Diminuição temporal da riqueza de espécies de begomovírus em tomateiro no Distrito Federal e avaliação da aptidão replicativa dos três begomovírus epidemiologicamente mais importantes

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Souza, Tadeu Araújo de
Data de Publicação: 2020
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UnB
Texto Completo: https://repositorio.unb.br/handle/10482/39899
Resumo: Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2020.
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spelling Diminuição temporal da riqueza de espécies de begomovírus em tomateiro no Distrito Federal e avaliação da aptidão replicativa dos três begomovírus epidemiologicamente mais importantesBegomovírusDiversidade biológicaTomate - doenças e pragasVírus de plantasTese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2020.O gênero Begomovírus é o maior e mais importante grupo de vírus infectando tomateiros em todo o mundo. Atualmente, dois begomovírus predominam no Brasil, são eles tomato severe rugose virus (ToSRV) e tomato mottle leaf curl virus (ToMoLCV). Por representar a principal e mais eficiente forma de controle, o uso de cultivares resistentes a begomovírus tem sido cada vez mais frequente. Com base em estudos de diversidade de espécies, tem se observado ao longo dos anos a mudança no panorama da diversidade de espécies de begomovírus no Brasil. Em vista dessa observação o principal objetivo desse trabalho de tese foi realizar a avaliação e a análise da diversidade de espécies de begomovírus em tomateiros resistentes e suscetíveis, em amostras coletadas em duas regiões produtoras no Distrito Federal, ao longo de 14 anos. Os temas de trabalho foram dividos em três capítulos. O capítulo 1 foi destinado a revisão bibliográfica. O capítulo 2 descreve o estudo temporal da diversidade de espécies de begomovírus em duas micro-regiões agrícolas. O capítulo 3 foi destinado ao estudo da capacidade replicativa de três espécies de begomovírus em tomateiros suscetíveis e resistente. No estudo da diversidade de begomovírus, utilizou-se amostras coletadas entre os anos de 2003 a 2016 que foram divididas em três grupos, grupo 1 (G1, 2003-2005), grupo 2 (G2, 2009-2011) e grupo 3 (G3, 2014-2016). O DNA viral presente nas amostras foi amplificado e submetido a análises preliminares da diversidade de espécies de begomovírus por meio da técnica de RCA/RFLP. Como resultado, observou-se uma diminuição da quantidade de diferentes perfis de restrição virais em amostras do G1 ao G3. A partir daí as amostras foram submetidas a sequenciamento de alto desempenho de modo a obter dados mais precisos da diversidade de espécies. Assim, as análises de sequenciamento de alto desempenho confirmaram a diminuição temporal da riqueza de begomovírus. Por exemplo, foram detectadas seis espécies no G1, enquanto somente três espécies no G2 e G3. Essa diminuição da diversidade de espécies de begomovírus foi acompanhada pelo aumento do uso de cultivares resistentes na área de estudo desse trabalho. Por esta razão, é discutida a possibilidade do uso de cultivares resistentes estar influenciado a diversidade de espécies de begomovírus. Entre os principais resultados obtidos foi a prevalência de isolados dos begomovírus ToSRV e ToMoLCV nos três grupos de amostras avaliados. Isolados de tomato golden mosaic virus (TGVV) predominaram no grupo 1 e não foram mais detectados nos demais grupos, demonstrando seu desaparecimento da área onde este estudo foi realizado. A partir desses resultados, além da possível influência do uso de cultivares resistentes na prevalência de espécies, no capítulo 3 foi estudada a aptidão replicativa dos begomovírus ToSRV, ToMoLCV e TGVV em cultivares suscetíveis e resistente a begomovírus. Para o estudo, foram estabelecidos tratamentos com infecção simples de cada vírus a partir de clones infecciosos, infecção mista com inoculação simultânea e não simultânea. Como resultado, foi observada uma capacidade replicativa semelhante entre ToSRV e ToMoLCV em cultivares suscetíveis e maior capacidade replicativa de ToMoLCV em relação ToSRV na cultivar resistente. Além disso, determinou-se a baixa capacidade replicatica de TGVV em relação ToSRV e ToMoLCV, independentemente da cultivar. Verificou-se também uma maior chance de infecção mista em cultivares suscetíveis do que na cultivar resistente. Os resultados em conjunto contribuem para uma melhor compreensão do processo de evolução dos begomovírus levantandos, a importância de se conhecer a diversidade de espécies dos begomovírus e os possíveis fatores relacionados as mudanças na diversidade ao longo dos anos.