Whole genome sequencing analysis and biofilm formation in Salmonella Enteritidis PT4 578
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Data de Publicação: | 2022 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | eng |
Título da fonte: | LOCUS Repositório Institucional da UFV |
Texto Completo: | https://locus.ufv.br//handle/123456789/31408 https://doi.org/10.47328/ufvbbt.2023.134 |
Resumo: | Salmonella é um importante e versátil patógeno de origem alimentar, responsável por numerosas infecções e mortes no mundo todo. A dificuldade de controle e erradicação da transmissão está relacionada com a sua capacidade de formar agregados complexos de células, chamados de biofilme. Em um biofilme, as células são envoltas por uma matriz de substâncias poliméricas extracelulares autoproduzidas que confere proteção a diversos tipos de estresse, como dessecação, sanitização e defesa do hospedeiro. A matriz do biofilme de Salmonella é constituída principalmente por fímbrias curli e celulose. A síntese desses componentes é regulada por uma rede gênica altamente complexa. Os principais reguladores associados à formação de biofilme são a proteína CsgD e o monofosfato de guanosina bis-(3'- 5')-cíclico dimérico (c-di-GMP), que ativam a biossíntese da maioria dos polímeros. O quorum sensing, um mecanismo de comunicação celular, também é descrito como um importante regulador da formação de biofilme em Salmonella. Deste modo, o objetivo do presente trabalho foi sequenciar o genoma de Salmonella enterica Enteritidis PT4 578 e analisar as principais características relacionadas à virulência e a formação de biofilme, bem como comparar o genoma e os fenótipos de formação de morfotipo, biofilme e motilidade com quatro sorotipos relacionados. Além disso, foi avaliada a influência da temperatura, atmosfera e do quorum sensing na formação de biofilme por esse sorotipo. As análises do genoma demonstraram que Salmonella Enteritidis PT4 578 possui 165 genes de virulência, o que representa 3,66% das sequências codificadoras. Doze ilhas de patogenicidade de Salmonella (SPI), algumas extremamente conservadas, como SPI1 e SPI2 que codificam o aparato de invasão e colonização intracelular foram identificadas. Um total de treze clusters de genes relacionados à biossíntese de fímbrias, incluindo o operon csg, também foram encontrados. Em condições aeróbias e anaeróbias, Salmonella Enteritidis PT4 578 é capaz de formar biofilme em cupons de aço inoxidável a 28 ºC enquanto a 37 ºC, o biofilme foi formado apenas em condições aeróbias. Entretanto, a adição de N-hexanoil homoserina lactona (C12-HSL) ao meio de cultura anaeróbio resultou na formação de biofilme a 37 °C. Nessa condição, C12-HSL aumentou a expressão do gene adrA, uma diguanilato ciclaserelacionada com a síntese de c-di-GMP e do gene luxS, que faz parte do mecanismo de quorum sensing que utiliza o autoindutor-2 (AI-2), presente em Salmonella. Embora não tenha influenciado a formação de biofilme a 28 ºC, a C12-HSL também aumentou a expressão de luxS. Os dados apresentados reforçam a atuação das condições de atmosfera e temperatura, bem como do sistema quorum sensing na formação de biofilme em Salmonella. Por fim, relata uma possível conexão entre os dois principais mecanismos de quorum sensing neste patógeno. A compreensão dos fatores que influenciam a formação de biofilme em Salmonella pode contribuir para a elaboração de estratégias para seu controle e erradicação. Palavras-chave: Análises do genoma. Biofilme. Quorum sensing. |
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Carneiro, Deisy Guimarãeshttp://lattes.cnpq.br/8439780121899755Vanetti, Maria Cristina Dantas2023-08-28T14:17:45Z2023-08-28T14:17:45Z2022-12-21CARNEIRO, Deisy Guimarães. Whole genome sequencing analysis and biofilm formation in Salmonella Enteritidis PT4 578. 2022. 94 f. Tese (Doutorado em Microbiologia Agrícola) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. 2022.https://locus.ufv.br//handle/123456789/31408https://doi.org/10.47328/ufvbbt.2023.134Salmonella é um importante e versátil patógeno de origem alimentar, responsável por numerosas infecções e mortes no mundo todo. A dificuldade de controle e erradicação da transmissão está relacionada com a sua capacidade de formar agregados complexos de células, chamados de biofilme. Em um biofilme, as células são envoltas por uma matriz de substâncias poliméricas extracelulares autoproduzidas que confere proteção a diversos tipos de estresse, como dessecação, sanitização e defesa do hospedeiro. A matriz do biofilme de Salmonella é constituída principalmente por fímbrias curli e celulose. A síntese desses componentes é regulada por uma rede gênica altamente complexa. Os principais reguladores associados à formação de biofilme são a proteína CsgD e o monofosfato de guanosina bis-(3'- 5')-cíclico dimérico (c-di-GMP), que ativam a biossíntese da maioria dos polímeros. O quorum sensing, um mecanismo de comunicação celular, também é descrito como um importante regulador da formação de biofilme em Salmonella. Deste modo, o objetivo do presente trabalho foi sequenciar o genoma de Salmonella enterica Enteritidis PT4 578 e analisar as principais características relacionadas à virulência e a formação de biofilme, bem como comparar o genoma e os fenótipos de formação de morfotipo, biofilme e motilidade com quatro sorotipos relacionados. Além disso, foi avaliada a influência da temperatura, atmosfera e do quorum sensing na formação de biofilme por esse sorotipo. As análises do genoma demonstraram que Salmonella Enteritidis PT4 578 possui 165 genes de virulência, o que representa 3,66% das sequências codificadoras. Doze ilhas de patogenicidade