Método para predição de potenciais alvos de microRNA em flavivírus emergentes

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Valadares, Andressa
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Monografias da UnB
Texto Completo: https://bdm.unb.br/handle/10483/25334
Resumo: Trabalho de Conclusão de Curso (graduação)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2018.
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spelling Valadares, AndressaRaiol, TaináMachado, Maria Emília Walter TellesVALADARES, Andressa. Método para predição de potenciais alvos de microRNA em flavivírus emergentes. 2018. 72 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Engenharia da Computação)—Universidade de Brasília, Brasília, 2018.https://bdm.unb.br/handle/10483/25334Trabalho de Conclusão de Curso (graduação)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2018.As infecções por flavivírus são um grave problema de saúde pública no Brasil, particularmente nos últimos anos devido ao grande número e gravidade de casos de infecções por vírus Zika, Dengue e Chikungunya e, mais recentemente, surtos de infecções por vírus da Febre Amarela. Portanto, entender os efeitos das variações genéticas tanto em nível funcional, quanto em aspectos estruturais e o desenvolvimento de novas ferramentas para auxiliar no seu combate é necessário para apoiar a vigilância e controle desses vírus. Neste contexto, desenvolvemos um método para predição de potenciais microRNA em genomas de Flavivirus. A sua implementação foi feita por um workflow que inclui a integração de scripts Perl e Bash, ferramentas do pacote ViennaRNA e o software miRanda para identificação potenciais alvos de microRNA que interagem com regiões não codificadoras de genomas Flavivírus. Como estudo de caso, usamos genomas dos 4 sorotipos do vírus da Dengue (DENV) sendo possível observar que existem potenciais alvos de miRNA exclusivos de certos sorotipos e diferenças estruturais entre os sorotipos, o que pode ser útil para o desenvolvimento de métodos de diagnóstico. Melhorias futuras do workflow incluem a sua utilização em genomas de outros flavivírus, tais como os vírus da Zika (ZIKV) e febre amarela (YFV), e predição de potenciais alvos para siRNA e gRNA nesses vírus.Submitted by Letícia Fernanda Vieira Ramos (leticia.fernanda_@outlook.com) on 2020-04-01T19:14:16Z No. of bitstreams: 1 2018_AndressaValadares_tcc.pdf: 4300128 bytes, checksum: ed79a6668073f2335c2b91af7f0b1592 (MD5)Approved for entry into archive by Luanna Maia (luanna@bce.unb.br) on 2020-08-11T18:09:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_AndressaValadares_tcc.pdf: 4300128 bytes, checksum: ed79a6668073f2335c2b91af7f0b1592 (MD5)Made available in DSpace on 2020-08-11T18:09:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_AndressaValadares_tcc.pdf: 4300128 bytes, checksum: ed79a6668073f2335c2b91af7f0b1592 (MD5)Flavivirus infections are a serious public health issue in Brazil, particularly in recent years due to the large number and severity of cases of Zika, Dengue and Chikungunya virus infections and, more recently, outbreaks of Yellow Fever virus infections. Therefore, understanding the effects of genetic variations at functional and structural levels and developing new tools are necessary for supporting arboviral surveillance and control efforts of these viruses. In this context, we developed a workflow to predict potential microRNA in Flavivirus genomes. The workflow implementation comprised the integration of Perl scripts, tools from ViennaRNA package, and miRanda software to search for potential microRNAs that potentially interact with non-coding regions of Flavivirus genomes. As a case study, genome sequences of Dengue virus serotypes were used. We could observe structural differences among the serotype sequences and miRNA target binding sites exclusively identified for each serotype, which may be useful for the development of diagnostic methods.RNABioinformáticaMétodo para predição de potenciais alvos de microRNA em flavivírus emergentesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesis2020-08-11T18:09:17Z2020-08-11T18:09:17Z2018-04-19info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Biblioteca Digital de Monografias da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNBLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain1817http://bdm.unb.br/xmlui/bitstream/10483/25334/2/license.txt21554873e56ad8ddc69c092699b98f95MD52ORIGINAL2018_AndressaValadares_tcc.pdf2018_AndressaValadares_tcc.pdfapplication/pdf4300128http://bdm.unb.br/xmlui/bitstream/10483/25334/1/2018_AndressaValadares_tcc.pdfed79a6668073f2335c2b91af7f0b1592MD5110483/253342020-08-11 15:09:17.702oai:bdm.unb.br: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Biblioteca Digital de Monografiahttps://bdm.unb.br/PUBhttp://bdm.unb.br/oai/requestbdm@bce.unb.br||patricia@bce.unb.bropendoar:115712020-08-11T18:09:17Biblioteca Digital de Monografias da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
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