Mapeamento de gene letal, responsável pela distorção de segregação e detecção de QTL para resistência à ferrugem (Puccinia psidii) em Eucalyptus spp
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2007 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | por |
Título da fonte: | LOCUS Repositório Institucional da UFV |
Texto Completo: | http://locus.ufv.br/handle/123456789/1270 |
Resumo: | The rust caused by Puccinia psidii is a limited factor to the Eucalyptus production. In this way, inheritance studies for rust, subsidized by mapping analysis and detection of QTL (s) becomes important to aid the breeding programs. However, in Eucalyptus, mainly in interspecific crossings, a high frequency of loci with segregation distortion (SD) is observed. The SD hinders to predict the genotipic segregation and to estimate the recombination frequencies in genomic analysis. Genetic maps that neglect the segregation distortion provide a bias estimation of the distance among markers. This way, this work aimed to select a interspecific cross to identify the cause of segregation distortion of microsatellite loci, in the linkage group three; to develop a methodology to map those loci and to detect QTLs responsible for the rust resistance. Functions were presented to estimate the amount of distortion of the loci of the linkage group three that exhibited segregation distortion. From the amount of distortion an estimator was established to map those loci. It was presupposed and confirmed that the segregation distortion was due to a lethal gene that acts in the gamete formation. Starting from the amount of distortion and from the estimated recombination frequency for each locus, they were mapped in relation to the lethal loci. Phenotypic data related to the rust and genotypic information of seven microsatellite of the linkage group three (EMBRA 227, EMBRA 189, EMBRA 122, EMBRA 171, EMBRA 125, EMBRA 239, EMBRA 181) were used for the QTLs detection. The QTL detection, responsible for the rust resistance, was made through methodologies based in simple mark and simple interval mapping. The methodologies of simple marks evidenced statistical significance for the markers EMBRA 181 and EMBRA 125, and the last one showed the largest statistical significance. For the simple interval mapping method, QTL was mapped 0,002 cM from EMBRA 125. Mapped QTL explained 42% of the phenotypic variation. Once the QTL was mapped very close to the locus marker EMBRA 125 and it explains great proportion of the phenotypic variance, it is interesting to use in markers assisted selection and eventual positional cloning of the rust resistance gene. |
id |
UFV_a9f4a36e73d92fc7ecc37308ea0d950c |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:locus.ufv.br:123456789/1270 |
network_acronym_str |
UFV |
network_name_str |
LOCUS Repositório Institucional da UFV |
repository_id_str |
2145 |
spelling |
Rosado, Tatiana Barbosahttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4765667A9Araujo, Elza Fernandes dehttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783675E2Alfenas, Acelino Coutohttp://lattes.cnpq.br/2514320654462590Cruz, Cosme Damiãohttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4788274A6Takahashi, Elizabete Keikohttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4791344Y9Caixeta, Eveline Teixeirahttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728636Z72015-03-26T12:45:15Z2008-03-032015-03-26T12:45:15Z2007-11-08ROSADO, Tatiana Barbosa. Lethal gene mapping responsible for the segregation distortion and QTL detection for rust (Puccinia psidii) in Eucalyptus spp.. 2007. 138 f. Tese (Doutorado em Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2007.http://locus.ufv.br/handle/123456789/1270The rust caused by Puccinia psidii is a limited factor to the Eucalyptus production. In this way, inheritance studies for rust, subsidized by mapping analysis and detection of QTL (s) becomes important to aid the breeding programs. However, in Eucalyptus, mainly in interspecific crossings, a high frequency of loci with segregation distortion (SD) is observed. The SD hinders to predict the genotipic segregation and to estimate the recombination frequencies in genomic analysis. Genetic maps that neglect the segregation distortion provide a bias estimation of the distance among markers. This way, this work aimed to select a interspecific cross to identify the cause of segregation distortion of microsatellite loci, in the linkage group three; to develop a