Sistema de automatização do antibiograma por disco-difusão em aplicação clínica e ambiental

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Costa, Luan Felipe Rodrigues
Data de Publicação: 2016
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UnB
Texto Completo: http://repositorio.unb.br/handle/10482/22126
http://dx.doi.org/10.26512/2016.08.D.22126
Resumo: Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade Gama, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Biomédica, 2016.
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spelling Costa, Luan Felipe RodriguesAndrade, Marcelino Monteiro de2017-01-09T19:18:07Z2017-01-09T19:18:07Z2017-01-092016-08-05COSTA, Luan Felipe Rodrigues. Sistema de automatização do antibiograma por disco-difusão em aplicação clínica e ambiental. 2016. ii, 82 f., il. Dissertação (Mestrado em Engenharia Biomédica)—Universidade de Brasília, Brasília, 2016.http://repositorio.unb.br/handle/10482/22126http://dx.doi.org/10.26512/2016.08.D.22126Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade Gama, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Biomédica, 2016.O antibiograma é uma metodologia utilizada para medir a sensibilidade de microrganismos a antimicrobianos. O antibiograma mais barato e utilizado no Brasil e no mundo é o por discodifusão. Possui diversas vantagens como: simplicidade, habilidade de testar grande números de organismos e flexibilidade de escolha do antimicrobiano a ser testado. Entretanto, seus resultados são normalmente medidos manualmente, tornando-o tedioso, com alto tempo de consumo, fadado a erros de transcrição e dependente da experiência do especialista. O trabalho em questão apresenta o algoritmo AIA capaz de identificar os halos de inibição e rótulos alfanuméricos por processamento de imagens. Este algoritmo foi testado em imagens ambientais, coletadas por um scanner comercial, e em imagenas clínicas, coletadas por um protótipo desenvolvido localmente e transmitidas para um servidor em nuvem. Os resultados ambientais apresentaram concordância entre as medições manual e automática (AIA) de 88% das 756 leituras realizadas, discordâncias menor, maior e muito maior corresponderam a 6%, 2% e 5%, respectivamente. Diferença de leituras de diâmetro acima de 3 mm entre a manual e a automática foi equivalente a 11% dos casos. O nível de correlação, índice Kappa e Fmeasure entre tais medições foi de 0,85, 0,773 e 0,91 para todas as amostras, 0,90, 0,834 e 0,90 para amostras classificadas como Clássicas, 0,80, 0,695 e 0,93 para as classificadas como Desafiadoras. Já para as imagens clínicas, a concordância entre as medições manuais e o AIA foi de 93% das 345 leituras realizadas, discordâncias menor, maior e muito maior corresponderam a 3,5%, 2,6% e 0,9%, respectivamente. A diferença de leituras de diâmetros acima de 3 mm entre manual e automática correspondeu a 22% dos casos. O nível de correlação foi igual a 0,87, Kappa igual a 0,823 e F-measure igual a 0,96. A regressão de Passing and Bablok foi utilizada para verificar a equivalência entre medições manuais e automáticas. Os resultados ambientais e clínicos passaram no teste de similaridade, entretanto os resultados ambientais não passaram no teste de linearidade. Os resultados clínicos também passaram nos critérios acadêmico e comercial de acordo com os níveis de concordância de susceptibilidade. Dessa forma, o trabalho em questão valida o protótipo construído e compara seus resultados com outras publicações, indicando sua utilização comercial e acadêmica.Anbiogram is a susceptibility test used to evaluate the sensitivity of microorganisms to antibiotics. The cheaper and more used antibiogram is the disk diffusion method. Its advantages are simplicity, the ability to test large organisms numbers and the flexibility in choosing different antimicrobial agents. However, the results are usually measured manually, making it tedious, time-consuming, bound to transcription errors and dependent on the experience of the expert. This work presents AIA algorithm that identifies antimicrobial disks labels and inhibition zones diameters by image processing. This algorithm has been tested in environmental images, collected from a commercial scanner, and in clinical images collected by a prototype developed locally and transmitted to a cloud server. Environmental results showed agreement between the manual and automatic measurements (AIA) of 88% of 756 readings, minor, major and very major disagreement was 6%, 2% and 5%, respectively. Difference in diameter above 4 mm between manual and automatic readings was equivalent to 11% of cases. Correlation, Kappa coefficient and F-measure between measurements was 0.85, 0.773 and 0.91 for all samples, 0.90, 0.834 and 0,90 for samples classified as standards, 0.80, 0.695 and 0.93 for the classified as oddities. On the other hand, to the clinical images, the correlation between the manual measurements and AIA was 93% of 345 readings taken, minor, major and very major disagreement was 3.5%, 2.6% e 0.9%, respectively. The difference between manual and automatic diameters above 4 mm corresponded to 22% of cases. Correlation coefficient was equal to 0.87, Kappa equal to 0.823 and F-measure equal to 0.96. Passing and Bablok regression was used to verify the equivalence between manual and automatic measurements. Environmental and clinical results succeeded in the similarity test, however the environmental results did not succeeded in the linearity test. Clinical results also passed in academic and commercial criteria according to the susceptibility agreement. Thus, this work validates the prototype built and compare their results with other publications, indicating its commercial and academic use.Faculdade UnB Gama (FGA)Programa de Pós-Graduação em Engenharia BiomédicaA concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data.info:eu-repo/semantics/openAccessSistema de automatização do antibiograma por disco-difusão em aplicação clínica e ambientalAutomatization system for disc diffusion antibiogram in clinical and environmental applicationinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisAntibiogramaAntimicrobianoporreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNBORIGINAL2016_LuanFelipeRodriguesCosta.pdf2016_LuanFelipeRodriguesCosta.pdfapplication/pdf19762374http://repositorio2.unb.br/jspui/bitstream/10482/22126/1/2016_LuanFelipeRodriguesCosta.pdf1f1adc47298f5a3bb098d4871cfb409dMD51open accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain775http://repositorio2.unb.br/jspui/bitstream/10482/22126/2/license.txt5d84fce2084e451cedf5f1043e02e87dMD52open access10482/221262024-02-08 18:15:38.708open accessoai:repositorio2.unb.br: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Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestopendoar:2024-02-08T21:15:38Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
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