Testes para comparação de grupos de sequências de DNA utilizando quase Estatísticas U e modelos de substituição

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Taglianetti, Tatiana Buratto Bordin, 1976-
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1638328
Resumo: Orientador: Hildete Prisco Pinheiro
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spelling Testes para comparação de grupos de sequências de DNA utilizando quase Estatísticas U e modelos de substituiçãoTests for comparisons of groups of DNA sequences based on quasi U-statistics and substitution modelsGenética - Métodos estatísticosEstatística não paramétricaEstatística matemática - Teoria assintóticaAnálise de sequência de DNAU-EstatísticaGenetics - Statistical methodsNonparametric statisticsMathematical statistics - Asymptotic theoryDNA sequence analysisU-statisticsOrientador: Hildete Prisco PinheiroTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matemática Estatística e Computação CientíficaResumo: Um dos objetivos de estudos genéticos é a comparação de grupos de sequências genômicas. O principal objetivo desse trabalho é verificar a homogeneidade entre grupos de sequências de DNA incorporando modelos de substituição na distância entre as sequências. Esses modelos descrevem o processo das mutações ao longo do tempo. Medidas de diversidade entre sequências podem ser baseadas na distância de Hamming incorporando modelos evolutivos de substituição. Um teste estatístico baseado em quase estatísticas U é proposto, relaxando a suposição de independência entre as sequências. Propriedades assintóticas da estatística de teste são estudadas usando modelos evolutivos. Um estudo de simulação é realizado para avaliar o tamanho e o poder do teste para tamanhos de amostra finitos. Além disso, o procedimento é aplicado a conjuntos de dados reaisAbstract: One of the goals in genetic studies is the comparison of groups of genetic sequences. The main purpose of this work is to test homogeneity among groups of DNA sequences incorporating substitution models on the distance between sequences. These models describe the stochastic process of the mutations through time. Diversity measures between sequences may be based on Hamming distances incorporating evolutionary models of substitution. A test statistic based on quasi U-statistics is proposed, relaxing the assumption of independence between sequences. The asymptotic properties for the aforementioned statistic are studied using the evolutionary models. A simulation study is performed to evaluate test size and power for finite sample sizes. Additionally, the test procedure is applied to real data setsDoutoradoEstatísticaDoutora em EstatísticaCNPQ141015/2011-0 , 161342/2013-2CAPES[s.n.]Pinheiro, Hildete Prisco, 1966-Pinheiro, Aluísio de Souza, 1967-Nobre, Juvêncio SantosZevallos Herencia, Mauricio EnriqueGarcia, Nancy LopesPatriota, Alexandre GalvãoUniversidade Estadual de Campinas. Instituto de Matemática, Estatística e Computação CientíficaPrograma de Pós-Graduação em EstatísticaUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASTaglianetti, Tatiana Buratto Bordin, 1976-20182018-12-13T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf1 recurso online (243 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1638328TAGLIANETTI, Tatiana Buratto Bordin. Testes para comparação de grupos de sequências de DNA utilizando quase Estatísticas U e modelos de substituição. 2018. 1 recurso online (243 p.) Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matemática Estatística e Computação Científica, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1638328. Acesso em: 15 mai. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1127007Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDFporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2021-06-21T12:37:35Zoai::1127007Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2021-06-21T12:37:35Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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