Validation of a customized subset of SNPs for sheep breed assignment in Brazil
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Data de Publicação: | 2019 |
Outros Autores: | , , , , , , , , , , |
Tipo de documento: | Artigo |
Idioma: | eng |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UnB |
Texto Completo: | https://repositorio.unb.br/handle/10482/36266 https://doi.org/10.1590/s1678-3921.pab2019.v54.00506 http://orcid.org/0000-0002-9486-7128 http://orcid.org/0000-0002-1106-8962 http://orcid.org/0000-0002-8686-3338 http://orcid.org/0000-0003-4879-7015 http://orcid.org/0000-0001-8313-9830 http://orcid.org/0000-0002-0187-9227 http://orcid.org/0000-0002-7458-0656 http://orcid.org/0000-0002-1230-9000 http://orcid.org/0000-0001-7109-3038 http://orcid.org/0000-0001-7708-6197 http://orcid.org/0000-0002-3419-7337 http://orcid.org/0000-0001-6687-2491 |
Resumo: | O objetivo deste trabalho foi avaliar a utilidade de um subconjunto de 18 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) para a certificação das raças de ovinos Crioula Brasileira, Morada Nova (MN) e Santa Inês (SI). Dados de 588 animais foram analisados com o programa Structure. Em 82% dos casos, observou-se designação racial correta com confiança acima de 90%. A maioria dos casos de designação incorreta de raça foi observada em MN e SI. Portanto, apesar de o subconjunto de 18 SNPs ter confiabilidade elevada, ele não é suficiente para a inequívoca certificação das raças estudadas, principalmente das deslanadas. É necessário o desenvolvimento de um painel mais preciso para uso amplo em certificação racial. |
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Validation of a customized subset of SNPs for sheep breed assignment in BrazilValidação de um subconjunto de SNPs específicos para certificação racial de ovinos no BrasilOvelhaRecursos genéticos - animaisCertificação de origemGenômicaRastreabilidadeOvinoO objetivo deste trabalho foi avaliar a utilidade de um subconjunto de 18 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) para a certificação das raças de ovinos Crioula Brasileira, Morada Nova (MN) e Santa Inês (SI). Dados de 588 animais foram analisados com o programa Structure. Em 82% dos casos, observou-se designação racial correta com confiança acima de 90%. A maioria dos casos de designação incorreta de raça foi observada em MN e SI. Portanto, apesar de o subconjunto de 18 SNPs ter confiabilidade elevada, ele não é suficiente para a inequívoca certificação das raças estudadas, principalmente das deslanadas. É necessário o desenvolvimento de um painel mais preciso para uso amplo em certificação racial.The objective of this work was to evaluate the usefulness of a subset of 18 single nucleotide polymorphisms (SNPs) for breed identification of Brazilian Crioula, Morada Nova (MN), and Santa Inês (SI) sheep. Data of 588 animals were analyzed with the Structure software. Assignments higher than 90% confidence were observed in 82% of the studied samples. Most of the low-value assignments were observed in MN and SI breeds. Therefore, although there is a high reliability in this subset of 18 SNPs, it is not enough for an unequivocal assignment of the studied breeds, mainly of hair breeds. A more precise panel still needs to be developed for the widespread use in breed assignment.Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento Pesquisa Agropecuária Brasileira2020-01-24T10:30:03Z2020-01-24T10:30:03Z2019info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfPAIM, Tiago do Prado et al. Validation of a customized subset of SNPs for sheep breed assignment in Brazil. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 54, e00506, 2019. DOI: https://doi.org/10.1590/s1678-3921.pab2019.v54.00506. Disponível em: http://scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2019000104302. Acesso em: 23 jan. 2020.https://repositorio.unb.br/handle/10482/36266https://doi.org/10.1590/s1678-3921.pab2019.v54.00506http://orcid.org/0000-0002-9486-7128http://orcid.org/0000-0002-1106-8962http://orcid.org/0000-0002-8686-3338http://orcid.org/0000-0003-4879-7015http://orcid.org/0000-0001-8313-9830http://orcid.org/0000-0002-0187-9227http://orcid.org/0000-0002-7458-0656http://orcid.org/0000-0002-1230-9000http://orcid.org/0000-0001-7109-3038http://orcid.org/0000-0001-7708-6197http://orcid.org/0000-0002-3419-7337http://orcid.org/0000-0001-6687-2491(CC BY) - This is an open-access article distributed under the Creative Commons Attribution 4.0 International License.info:eu-repo/semantics/openAccessPaim, Tiago do PradoPimentel, Concepta Margaret McManusVieira, Fábio DaniloOliveira, Stanley Robson de MedeirosFacó, OlivardoAzevedo, Hymerson CostaAraújo, Adriana Mello deMoraes, José Carlos FerrugemYamagishi, Michel Eduardo BelezaCarneiro, Paulo Luiz SouzaCaetano, Alexandre RodriguesPaiva, Samuel Rezendeengreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNB2023-05-24T23:39:11Zoai:repositorio.unb.br:10482/36266Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestrepositorio@unb.bropendoar:2023-05-24T23:39:11Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false |
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