seleção genômica para idade ao primeiro parto em fêmeas Nelore
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2019 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | LOCUS Repositório Institucional da UFV |
Texto Completo: | https://locus.ufv.br//handle/123456789/27487 |
Resumo: | Objetivou-se utilizar a seleção genômica (via duas metodologias: single-step e o índice de seleção combinado) e a análise tradicional baseada em pedigree para uma avaliação genética intra-rebanho considerando a característica idade ao primeiro parto (IPP) em fêmeas Nelore. Os resultados foram comparados tendo em vista a acurácia e o viés dos valores genéticos preditos. Também foram obtidas estimativas dos componentes de variância e herdabilidade para IPP. Para a análise considerando índice de seleção combinado, vários métodos estatísticos que consideram a seleção de covariáveis (problema de multicolinearidade) e a regularização do processo de estimação (problema de dimensionalidade) foram utilizados (RR-BLUP, Bayes A, Bayes B e Bayes LASSO). Foram usados dados fenotípicos (IPP) e genotípicos de 714 animais, e o pedigree contemplou um total de 4.133 animais. O método single-step superou todos os outros, e dentre os métodos two-step, o Bayes B se sobressaiu em relação aos demais. A melhor performance do método single- step pode ser explicada pelo fato do mesmo absorver informações de parentesco de indivíduos não genotipados na predição dos valores genéticos. Ambos os métodos, single-step e pedigree, reportaram o mesmo valor de herdabilidade, sendo este 0,13, porém o erro-padrão foi de 0,03 e 0,06, respectivamente para os dois métodos descritos. A avaliação genética intra- rebanho realizado simultaneamente neste com estudo avaliações incluindo tradicionais informações baseadas genômicas em pedigree (metodologia denominada single-step) apresentou desempenho superior às demais metodologias testadas em relação ao aumento médio da acurácia e redução do viés de predição. Dentre os métodos Bayesianos de seleção genômica, o Bayes B superou os demais, porém o mesmo não é recomendado devido à necessidade de análises two-step, o que torna a avaliação genética onerosa em termos de tempo de execução das análises estatísticas, e também por ter gerado resultados de predição inferiores ao método single-step. |
id |
UFV_a62d4f85fd230398099f04597426fe18 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:locus.ufv.br:123456789/27487 |
network_acronym_str |
UFV |
network_name_str |
LOCUS Repositório Institucional da UFV |
repository_id_str |
2145 |
spelling |
Garcia, AdrianoVentura, Henrique Torres2019-12-10T18:24:28Z2019-12-10T18:24:28Z2019-07-12GARCIA, Adriano. Implementação da seleção genômica para idade ao primeiro parto em fêmeas Nelore. 2019. 19 f. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. 2019.https://locus.ufv.br//handle/123456789/27487Objetivou-se utilizar a seleção genômica (via duas metodologias: single-step e o índice de seleção combinado) e a análise tradicional baseada em pedigree para uma avaliação genética intra-rebanho considerando a característica idade ao primeiro parto (IPP) em fêmeas Nelore. Os resultados foram comparados tendo em vista a acurácia e o viés dos valores genéticos preditos. Também foram obtidas estimativas dos componentes de variância e herdabilidade para IPP. Para a análise considerando índice de seleção combinado, vários métodos estatísticos que consideram a seleção de covariáveis (problema de multicolinearidade) e a regularização do processo de estimação (problema de dimensionalidade) foram utilizados (RR-BLUP, Bayes A, Bayes B e Bayes LASSO). Foram usados dados fenotípicos (IPP) e genotípicos de 714 animais, e o pedigree contemplou um total de 4.133 animais. O método single-step superou todos os outros, e dentre os métodos two-step, o Bayes B se sobressaiu em relação aos demais. A melhor performance do método single- step pode ser explicada pelo fato do mesmo absorver informações de parentesco de indivíduos não genotipados na predição dos valores genéticos. Ambos os métodos, single-step e pedigree, reportaram o mesmo valor de herdabilidade, sendo este 0,13, porém o erro-padrão foi de 0,03 e 0,06, respectivamente para os dois métodos descritos. A avaliação genética intra- rebanho realizado simultaneamente neste com estudo avaliações incluindo tradicionais informações baseadas genômicas em pedigree (metodologia denominada