Representação combinatória e algébrica das permutações na análise do problema de rearranjo de genomas por reversões

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Lima, Thaynara Arielly de
Data de Publicação: 2010
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UnB
Texto Completo: http://repositorio.unb.br/handle/10482/6088
Resumo: Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Matemática, 2010.
id UNB_dd54bac97a3f7a46b7da11de8e497636
oai_identifier_str oai:repositorio.unb.br:10482/6088
network_acronym_str UNB
network_name_str Repositório Institucional da UnB
repository_id_str
spelling Representação combinatória e algébrica das permutações na análise do problema de rearranjo de genomas por reversõesAlgoritmos genéticosTeoria dos grafosDissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Matemática, 2010.Na genômica comparativa soluções algoríıtmicas eficientes para o problema da dist ância de rearranjo de genomas são uma ferramenta importante para o desenvolvimento de software que permite estabelecer relacionamento evolutivo entre organismos, por exemplo para a constr~ção de árvores filogenéticas de organismos. Existem diversas operações sobre palavras que modelam mutações ocorridas nos genes dos seres vivos (e.g. reversões, transposições, troca de blocos, etc.). Restritos à operação de reversão o problema de rearranjo de genomas ´é NP-difícil. Sendo assim, é plausível considerar algoritmos de aproximação. O algoritmo conhecido que melhor aproxima a solução do problema de rearranjo via reversões tem raio de 1.375. No seu artigo seminal, Bafna e Pevzner apresentam soluções O(n2) de raios de aproximação 1.5 para permutações com sinal e 7 4 para permutações sem sinal. Neste trabalho propõ-se um uso cuidadoso e discriminado entre as representações combinatória (palavras e grafos de pontos de quebra) e algébrica (ciclos de permuta ções) das permutações, que contribuirão para analisar com precisão e de maneira adequada diversas características do problema da distância de reversão e das soluções apresentadas por Bafna e Pevzner. _________________________________________________________________________________ ABSTRACTEfficient algorithmic solutions to the problem of genome rearrangements in comparative genomics are an important tool for the development of software allowing one to estabilish the evolution link between organisms, for instance the construction of phylogenetic trees. There are several string operations modelling mutations occurring inside genes (e.g. reversals, transpositions and block interchange, etc.). When restricted to the reversal operation, the problem of genome rearrangement is NP-hard. Thus, polynomially bounded approximated algorithms are considered to be admissible solutions. The best known approximated algorithm to solve the rearrangement problem through reversals has approximation ratio of 1.375. In their seminal paper, Bafna and Pevzner presented O(n2) solutions of ratio 1.5 for signed permutations and 7 4 for unsigned permutations. This work proposes a careful discrimination between the combinatory (strings and breakpoint graphs) and the algebraic (cycles of permutations) representations of permutations to analyse precisely, and in an adequate way, many of the problem characteristics and solutions presented by Bafna and Pevzner.Instituto de Ciências Exatas (IE)Departamento de Matemática (IE MAT)Programa de Pós-Graduação em MatemáticaAyala-Rincón, MauricioLima, Thaynara Arielly de2010-12-03T22:42:49Z2010-12-03T22:42:49Z2010-12-032010info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfLIMA, Thaynara Arielly de. Representação combinatória e algébrica das permutações na análise do problema de rearranjo de genomas por reversões. 2010. 65 f. Dissertação (Mestrado em Matemática)-Universidade de Brasília, Brasília, 2010.http://repositorio.unb.br/handle/10482/6088info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNB2024-03-01T16:27:49Zoai:repositorio.unb.br:10482/6088Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestrepositorio@unb.bropendoar:2024-03-01T16:27:49Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
dc.title.none.fl_str_mv Representação combinatória e algébrica das permutações na análise do problema de rearranjo de genomas por reversões
title Representação combinatória e algébrica das permutações na análise do problema de rearranjo de genomas por reversões
spellingShingle Representação combinatória e algébrica das permutações na análise do problema de rearranjo de genomas por reversões
Lima, Thaynara Arielly de
Algoritmos genéticos
Teoria dos grafos
title_short Representação combinatória e algébrica das permutações na análise do problema de rearranjo de genomas por reversões
title_full Representação combinatória e algébrica das permutações na análise do problema de rearranjo de genomas por reversões
title_fullStr Representação combinatória e algébrica das permutações na análise do problema de rearranjo de genomas por reversões
title_full_unstemmed Representação combinatória e algébrica das permutações na análise do problema de rearranjo de genomas por reversões
title_sort Representação combinatória e algébrica das permutações na análise do problema de rearranjo de genomas por reversões
author Lima, Thaynara Arielly de
author_facet Lima, Thaynara Arielly de
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Ayala-Rincón, Mauricio
dc.contributor.author.fl_str_mv Lima, Thaynara Arielly de
dc.subject.por.fl_str_mv Algoritmos genéticos
Teoria dos grafos
topic Algoritmos genéticos
Teoria dos grafos
description Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Matemática, 2010.
publishDate 2010
dc.date.none.fl_str_mv 2010-12-03T22:42:49Z
2010-12-03T22:42:49Z
2010-12-03
2010
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv LIMA, Thaynara Arielly de. Representação combinatória e algébrica das permutações na análise do problema de rearranjo de genomas por reversões. 2010. 65 f. Dissertação (Mestrado em Matemática)-Universidade de Brasília, Brasília, 2010.
http://repositorio.unb.br/handle/10482/6088
identifier_str_mv LIMA, Thaynara Arielly de. Representação combinatória e algébrica das permutações na análise do problema de rearranjo de genomas por reversões. 2010. 65 f. Dissertação (Mestrado em Matemática)-Universidade de Brasília, Brasília, 2010.
url http://repositorio.unb.br/handle/10482/6088
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UnB
instname:Universidade de Brasília (UnB)
instacron:UNB
instname_str Universidade de Brasília (UnB)
instacron_str UNB
institution UNB
reponame_str Repositório Institucional da UnB
collection Repositório Institucional da UnB
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)
repository.mail.fl_str_mv repositorio@unb.br
_version_ 1810580804985683968

Registros relacionados