Proteômica shotgun e análise da expressão gênica por RT-qPCR em genótipos de palma de óleo (Elaeis oleifera x E. guineensis) contrastantes quanto a aquisição da competência embriogênica

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Ribeiro, Daiane Gonzaga
Data de Publicação: 2017
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UnB
Texto Completo: http://repositorio.unb.br/handle/10482/32547
http://dx.doi.org/10.26512/2017.06.D.32547
Resumo: Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, 2017.
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O objetivo do presente estudo foi identificar as proteínas diferencialmente abundantes entre genótipos de palma de óleo contrastantes quanto à aquisição de competência embriogênica, por meio da proteômica Shotgun, além de avaliar a expressão de genes candidatos envolvidos nesse processo por RT-qPCR. Foram utilizadas folhas aclorofiladas de dois genótipos obtidos do cruzamento interespecífico entre Elaeis oleifera x E. guineensis, contrastantes ao processo embriogênico. O material foi coletado em triplicata biológica nos tempos 14 e 90 dias durante a etapa de indução de calos em cada genótipo. Proteínas totais foram extraídas com fenol e precipitadas com acetato de amônio em metanol. Para análise LC-MS/MS, as proteínas extraídas foram analisadas no equipamento ESI- LC-MS/MS (Thermo Scientific). A análise de dados foi realizada por meio do software Progenesis® QI for proteomics (Nonlinear Dynamics) e a identificação das proteínas por meio do software Peaks® (Bioinformatics Solutions). Posteriormente a expressão dos genes (proteínas) candidatos foram avaliadas por RT-qPCR. O estudo revelou no estádio inicial um total de 2177 proteínas, sendo 130 diferencialmente abundantes. Já no estádio intermediário, foram identificadas 2518 proteínas, sendo 97 diferencialmente abundantes. Na análise de expressão gênica 14 genes que codificam as proteínas candidatas foram avaliados. De acordo com os resultados obtidos pode-se destacar que o controle do estresse e a regulação do ciclo celular são processos indispensáveis para o sucesso do desenvolvimento embriogênico. Portanto, sugere-se como potenciais biomarcadores da aquisição de competência embriogênica proteínas antioxidantes que foram aumentadas no genótipo responsivo, como a peroxidase 12, a 1-Cys peroxirredoxina e glutatione-S-transferase, proteínas envolvidas na divisão celular como a proteína associada a microtúbulos, a proteína 14-3-3 e a proteína patellin-3-like, além de proteínas envolvidas na via de ubiquitinação como a Plant UBX domain-containing protein e 26S proteasome regulatory subunit.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).Oil palm is an oleaginous plant of relevant economic importance since its fruits are rich in vegetable oil. The species has a single apical meristem and does not have conventional forms of vegetative propagation, so propagation is carried out only by seeds. Currently, the only method used for vegetative propagation of oil palm is somatic embryogenesis (SE). The aim of this study was to identify differentially abundant proteins from oil palm genotypes contrasting in the capacity of embryogenic competence acquisition, using Shotgun proteomics, besides evaluating the expression of candidate genes by qRT-PCR. Oil palm leaves were submitted to callus induction. The material was collected in biological triplicates at 14 and 90 days during callus induction (DDI) in each genotype. Total proteins were extracted with phenol and precipitated with ammonium acetate in methanol. For LC-MS/MS analysis, the proteins were solubilized with ammonium bicarbonate and digested with trypsin. The peptide mixture was injected into the ESI-LC-MS/MS (Thermo Scientific) equipment. Data analysis was performed using Progenesis® QI (Nonlinear Dynamics) and Peaks® (Bioinformatics Solutions). The expression of candidate genes encoding the proteins identified was performed by qRT-PCR. The study revealed a total of 4695 proteins. Responsive and non-responsive genotypes were compared at 14 and 90 DDI and revealed 227 differentially abundant proteins. In the gene expression analysis 14 genes encoding the candidate proteins were evaluated. The data analysis revealed several proteins mainly related to energy metabolism, stress response and regulation of cell cycle, which seem important for a successful embryogenic development. We suggest some proteins as potential biomarkers for the acquisition of embryogenic competence, including antioxidant proteins that have been increased in the responsive genotype, such as peroxidase 12, 1-Cys peroxiredoxin and glutathione-S-transferase. Proteins involved in cell division also seem important, such as the protein associated with microtubules, the 14-3-3 protein and the patellin-3-like protein. Proteins involved in the ubiquitination pathway, such as Plant UBX domain-containing protein and 26S proteasome regulatory subunit may also be key factors in the success of callus formation in oil palm.Instituto de Ciências Biológicas (IB)Departamento de Botânica (IB BOT)Programa de Pós-Graduação em BotânicaScherwinski-Pereira, Jonny EversonReis, Angela Mehta dosRibeiro, Daiane Gonzaga2018-08-31T17:14:16Z2018-08-31T17:14:16Z2018-08-292017-06-27info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfRIBEIRO, Daiane Gonzaga. Proteômica shotgun e análise da expressão gênica por RT-qPCR em genótipos de palma de óleo (Elaeis oleifera x E. guineensis) contrastantes quanto a aquisição da competência embriogênica. 2017. 76 f., il. Dissertação (Mestrado em Botânica)—Universidade de Brasília, Brasília, 2017.http://repositorio.unb.br/handle/10482/32547http://dx.doi.org/10.26512/2017.06.D.32547A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data.info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNB2024-09-24T16:53:55Zoai:repositorio.unb.br:10482/32547Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestrepositorio@unb.bropendoar:2024-09-24T16:53:55Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
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