Análise do transcriptoma associado a lincRNAs no sistema olfativo acessório

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Camargo, Antônio Pedro, 1993-
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1634114
Resumo: Orientador: Fábio Papes
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spelling Análise do transcriptoma associado a lincRNAs no sistema olfativo acessórioAnalysis of the lincRNA transcriptome in the accessory olfactory systemOlfatoBioinformáticaRNA-seqRNA longo não codificanteSmellBioinformaticsRNA-SeqRNA, Long noncodingOrientador: Fábio PapesDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: O sistema olfatório é um sistema sensorial capaz de detectar sinais químicos ambientais, iniciando a sensação de odor e/ou mudanças comportamentais e endócrinas. Esse sistema é composto por dois órgãos olfatórios, o epitélio olfatório principal (MOE) e o órgão vomeronasal (VNO), que exibem um processo único e altamente coordenado de regulação da expressão gênica. Recentemente, uma variedade de longos RNAs não codificantes (lncRNAs) foi identificada atuando na regulação da expressão gênica. Dadas as propriedades moleculares da expressão gênica nos tecidos olfatórios, hipotetizou-se que os lncRNAs podem estar envolvidos na neurogênese nesses órgãos. Um identificador de lncRNAs foi desenvolvido utilizando um algoritmo moderno de aprendizado de máquina e foi empregado na identificação de novos lncRNAs intergênicos (lincRNAs) no transcriptoma de camundongo. Utilizando dados de expressão, vários desses transcritos foram identificados como específicos dos órgãos olfatórios, e muitos diferencialmente expressos entre camundongos adultos e recém-nascidos. Com dados de RNA-Seq de células únicas do MOE, foram detectados lincRNAs que exibem um perfil de expressão definido ao longo da neurogênese. Além disso, análises de coexpressão gênica e de enriquecimento de termos de gene ontology (GO) foram aplicadas para inferir possíveis papéis biológicos para alguns dos lincRNAs. Por fim, a expressão de alguns lincRNAs candidatos foi validada por RT-PCR e hibridação in situ. Esses resultados representam a primeira iniciativa de pesquisa da expressão de lncRNAs na interface sensorial do MOE e VNO. Este trabalho fornece base para investigações subsequentes dos mecanismos moleculares e papéis funcionais dos lincRNAs no sistema olfatórioAbstract: The olfactory system is a sensory system capable of detecting environmental chemical cues, leading to the sensation of odor and/or behavioral and endocrine changes. This system comprises two olfactory organs, the main olfactory epithelium (MOE) and the vomeronasal organ (VNO), that display a unique and highly coordinated process of gene expression regulation. Recently, a variety of long non-coding RNAs (lncRNAs) has been discovered playing roles in the regulation of gene expression. Given the molecular properties of gene expression in the olfactory tissues, it was hypothesized that lncRNAs might be involved in the neurogenesis in these organs. A lncRNA predictor was developed using a cutting edge machine learning algorithm and was employed to identify several new intergenic lncRNAs (lincRNAs) in the mouse transcriptome. Using expression data, it was possible to identify a number of these transcripts as specific to the olfactory organs, and many differentially expressed between adult and newborn mice. Single-cell RNA-Seq data from the MOE was used to unveil lincRNAs that display a defined expression pattern along neurogenesis. Moreover, gene coexpression and gene ontology (GO) enrichment analysis were employed to assign putative involvement in biological processes to some olfactory lincRNAs. Finally, the expression profile of a few selected putative lincRNAs was experimentally validated by RT-PCR and in situ hybridization. These results comprise the first approach to research the expression of lncRNAs in the sensorial interface of the MOE and VNO. This work sets the ground for subsequent investigation regarding the molecular mechanisms and functional roles of lincRNAs in the olfactory systemMestradoBioinformáticaMestre em Genética e Biologia MolecularFAPESP2016/05379-6[s.n.]Papes, Fabio, 1975-Carvalho, Benilton de SáKobarg, JörgUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASCamargo, Antônio Pedro, 1993-20182018-02-22T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf1 recurso online (196 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1634114CAMARGO, Antônio Pedro. Análise do transcriptoma associado a lincRNAs no sistema olfativo acessório. 2018. 1 recurso online (196 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia , Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1634114. Acesso em: 3 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1035115Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDFporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2018-09-05T15:22:24Zoai::1035115Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2018-09-05T15:22:24Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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