Xanthomonas euvesicatoria pv. allii : variabilidade e desenvolvimento de método de detecção por PCR

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Alves, Angelica Rodrigues
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UnB
Texto Completo: https://repositorio.unb.br/handle/10482/45402
Resumo: Dissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2022.
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spelling Xanthomonas euvesicatoria pv. allii : variabilidade e desenvolvimento de método de detecção por PCRXanthomonas euvesicatoria pv. allii : variability and development of PCR detection methodAllium cepaCebola - doenças e pragasCebola - melhoramento genéticoDissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2022.A cebola (Allium cepa L.) é uma importante hortaliça cultivada desde a antiguidade e distribuída mundialmente. É a terceira hortaliça mais cultivada no mundo. Desde 2018 tem sido observado um aumento na ocorrência de queima bacteriana em campos de cultivo de cebola nos estados de Goiás, Minas Gerais e Distrito Federal, ameaçando a qualidade e a produtividade da cebola no Cerrado brasileiro. Foram coletadas amostras sintomáticas de folhas e os isolados bacterianos obtidos pertencente à coleção de Bactérias Fitopatogênicas de Hortaliças da Embrapa Hortaliças, utilizados para ampliar os conhecimentos sobre o patógeno. Dessa forma, o objetivo desse trabalho foi identificar e caracterizar os isolados coletados em 2021 e desenvolver um novo método de detecção por PCR para Xanthomonas euvesicatoria pv. allii (Xea). Os isolados tiveram seu gênero confirmado como Xanthomonas pela amplificação do gene gumD e a variabilidade intraespecífica analisada por BOX-PCR. Haplótipos definidos por BOX-PCR foram selecionados para o sequenciamento de quatro regiões genômicas para Multilocus sequence analysis (MLSA). Para o desenvolvimento de um novo método de detecção, os seis genomas de Xea, disponíveis no GenBank foram reanotados, e por subtração in silico, buscou-se genes presentes entre todos os isolados e ausentes para demais espécies e patovares de Xanthomonas. Para o desenho de primers, as sequências dos genes exclusivos foram usadas no software NEB LAMP Primer Design Tool. Os primers sintetizados foram avaliados quanto à amplificação de todos os isolados de Xea, sensibilidade e especificidade com microbiota isolada de folha de cebola. Todos os isolados de cebola pertenciam ao gênero Xanthomonas e por BOX-PCR foi possível identificar a presença de quatro haplótipos na coleção de 2021 além dos oito haplótipos definidos em trabalho prévio com isolados dos anos 2018/2019. MLSA revelou o pertencimento dos isolados a Xea, os isolados de 2021 agruparam aos de 2018/2019, com elevados valores de probabilidade posterior, porém o isolado A-2021- 01 agrupou em um clado mais distante, com isolados da patovar alfalfae. Somente o par de primers 5038_ID9 amplificou somente o fragmento esperado de 200 pb, com sensibilidade de amplificação de concentrações iguais ou superiores à 50 pg DNA. Especificidade foi confirmada pela ausência de amplificação com DNA de oito isolados da microbiota de folhas de cebola.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES).Onion (Allium cepa L.) is an important vegetable cultivated since ancient times and distributed worldwide. It is the third most cultivated vegetable in the world. Since 2018, an increase in the occurrence of bacterial blight has been observed in onion fields in the states of Goiás, Minas Gerais and the Distrito Federal, threatening onion quality and productivity in the Brazilian Cerrado. Symptomatic leaf samples and bacterial isolates obtained from the Embrapa Vegetables collection of Phytopathogenic Bacteria of Vegetables were collected, used to increase knowledge about the pathogen. Thus, the objective of this work was to identify and characterize the isolates collected in 2021 and to develop a new PCR detection method for Xanthomonas euvesicatoria pv. allii (Xea). The isolate had their gender confirmed by the amplification of the XgumD gene and the intraspecific variability analyzed by the BOX-PCR. Haplotypes defined by BOX-PCR were selected for sequencing four genomic regions for multilocus sequence analysis (MLSA). For the development of a new detection method, the six genomes of Xea, available in GenBank, were re-annotated, and by in silico subtraction, genes present among all isolates and absent for other Xanthomonas species and pathovars were searched. For primers design, the unique gene sequences were used in the software NEB LAMP Primer Design Tool. The synthesized primers were evaluated for the amplification of all Xea isolates, sensitivity and specificity with microbiota isolated from onion leaf. All onion isolates belonged to the genus Xanthomonas and by BOX-PCR it was possible to identify the presence of four haplotypes in the 2021 collection in addition to the eight haplotypes defined in a previous work with isolates from the years 2018/2019. MLSA revealed that the isolates belong to Xea, the 2021 isolates grouped with the 2018/2019 isolates, with high posterior probability values, but the A-2021-01 isolate clustered in a more distant clade with isolates from the alfalfae pathovar. Only the 5038_ID9 primer pair amplified only the expected 200 pb fragment, with amplification sensitivity of concentrations equal to or greater than 50 pg of DNA. Specificity was confirmed by the absence of amplification with DNA of eight isolates from the microbiota on onion leaves.Instituto de Ciências Biológicas (IB)Departamento de Fitopatologia (IB FIT)Programa de Pós-Graduação em FitopatologiaRossato, MaurícioDuval, Alice Maria QuezadoAlves, Angelica Rodrigues2022-12-29T22:41:44Z2022-12-29T22:41:44Z2022-12-292022-09-05info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfALVES, Angelica Rodrigues. Xanthomonas euvesicatoria pv. allii: variabilidade e desenvolvimento de método de detecção por PCR. 2022. 68 f., il. Dissertação (Mestrado em Fitopatologia) — Universidade de Brasília, Brasília, 2022.https://repositorio.unb.br/handle/10482/45402A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data.info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNB2024-02-29T13:37:31Zoai:repositorio.unb.br:10482/45402Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestrepositorio@unb.bropendoar:2024-02-29T13:37:31Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
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