Estudo da expressão dos genes no processo de florescimento em laranjeira valência

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Mafra, Valéria Siqueira, 1985-
Data de Publicação: 2012
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1618941
Resumo: Orientadores: Marcos Antonio Machado, Marcio Alves Ferreira
id UNICAMP-30_2b8fd22df8d57704925b3472dcd3d396
oai_identifier_str oai::882098
network_acronym_str UNICAMP-30
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository_id_str
spelling Estudo da expressão dos genes no processo de florescimento em laranjeira valênciaGene expression studies during flowering in sweet orange "Valencia¿CítricosFlorescimento de plantasExpressão gênicaPlantas - FilogeniaCitrusPlants, Flowering ofGene expressionPlants - PhylogenyOrientadores: Marcos Antonio Machado, Marcio Alves FerreiraTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: O desenvolvimento floral envolve uma rede complexa de genes que agem no meristema apical para especificar a identidade do meristema floral e, mais adiante, a identidade de órgãos florais. Outros genes controlando a simetria e polaridade dos órgãos, assim como a influência de giberelinas e auxinas, desempenham um papel importante no estabelecimento do tamanho final e arquitetura da flor. Este trabalho propôs avaliar as alterações no transcriptoma do meristema durante a indução e diferenciação floral e em diferentes fases do desenvolvimento do botão floral em laranja doce. Para isto, foi construído um chip de microarranjo de citros contendo cerca de 32 mil unigenes de laranja doce, presentes no banco de dados CitEST. Para se avaliar o perfil global de expresssão, foram coletadas gemas em dois estágios de desenvolvimento, quatro estágios de desenvolvimento do botão floral e flores abertas. As análises estatísticas foram feitas por meio da comparação 2x2, considerando um dado estágio em relação ao estágio anterior. Foram encontrados 3.590 unigenes nãoredundantes com diferença de expressão em pelo menos uma das comparações e a análise de enriquecimento de ontologias (GSEA) definiu os processos biológicos mais representativos. Foram identificados vários unigenes de citros envolvidos com a sinalização do florescimento, regulação e morfogênese de órgãos florais. A validação por PCR em tempo real (RT-qPCR) foi feita com 29 genes candidatos e o perfil de expressão mostrou a mesma tendência do microarranjo. Para normalizar o nível de expressão dos genes alvo no RT-qPCR, foram usados os normalizadores GAPC2 e SAND. Esses genes foram selecionados como bons genes de referência em uma avaliação sistemática comparando a estabilidade de expressão de 15 genes em diferentes condições experimentais . As discussões sobre o possível papel dos genes e vias na regulação do desenvolvimento floral em citros são apresentadas. Uma vez que vários reguladores chave do florescimento são proteínas da família MADS-box, foi proposto identificar os genes MADS-box nos genomas de laranja doce e Clementina e avaliar o relacionamento filogenético entre o MADS-box de citros e Arabidopsis. As análises dos genomas de laranja doce e Clementina revelaram 83 e 92 genes MADS-box, respectivamente. Os MADS-box tipo II de citros foram distribuídos dentre as sub-famílias de MIKCc e MIKC*, enquanto que os genes do tipo I em geral não agruparam com os MADS-box de Arabidopsis. Este estudo espera obter uma maior compreensão sobre os eventos moleculares relacionados com o florescimento de citros e fornecer as bases para análises funcionais para descobrir o papel desses genesAbstract: Flower development involves a complex gene network that acts in the shoot apical meristem to specify the floral meristem identity and, later, to determine the floral organ identity. Other genes controlling symmetry and polarity of floral organs, as well as the influence of gibberellins and auxins, play important roles in establishing the final size and architecture of the flower. This work aimed to evaluate changes in the meristem's transcriptome during floral induction and differentiation, and in different stages of flower bud development in sweet orange. For this purpose, we built a citrus microarray chip containing about 32,000 unique assemblies (unigenes) of sweet orange, present in the CitEST database. To assess the global expression profile, we collected buds at two developmental stages, bud flowers at four stages and open flowers. Statistical analyses were performed in a 2x2 comparison, taking into account a given developmental stage compared to the stage before. It was found 3,590 nonredundant unigenes that were differentially expressed at least one comparison and a Gene Set Enrichment Analysis defined the most representative biological processess. Several citrus unigenes differentially modulated involved with flowering signaling, regulation and floral organs morphogenesis were identified. Validation by real time PCR (RT-qPCR) was performed to 29 candidate genes and the expression profile