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) e Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).The genus Begomovirus is the largest and most important group of viruses infecting tomato plants worldwide. Today, two begomoviruses predominate in Brazil, tomato severe rugose virus (ToSRV) and tomato mottle leaf curl virus (ToMoLCV). It is frequent the use resistant cultivars to begomoviruses, being this the most popular and eficient control method. Based on species diversity studies, changes in the panorama of begomoviruses have been observed over the years. Thus, the main objective of this thesis was to conduct, an evaluation and analyses of the begomovirus species diversity in resistant and susceptible tomato plants, from samples collected in two producing regions in the Federal District over 14 years. The topics were divided in three chapters. Chapter 1 is a bibliographic review. Chapter 2 describes the temporal study of the diversity of begomovirus species in two agricultural micro-region. Chapter 3 is dedicated to the study of the replicative abilility of three species of begomovirus in susceptible and resistant tomatoes. In the begomovirus diversity study, the samples collected between 2003 and 2016 were divided into three groups, group 1 (G1, 2003-2005), group 2 (G2, 2009-2011) and group 3 (G3, 2014- 2016). The viral DNA present in the samples was amplified and subjected to a preliminary analysis of the diversity of begomovirus species. This analysis was performed by employing the RCA/RFLP method. As a result, a decrease in the amount of distinctive viral restriction profiles was observed in samples from G1 to G3. Then, the samples were subjected to high performance sequencing in order to obtain more accurate data on the species diversity. Thus, high- throughput sequecing analyses confirmed the temporal decrease in the begomovirus richness. For example, six species were detected in G1, while only three species in G2 and G3. This decrease in the diversity of begomovirus species occurred simultaneously to an increase in the use of resistant cultivars. Therefore, we discuss the possible effects of the use of resistant cultivars in the overall virus diversity. One of the major results was the confirmation of the prevalence of the begomovirus ToSRV and ToMoLCV indicating its disappearance from the area where this study was conducted. Based on these results, and in addition to the possible influence of the use of resistant cultivars on the prevalence of species, in chapter 3 the replicative ability of the begomovirus ToSRV, ToMoLCV and TGVV in cultivars susceptible and resistant to begomovirus was studied. For this purpose, tested treatments included simple infection of each virus using infectious clones, and mixed infection with simultaneous and non-simultaneous inoculation. As a result, a similar replicative capacity was observed for ToSRV and ToMoLCV in susceptible cultivars, and a higher replicative capacity of ToMoLCV in relation to ToSRV in the resistant cultivar. In addition, the low replicative capacity of TGVV in relation to ToSRV and ToMoLCV was observed, independent of the cultivar. Also, mixed infection was more frequent in susceptible cultivars than in the resistant one. The onset of results obtained in this study contributed for a better comprehention of the evolution process of begomoviruses, highlighting the importance of understanding the diversity of begomoviruses and the possible factors related to its changes over the years.Nagata, Alice Kazuko InoueSouza, Tadeu Araújo de2021-01-13T12:18:40Z2021-01-13T12:18:40Z2021-01-132020-07-07info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfSOUZA, Tadeu Araújo de. Diminuição temporal da riqueza de espécies de begomovírus em tomateiro no Distrito Federal e avaliação da aptidão replicativa dos três begomovírus epidemiologicamente mais importantes. 2020. iv, 185 f., il. Tese (Doutorado em Fitopatologia)—Universidade de Brasília, Brasília, 2020.https://repositorio.unb.br/handle/10482/39899A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data.info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNB2023-07-08T00:16:20Zoai:repositorio.unb.br:10482/39899Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestrepositorio@unb.bropendoar:2023-07-08T00:16:20Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
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