methodology to map those loci and to detect QTLs responsible for the rust resistance. Functions were presented to estimate the amount of distortion of the loci of the linkage group three that exhibited segregation distortion. From the amount of distortion an estimator was established to map those loci. It was presupposed and confirmed that the segregation distortion was due to a lethal gene that acts in the gamete formation. Starting from the amount of distortion and from the estimated recombination frequency for each locus, they were mapped in relation to the lethal loci. Phenotypic data related to the rust and genotypic information of seven microsatellite of the linkage group three (EMBRA 227, EMBRA 189, EMBRA 122, EMBRA 171, EMBRA 125, EMBRA 239, EMBRA 181) were used for the QTLs detection. The QTL detection, responsible for the rust resistance, was made through methodologies based in simple mark and simple interval mapping. The methodologies of simple marks evidenced statistical significance for the markers EMBRA 181 and EMBRA 125, and the last one showed the largest statistical significance. For the simple interval mapping method, QTL was mapped 0,002 cM from EMBRA 125. Mapped QTL explained 42% of the phenotypic variation. Once the QTL was mapped very close to the locus marker EMBRA 125 and it explains great proportion of the phenotypic variance, it is interesting to use in markers assisted selection and eventual positional cloning of the rust resistance gene.A ferrugem causada por Puccinia psidii é uma doença limitante para a cultura do eucalipto no Brasil. Dessa forma, estudos de herança da resistência à ferrugem, subsidiado por análise de mapeamento e detecção de QTL (s), torna-se de suma importância para auxiliar nos programas de melhoramento. No entanto, em Eucalyptus, principalmente em cruzamentos interespecíficos, observa-se alta freqüência de locos com distorção de segregação (DS) que dificulta prever as segregações genotípicas e estimar as frequências de recombinações em análises genômicas. Mapas genéticos que negligenciam a distorção de segregação, proporcionam estimativas viesadas da distância entre marcas. Dessa forma, os objetivos deste trabalho foram selecionar um cruzamento interespecífico para identificar a causa da distorção de segregação, de locos microssatélites, no grupo de ligação três, desenvolver uma metodologia para mapear esses locos e detectar QTLs responsáveis pela resistência à ferrugem. Foram apresentadas funções para estimar a taxa de distorção dos locos do grupo de ligação três. Baseada nas taxas de distorção foi estabelecido um estimador para mapear esses locos. Foi pressuposto e comprovado que a distorção de segregação foi devida a um gene letal que atua na formação dos gametas. A partir das taxas de distorção e da freqüência de recombinação estimadas, para cada loco, esses foram mapeados em relação ao loco letal. Para a detecção de QTLs foram utilizados os dados fenotípicos relacionados à ferrugem e as informações genotípicas de sete locos microssatélites do grupo de ligação três (EMBRA 227, EMBRA 189, EMBRA 122, EMBRA 171, EMBRA 125, EMBRA 239, EMBRA 181). A detecção de QTLs, responsáveis pela resistência à ferrugem, foi feita por meio de metodologias de mapeamento baseada em marca simples e em intervalo simples. As metodologias de marcas simples evidenciaram associação significativa entre os marcadores EMBRA 181 e EMBRA 125 e o QTL, sendo a maior significância detectada para o marcador EMBRA 125. Pelo método de intervalo simples, o QTL foi mapeado a 0,002 cM do EMBRA 125. O QTL mapeado explicou 42% da variação fenotípica. Em função do QTL ter sido mapeado muito próximo ao loco marcador EMBRA 125 e por explicar grande proporção da variância fenotípica, é interessante o seu uso em seleção assistida e eventual clonagem posicional do gene de resistência à ferrugem.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológicoapplication/pdfporUniversidade Federal de ViçosaDoutorado em Genética e MelhoramentoUFVBRGenética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; MeEucalyptusPuccinia psidiiMapeamento genéticoEucalyptusPuccinia psidiiGenetic mappingCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA QUANTITATIVAMapeamento de gene letal, responsável pela distorção de segregação e detecção de QTL para resistência à ferrugem (Puccinia psidii) em Eucalyptus sppLethal gene mapping responsible for the segregation distortion and QTL detection for rust (Puccinia psidii) in Eucalyptus spp.info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:LOCUS Repositório Institucional da UFVinstname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)instacron:UFVORIGINALtexto completo.pdfapplication/pdf1363566https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/1270/1/texto%20completo.pdf866add7ae7d30a4475824843543fd77dMD51TEXTtexto completo.pdf.txttexto completo.pdf.txtExtracted texttext/plain193851https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/1270/2/texto%20completo.pdf.txt24a584ed9a7ba410f0fb6e7e3f9534b3MD52THUMBNAILtexto completo.pdf.jpgtexto completo.