Algoritmos genéticos para filogenia viva com matriz de características

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Fernandes, Rafael Lins
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UnB
Texto Completo: http://repositorio.unb.br/handle/10482/33098
Resumo: Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2018.
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Em seguida, propusemos um algoritmo genético que usa os algoritmos de Fitch (ou Sankoff) para resolver o problema da filogenia viva grande, com matriz de características como entrada. A partir do método proposto, desenvolvemos experimentos com dados de alinhamentos múltiplos de vírus H1N1 e H2N3, de diferentes países (Estados Unidos, Rússia, Coréia do Sul, Taiwan, Itália e China). As filogenias obtidas mostraram um agrupamento de vírus de regiões próximas. Quando essas filogenias vivas foram comparadas com uma filogenia gerada pelo Phylip, observamos agrupamentos muito semelhantes. Por fim, executamos o método usando um alinhamento múltiplo de diversas leituras da região env do vírus HIV de um mesmo paciente, por um certo período de tempo, variando o número de nós vivos. Comparamos essas filogenias vivas com uma filogenia gerada pelo PAUP, observando que os agrupamentos foram coerentes com períodos próximos de coleta.Live phylogeny trees relate taxonomic units using their similarities over a set of characteristics and generalize phylogeny trees, since they allow the existence of living ancestors. Consequently, small phylogeny problem and large phylogeny problem are naturally extended to live phylogeny. We introduced modifications in Fitch’s and Sankoff’s algorithms to solve the small live phylogeny problem. Thus, we proposed a genetic algorithm witch uses Fitch (or Sankoff) to solve the large live phylogeny problem, taking a character matrix as an input. Using the proposed method, we developed experiments using multiple alignments of H1N1 and H2N3 viruses, from different countries (United States, Russia, South Korea, Taiwan, Italy and China). The output phylogenies showed clusters representing neighbour regions. These phylogenies showed similar clusters, when compared to a phylogeny generated with Philyp. Finally, we applied the algorithm to a multiple alignment obtained by reads of the env region of the HIV virus, of a same patient, during a period of time, with variations in the number of live nodes. We presented three different phylogenies with different numbers of live ancestors, having compared them to a tree generated by PAUP. We observed that the clusters generated by our phylogeny were compatible with close periods of data capture.A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data.info:eu-repo/semantics/openAccessAlgoritmos genéticos para filogenia viva com matriz de característicasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisFilogeniaFilogenia vivaAlgoritmosBioinformáticaporreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNBORIGINAL2018_RafaelLinsFernandes.pdf2018_RafaelLinsFernandes.pdfapplication/pdf2797206http://repositorio2.unb.br/jspui/bitstream/10482/33098/1/2018_RafaelLinsFernandes.pdfbf09cbc570d6ea1f7350b9d193888195MD51open accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain671http://repositorio2.unb.br/jspui/bitstream/10482/33098/2/license.txtbacfee268cc5d4f6aaa2e6e0066d38f5MD52open access10482/330982023-07-14 15:56:20.75open accessoai:repositorio2.unb.br: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Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestopendoar:2023-07-14T18:56:20Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
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