single-step) apresentou desempenho superior às demais metodologias testadas em relação ao aumento médio da acurácia e redução do viés de predição. Dentre os métodos Bayesianos de seleção genômica, o Bayes B superou os demais, porém o mesmo não é recomendado devido à necessidade de análises two-step, o que torna a avaliação genética onerosa em termos de tempo de execução das análises estatísticas, e também por ter gerado resultados de predição inferiores ao método single-step.The objective was to use genomic selection (via two methodologies: single-step and combined selection index), and traditional pedigree-based analysis for an intra-herd genetic evaluation considering the trait age at first calving (AFC) in Nelore females. The results were compared considering both prediction accuracy and bias of the estimated breeding values. Variance components and heritabilities for AFC were also calculated. Regarding the combined selection index analysis, we used several statistical methods that reflects on covariates selection (multicollinearity problems) and regularization of estimation process (dimensionality problem). The used methods used were: RR-BLUP, Bayes A, Bayes B and Bayes LASSO. Phenotypic (AFC) and genotypic data from 714 animals were used, and the pedigree included a total of 4,133 animals. All the methods were outperformed by the single-step methodology; and among the two-step methods, the best results were showed by Bayes B. The better performance of single-step method can be explained by the fact that it absorbs relationship information from non-genotyped individuals in prediction of breeding values. Both single-step and pedigree methods reported the same heritability value, which was 0.13, but the standard error was 0.03 and 0.06, respectively for both described methods. The intra-herd genetic evaluation performed in this study, which included genomic information simultaneously with traditional pedigree-based evaluations (methodology called single-step), performed better than the other methodologies tested in relation to the average increase in accuracy and reduction of prediction bias. Among the Bayesian methods of genomic selection, Bayes B outperformed the others, but, it is not recommended due to the need for two-step analysis, which makes genetic evaluation costly in terms of statistical analysis execution time, and also by have provided lower prediction results than single-step method.porUniversidade Federal de ViçosaGenômicaNelore (Bovino) - SeleçãoGenética e Melhoramento dos Animais DomésticosImplementação da seleção genômica para idade ao primeiro parto em fêmeas NeloreGenomic selection implementation for age at first calving on Nelore femalesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisUniversidade Federal de ViçosaDepartamento de ZootecniaMestre em ZootecniaViçosa - MG2019-07-12Mestradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:LOCUS Repositório Institucional da UFVinstname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)instacron:UFVORIGINALtexto completo.pdftexto completo.pdftexto completoapplication/pdf2376299https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/27487/1/texto%20completo.pdf70304600cbb87083dff048037f2fe0b9MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/27487/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52123456789/274872019-12-10 15:25:08.86oai:locus.ufv.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.locus.ufv.br/oai/requestfabiojreis@ufv.bropendoar:21452019-12-10T18:25:08LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)false |
dc.title.pt-BR.fl_str_mv |
Implementação da seleção genômica para idade ao primeiro parto em fêmeas Nelore |
dc.title.en.fl_str_mv |
Genomic selection implementation for age at first calving on Nelore females |
title |
Implementação da seleção genômica para idade ao primeiro parto em fêmeas Nelore |
spellingShingle |
Implementação da seleção genômica para idade ao primeiro parto em fêmeas Nelore Garcia, Adriano Genômica Nelore (Bovino) - Seleção Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos |
title_short |
Implementação da seleção genômica para idade ao primeiro parto em fêmeas Nelore |
title_full |
Implementação da seleção genômica para idade ao primeiro parto em fêmeas Nelore |
title_fullStr |
Implementação da seleção genômica para idade ao primeiro parto em fêmeas Nelore |
title_full_unstemmed |