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg3583https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/1270/3/texto%20completo.pdf.jpgc0455e38b86b06632cd575ff7ddcfea3MD53123456789/12702016-04-06 08:02:16.434oai:locus.ufv.br:123456789/1270Repositório InstitucionalPUBhttps://www.locus.ufv.br/oai/requestfabiojreis@ufv.bropendoar:21452016-04-06T11:02:16LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)false |
dc.title.por.fl_str_mv |
Mapeamento de gene letal, responsável pela distorção de segregação e detecção de QTL para resistência à ferrugem (Puccinia psidii) em Eucalyptus spp |
dc.title.alternative.eng.fl_str_mv |
Lethal gene mapping responsible for the segregation distortion and QTL detection for rust (Puccinia psidii) in Eucalyptus spp. |
title |
Mapeamento de gene letal, responsável pela distorção de segregação e detecção de QTL para resistência à ferrugem (Puccinia psidii) em Eucalyptus spp |
spellingShingle |
Mapeamento de gene letal, responsável pela distorção de segregação e detecção de QTL para resistência à ferrugem (Puccinia psidii) em Eucalyptus spp Rosado, Tatiana Barbosa Eucalyptus Puccinia psidii Mapeamento genético Eucalyptus Puccinia psidii Genetic mapping CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA QUANTITATIVA |
title_short |
Mapeamento de gene letal, responsável pela distorção de segregação e detecção de QTL para resistência à ferrugem (Puccinia psidii) em Eucalyptus spp |
title_full |
Mapeamento de gene letal, responsável pela distorção de segregação e detecção de QTL para resistência à ferrugem (Puccinia psidii) em Eucalyptus spp |
title_fullStr |
Mapeamento de gene letal, responsável pela distorção de segregação e detecção de QTL para resistência à ferrugem (Puccinia psidii) em Eucalyptus spp |
title_full_unstemmed |
Mapeamento de gene letal, responsável pela distorção de segregação e detecção de QTL para resistência à ferrugem (Puccinia psidii) em Eucalyptus spp |
title_sort |
Mapeamento de gene letal, responsável pela distorção de segregação e detecção de QTL para resistência à ferrugem (Puccinia psidii) em Eucalyptus spp |
author |
Rosado, Tatiana Barbosa |
author_facet |
Rosado, Tatiana Barbosa |
author_role |
author |
dc.contributor.authorLattes.por.fl_str_mv |
http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4765667A9 |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Rosado, Tatiana Barbosa |
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv |
Araujo, Elza Fernandes de |
dc.contributor.advisor-co1Lattes.fl_str_mv |
http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783675E2 |
dc.contributor.advisor-co2.fl_str_mv |
Alfenas, Acelino Couto |
dc.contributor.advisor-co2Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/2514320654462590 |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Cruz, Cosme Damião |
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv |
http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4788274A6 |
dc.contributor.referee1.fl_str_mv |
Takahashi, Elizabete Keiko |
dc.contributor.referee1Lattes.fl_str_mv |
http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4791344Y9 |
dc.contributor.referee2.fl_str_mv |
Caixeta, Eveline Teixeira |
dc.contributor.referee2Lattes.fl_str_mv |
http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728636Z7 |
contributor_str_mv |
Araujo, Elza Fernandes de Alfenas, Acelino Couto Cruz, Cosme Damião Takahashi, Elizabete Keiko Caixeta, Eveline Teixeira |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Eucalyptus Puccinia psidii Mapeamento genético |
topic |
Eucalyptus Puccinia psidii Mapeamento genético Eucalyptus Puccinia psidii Genetic mapping CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA QUANTITATIVA |
dc.subject.eng.fl_str_mv |
Eucalyptus Puccinia psidii Genetic mapping |
dc.subject.cnpq.fl_str_mv |
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA QUANTITATIVA |
description |