showed the same tendency of microarray. To normalize the expression level of the target genes, we used GAPC2 and SAND reference genes. These genes were selected as good reference genes in a systematic evaluation comparing the expression stability of 15 genes in different experimental conditions. Discussions about the possible role of the genes and pathways in the regulation of citrus flower development are presented. Since several key regulators of flowering are proteins belonging the MADS-box family, we proposed to identify MADS-box genes in the sweet orange and Clementine genomes and to evaluate the phylogenetic relationship between citrus and Arabidopsis MADS-box genes. Analysis of the sweet orange and mandarin genomes revealed 76 and 91 MADS-box genes, respectively. Type II MADS-box genes of citrus were grouped into MIKCc and MIKC* sub-families whereas tipo I MADS-box genes of citrus and Arabidopsis were grouped in separated clades. This work will help in the understanding of the genetic events related to citrus flowering and provide the basis for functional analyses to uncover the role of these genesDoutoradoGenética Vegetal e MelhoramentoDoutor em Genética e Biologia Molecular[s.n.]Machado, Marcos Antonio, 1951-Goldman, Maria Helena de SouzaBenedetti, Celso EduardoVicentini, RenatoZolet, Andreia Carina TurchettoUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASMafra, Valéria Siqueira, 1985-2012info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf120 [11] p. : il.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1618941MAFRA, Valéria Siqueira. Estudo da expressão dos genes no processo de florescimento em laranjeira valência. 2012. 120 [11] p. Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1618941. Acesso em: 3 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/882098porreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2017-02-18T06:48:46Zoai::882098Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2017-02-18T06:48:46Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
dc.title.none.fl_str_mv Estudo da expressão dos genes no processo de florescimento em laranjeira valência
Gene expression studies during flowering in sweet orange "Valencia¿
title Estudo da expressão dos genes no processo de florescimento em laranjeira valência
spellingShingle Estudo da expressão dos genes no processo de florescimento em laranjeira valência
Mafra, Valéria Siqueira, 1985-
Cítricos
Florescimento de plantas
Expressão gênica
Plantas - Filogenia
Citrus
Plants, Flowering of
Gene expression
Plants - Phylogeny
title_short Estudo da expressão dos genes no processo de florescimento em laranjeira valência
title_full Estudo da expressão dos genes no processo de florescimento em laranjeira valência
title_fullStr Estudo da expressão dos genes no processo de florescimento em laranjeira valência
title_full_unstemmed Estudo da expressão dos genes no processo de florescimento em laranjeira valência
title_sort Estudo da expressão dos genes no processo de florescimento em laranjeira valência
author Mafra, Valéria Siqueira, 1985-
author_facet Mafra, Valéria Siqueira, 1985-
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Machado, Marcos Antonio, 1951-
Goldman, Maria Helena de Souza
Benedetti, Celso Eduardo
Vicentini, Renato
Zolet, Andreia Carina Turchetto
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia
Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular
UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS
dc.contributor.author.fl_str_mv Mafra, Valéria Siqueira, 1985-
dc.subject.por.fl_str_mv Cítricos
Florescimento de plantas
Expressão gênica
Plantas - Filogenia
Citrus
Plants, Flowering of
Gene expression
Plants - Phylogeny
topic Cítricos
Florescimento de plantas
Expressão gênica
Plantas - Filogenia
Citrus
Plants, Flowering of
Gene expression
Plants - Phylogeny
description Orientadores: Marcos Antonio Machado, Marcio Alves Ferreira
publishDate 2012
dc.date.none.fl_str_mv 2012
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://hdl.handle.net/20.500.12733/1618941
MAFRA, Valéria Siqueira. Estudo da expressão dos genes no processo de florescimento em laranjeira valência. 2012. 120 [11] p. Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1618941. Acesso em: 3 set. 2024.
url https://hdl.handle.net/20.500.12733/1618941
identifier_str_mv MAFRA, Valéria Siqueira. Estudo da expressão dos genes no processo de florescimento em laranjeira valência. 2012. 120 [11] p. Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1618941. Acesso em: 3 set. 2024.
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/882098
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
120 [11] p. : il.
dc.publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron:UNICAMP
instname_str Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron_str UNICAMP
institution UNICAMP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.mail.fl_str_mv sbubd@unicamp.br
_version_ 1809189088440352768

Registros relacionados