Implementação da seleção genômica para idade ao primeiro parto em fêmeas Nelore |
title_sort |
Implementação da seleção genômica para idade ao primeiro parto em fêmeas Nelore |
author |
Garcia, Adriano |
author_facet |
Garcia, Adriano |
author_role |
author |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Garcia, Adriano |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Ventura, Henrique Torres |
contributor_str_mv |
Ventura, Henrique Torres |
dc.subject.pt-BR.fl_str_mv |
Genômica Nelore (Bovino) - Seleção |
topic |
Genômica Nelore (Bovino) - Seleção Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos |
dc.subject.cnpq.fl_str_mv |
Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos |
description |
Objetivou-se utilizar a seleção genômica (via duas metodologias: single-step e o índice de seleção combinado) e a análise tradicional baseada em pedigree para uma avaliação genética intra-rebanho considerando a característica idade ao primeiro parto (IPP) em fêmeas Nelore. Os resultados foram comparados tendo em vista a acurácia e o viés dos valores genéticos preditos. Também foram obtidas estimativas dos componentes de variância e herdabilidade para IPP. Para a análise considerando índice de seleção combinado, vários métodos estatísticos que consideram a seleção de covariáveis (problema de multicolinearidade) e a regularização do processo de estimação (problema de dimensionalidade) foram utilizados (RR-BLUP, Bayes A, Bayes B e Bayes LASSO). Foram usados dados fenotípicos (IPP) e genotípicos de 714 animais, e o pedigree contemplou um total de 4.133 animais. O método single-step superou todos os outros, e dentre os métodos two-step, o Bayes B se sobressaiu em relação aos demais. A melhor performance do método single- step pode ser explicada pelo fato do mesmo absorver informações de parentesco de indivíduos não genotipados na predição dos valores genéticos. Ambos os métodos, single-step e pedigree, reportaram o mesmo valor de herdabilidade, sendo este 0,13, porém o erro-padrão foi de 0,03 e 0,06, respectivamente para os dois métodos descritos. A avaliação genética intra- rebanho realizado simultaneamente neste com estudo avaliações incluindo tradicionais informações baseadas genômicas em pedigree (metodologia denominada single-step) apresentou desempenho superior às demais metodologias testadas em relação ao aumento médio da acurácia e redução do viés de predição. Dentre os métodos Bayesianos de seleção genômica, o Bayes B superou os demais, porém o mesmo não é recomendado devido à necessidade de análises two-step, o que torna a avaliação genética onerosa em termos de tempo de execução das análises estatísticas, e também por ter gerado resultados de predição inferiores ao método single-step. |
publishDate |
2019 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2019-12-10T18:24:28Z |
dc.date.available.fl_str_mv |
2019-12-10T18:24:28Z |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2019-07-12 |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.citation.fl_str_mv |
GARCIA, Adriano. Implementação da seleção genômica para idade ao primeiro parto em fêmeas Nelore. 2019. 19 f. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. 2019. |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://locus.ufv.br//handle/123456789/27487 |
identifier_str_mv |
GARCIA, Adriano. Implementação da seleção genômica para idade ao primeiro parto em fêmeas Nelore. 2019. 19 f. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. 2019. |
url |
https://locus.ufv.br//handle/123456789/27487 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de Viçosa |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de Viçosa |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:LOCUS Repositório Institucional da UFV instname:Universidade Federal de Viçosa (UFV) instacron:UFV |
instname_str |
Universidade Federal de Viçosa (UFV) |
instacron_str |
UFV |
institution |
UFV |
reponame_str |
LOCUS Repositório Institucional da UFV |
collection |
LOCUS Repositório Institucional da UFV |
bitstream.url.fl_str_mv |
https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/27487/1/texto%20completo.pdf https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/27487/2/license.txt |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
70304600cbb87083dff048037f2fe0b9 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV) |
repository.mail.fl_str_mv |
fabiojreis@ufv.br |
_version_ |
1801212994182447104 |