de Salmonella (SPI), algumas extremamente conservadas, como SPI1 e SPI2 que codificam o aparato de invasão e colonização intracelular foram identificadas. Um total de treze clusters de genes relacionados à biossíntese de fímbrias, incluindo o operon csg, também foram encontrados. Em condições aeróbias e anaeróbias, Salmonella Enteritidis PT4 578 é capaz de formar biofilme em cupons de aço inoxidável a 28 ºC enquanto a 37 ºC, o biofilme foi formado apenas em condições aeróbias. Entretanto, a adição de N-hexanoil homoserina lactona (C12-HSL) ao meio de cultura anaeróbio resultou na formação de biofilme a 37 °C. Nessa condição, C12-HSL aumentou a expressão do gene adrA, uma diguanilato ciclaserelacionada com a síntese de c-di-GMP e do gene luxS, que faz parte do mecanismo de quorum sensing que utiliza o autoindutor-2 (AI-2), presente em Salmonella. Embora não tenha influenciado a formação de biofilme a 28 ºC, a C12-HSL também aumentou a expressão de luxS. Os dados apresentados reforçam a atuação das condições de atmosfera e temperatura, bem como do sistema quorum sensing na formação de biofilme em Salmonella. Por fim, relata uma possível conexão entre os dois principais mecanismos de quorum sensing neste patógeno. A compreensão dos fatores que influenciam a formação de biofilme em Salmonella pode contribuir para a elaboração de estratégias para seu controle e erradicação. Palavras-chave: Análises do genoma. Biofilme. Quorum sensing.Salmonella is an important and versatile foodborne pathogen responsible for numerous infections and deaths worldwide. The difficulty of controlling and eradicating this pathogen is related to its ability to form complex aggregates of cells, called biofilms. In a biofilm, cells are surrounded by a matrix of self-produced extracellular polymeric substances that protect against various types of stress, such as desiccation, sanitization, and host defense. The Salmonella biofilm matrix is composed mainly of curli fimbriae and cellulose. A highly complex genetic network regulates the synthesis of these components. The main regulators associated with biofilm formation are the CsgD protein and the bis-(3'-5')-cyclic dimeric guanosine monophosphate (c-di-GMP), which activate the biosynthesis of most polymers. Quorum sensing, a cellular communication mechanism, is also described as an important regulator of biofilm formation in Salmonella. The objective of the present work was to sequence the genome of Salmonella enterica Enteritidis PT4 578, analyze the main characteristics related to virulence and biofilm formation, and compare the genome and morphotype formation, biofilm and motility phenotypes with four related serotypes. Furthermore, evaluate the influence of temperature, atmosphere, and quorum sensing on biofilm formation by this serotype. Genome analyzes showed that Salmonella Enteritidis PT4 578 has 165 virulence genes, representing 3.66% of the coding sequences. Twelve Salmonella pathogenicity islands (SPI) were identified, some extremely conserved, such as SPI1 and SPI2, that encode the apparatus of intracellular invasion and colonization,. A total of thirteen gene clusters related to fimbriae biosynthesis, including the csg operon, were also annotated. Under aerobic and anaerobic conditions, Salmonella Enteritidis PT4 578 can form a biofilm on stainless steel coupons at 28 °C and only under aerobic conditions at 37 °C. However, adding of N-hexanoyl homoserine lactone (C12-HSL) to the anaerobic culture medium reverses the biofilm formation phenotype at 37 °C. In this condition, C12-HSL increased the expression of the adrA gene, a diguanylate cyclase related to the synthesis of c-di-GMP and the luxS gene, which is part of another quorum sensing mechanism that uses autoinducer-2 (AI-2), present in Salmonella. Although it did not influence biofilm formation at 28 ºC, C12- HSL also increased luxS expression. The data presented here reinforce the role of conditions of atmosphere and temperature, as well as quorum sensing in Salmonella biofilm formation. Finally, it reports a possible connection between this pathogen's two main quorum sensing mechanisms. Understanding the factors that influence Salmonella biofilm formation can contribute to developing control and eradication strategies. Keywords: Genome analyses. Biofilm. Quorum sensing.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorengUniversidade Federal de ViçosaMicrobiologia AgrícolaSalmonella enterica - Mapeamento cromossômicoBiofilmesComunicação celularCiências AgráriasWhole genome sequencing analysis and biofilm formation in Salmonella Enteritidis PT4 578Análise de sequenciamento do genoma completo e formação de biofilme em Salmonella Enteritidis PT4 578info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisUniversidade Federal de ViçosaDepartamento de MicrobiologiaDoutor em Microbiologia AgrícolaViçosa - MG2022-12-21Doutoradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:LOCUS Repositório Institucional da UFVinstname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)instacron:UFVORIGINALtexto completo.pdftexto completo.pdftexto completoapplication/pdf1624906https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/31408/1/texto%20completo.pdf9a6fd3b45013190e1fd4ff4c047b5b5dMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/31408/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52123456789/314082023-11-29 15:30:25.637oai:locus.ufv.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.locus.ufv.br/oai/requestfabiojreis@ufv.bropendoar:21452023-11-29T18:30:25LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)false |
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