Causal networks, genomic prediction and candidate genes for boar taint compounds

• Autor(a) principal: Botelho, Margareth Evangelista
• Data de Publicação: 2020
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: eng
• Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
• Texto Completo: https://locus.ufv.br//handle/123456789/29403
• topic: Suínos - Genética; Androstenona; Escatol; Indol; Genômica; Genes; Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos

É desejável evitar a castração de leitões uma vez que ela pode afetar diretamente o bem-estar animal, a produção e a qualidade da carne. No entanto, a não castração pode resultar na ocorrência do cheiro de varrão, que pode ser definido como sabor e cheiro desagradáveis na carne suína, o qual prejudica a aceitação da carne pelo consumidor. O cheiro do varrão é detectado especialmente durante o cozimento, sendo causado pelo aumento do teor dos compostos lipofílicos androstenona, escatol e indol acumulados no tecido adiposo de suínos. Já se sabe que as concentrações destes compostos no tecido adiposo dependem de vários fatores como dieta, idade e genética do animal. No entanto, a arquitetura genética e a relação causal entre os níveis de compostos ligados ao cheiro do varrão na carcaça ainda requerem elucidação. Nesse sentido, na primeira parte desta tese, foram estudadas a relações causais entre os níveis de androstenona, escatol e indol em amostras de carcaça e biópsia utilizando equações estruturais. Neste estudo, verificou-se que o uso de priori para definir as estruturas causais melhora o ajuste do modelo, contudo os paramentos estimados apresentam maior intervalo de credibilidade, resultando em correlações genéticas nulas. Foi evidenciado também a existência de efeitos diretos e indiretos entre os compostos ligados ao cheiro do varrão medidos em carcaças e biópsias, sendo consistente entre os modelos a existência do efeito da androstenona medida em biópsia no escatol medido em carcaça e o efeito do escatol em biópsias na androstenona da carcaça. Na segunda parte desta tese foram avaliados os efeitos de diferentes ponderações de SNPs para a construção da matriz de parentesco na capacidade preditiva e no viés da predição genômica dos níveis dos compostos ligados ao cheiro do varrão. Foram usadas populações baseadas em uma única linhagem ou em múltiplas linhagens, adicionalmente, foi proposto e avaliado uma nova metodologia de ponderação dos SNPs. Foi verificado que, em geral, as metodologias de ponderação do SNP avaliadas podem não melhorar a capacidade preditiva para androstenona, já para escatol e indol, a ponderação obtida a partir de redes gênicas construídas utilizando 5% dos SNPs que explicavam maior parte da variância na associação genômica melhorou levemente a capacidade preditiva em relação ao GBLUP em passo único. Devido às análises adicionais e as melhorias modestas obtidas, o uso de ponderação pode não ser vantajoso. Além disto, o uso de população composta por linhagens múltiplas melhorou a predição para androstenona enquanto para escatol e indol isso não foi observado. Na terceira parte desta tese, foi realizada a identificação de QTLs e genes associados aos componentes do cheiro do varrão. Além disso, foi construída uma rede gênica com o intuito de verificar se os genes identificados na associação de fato estavam ligados a processos biológicos relacionados ao cheiro do varrão. Neste estudo foi identificado o gene HSD17B2 previamente descrito como associado ao cheiro do varrão. Além disso, novos genes candidatos também foram identificados: CRHBP, CTDSP2, CDK4, CYP27B1 e SDR4E1, sendo os principais processos biológicos em que estes genes estão envolvidos são relacionados a produção, liberação e resposta a hormônios esteroides e absorção intestinal. Palavras-chave: Androstenona. Escatol. Gene candidato. Indol. Predição genômica. Relação causal.