The rust caused by Puccinia psidii is a limited factor to the Eucalyptus production. In this way, inheritance studies for rust, subsidized by mapping analysis and detection of QTL (s) becomes important to aid the breeding programs. However, in Eucalyptus, mainly in interspecific crossings, a high frequency of loci with segregation distortion (SD) is observed. The SD hinders to predict the genotipic segregation and to estimate the recombination frequencies in genomic analysis. Genetic maps that neglect the segregation distortion provide a bias estimation of the distance among markers. This way, this work aimed to select a interspecific cross to identify the cause of segregation distortion of microsatellite loci, in the linkage group three; to develop a methodology to map those loci and to detect QTLs responsible for the rust resistance. Functions were presented to estimate the amount of distortion of the loci of the linkage group three that exhibited segregation distortion. From the amount of distortion an estimator was established to map those loci. It was presupposed and confirmed that the segregation distortion was due to a lethal gene that acts in the gamete formation. Starting from the amount of distortion and from the estimated recombination frequency for each locus, they were mapped in relation to the lethal loci. Phenotypic data related to the rust and genotypic information of seven microsatellite of the linkage group three (EMBRA 227, EMBRA 189, EMBRA 122, EMBRA 171, EMBRA 125, EMBRA 239, EMBRA 181) were used for the QTLs detection. The QTL detection, responsible for the rust resistance, was made through methodologies based in simple mark and simple interval mapping. The methodologies of simple marks evidenced statistical significance for the markers EMBRA 181 and EMBRA 125, and the last one showed the largest statistical significance. For the simple interval mapping method, QTL was mapped 0,002 cM from EMBRA 125. Mapped QTL explained 42% of the phenotypic variation. Once the QTL was mapped very close to the locus marker EMBRA 125 and it explains great proportion of the phenotypic variance, it is interesting to use in markers assisted selection and eventual positional cloning of the rust resistance gene. |
publishDate |
2007 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2007-11-08 |
dc.date.available.fl_str_mv |
2008-03-03 2015-03-26T12:45:15Z |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2015-03-26T12:45:15Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
format |
doctoralThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.citation.fl_str_mv |
ROSADO, Tatiana Barbosa. Lethal gene mapping responsible for the segregation distortion and QTL detection for rust (Puccinia psidii) in Eucalyptus spp.. 2007. 138 f. Tese (Doutorado em Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2007. |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://locus.ufv.br/handle/123456789/1270 |
identifier_str_mv |
ROSADO, Tatiana Barbosa. Lethal gene mapping responsible for the segregation distortion and QTL detection for rust (Puccinia psidii) in Eucalyptus spp.. 2007. 138 f. Tese (Doutorado em Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2007. |
url |
http://locus.ufv.br/handle/123456789/1270 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de Viçosa |
dc.publisher.program.fl_str_mv |
Doutorado em Genética e Melhoramento |
dc.publisher.initials.fl_str_mv |
UFV |
dc.publisher.country.fl_str_mv |
BR |
dc.publisher.department.fl_str_mv |
Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de Viçosa |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:LOCUS Repositório Institucional da UFV instname:Universidade Federal de Viçosa (UFV) instacron:UFV |
instname_str |
Universidade Federal de Viçosa (UFV) |
instacron_str |
UFV |
institution |
UFV |
reponame_str |
LOCUS Repositório Institucional da UFV |
collection |
LOCUS Repositório Institucional da UFV |
bitstream.url.fl_str_mv |
https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/1270/1/texto%20completo.pdf https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/1270/2/texto%20completo.pdf.txt https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/1270/3/texto%20completo.pdf.jpg |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
866add7ae7d30a4475824843543fd77d 24a584ed9a7ba410f0fb6e7e3f9534b3 c0455e38b86b06632cd575ff7ddcfea3 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV) |
repository.mail.fl_str_mv |
fabiojreis@ufv.br |
_version_ |
1801213080619712512 |