Desenvolvimento de um pipeline para analise em larga escala de um chip de proteinas quinases

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Milani, Renato, 1985-
Data de Publicação: 2010
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1611694
Resumo: Orientadores: Eduardo Galembeck, Carmen Verissima Ferreira
id UNICAMP-30_55dc108c3a255b61ac60ba00e34febeb
oai_identifier_str oai::480005
network_acronym_str UNICAMP-30
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository_id_str
spelling Desenvolvimento de um pipeline para analise em larga escala de um chip de proteinas quinasesDeveloping a pipeline for large scale analysis of a protein kinase chipBioinformáticaFosforilaçãoBiotecnologiaBioinformaticsPhosphorylationBiotechnologyOrientadores: Eduardo Galembeck, Carmen Verissima FerreiraDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: A atividade de proteínas quinases é responsável pela regulação de muitos processos biológicos através de cascatas de sinalização que levam a diferentes efeitos celulares. No entanto, a análise da reação de fosforilação reversível catalisada por estas enzimas e prejudicada pela complexidade inerente as interações entre proteínas neste sistema de sinalização. Consequentemente, o foco em uma única proteína quinase pode não ser suficiente para revelar completamente os mecanismos por trás dos fenótipos observados. Nesse sentido, em conjunto com outras técnicas de análise em larga-escala como chips de expressão de mRNA, arranjos de peptídios contendo substratos de proteínas quinases vem sendo cada vez mais utilizados por pesquisadores. No entanto, a falta de uniformidade na análise estatística desses chips tem sido um grande empecilho à obtenção de dados relevantes com o uso dessa técnica. Por conta disso, o objetivo desse trabalho foi desenvolver uma metodologia, chamada de PepMatrix, capaz de aplicar estatística básica de forma automatizada visando a seleção de replicações com baixa variabilidade e a obtenção da anotação das proteínas envolvidas nos eventos de fosforilação ocorridos no chip. Esse novo método foi aplicado em vários conjuntos de dados de diferentes experimentos biológicos e seus resultados revelaram atividades quinásicas significativamente alteradas, muitas das quais tiveram confirmação por Western blot. Alem disso, os resultados ressaltaram a importância da análise sistêmica dos eventos de sinalização celular em conjunto com uma análise crítica das replicações. O alto grau de uniformidade analítica obtido por esse método faz com que ele seja uma poderosa e confiável ferramenta na análise quinômica em larga-escalaAbstract: The activity of protein kinases governs many biological processes through signaling cascades that lead to distinct outputs, from homeostasis to disease. However, analysis of the reversible phosphorylation perpetrated by these enzymes is hindered by the inherent complexity of interactions in this signaling system. Consequently, focusing on a single kinase may not be enough to completely unfold the mechanisms behind observed phenomena. In this sense, together with other omics approaches like mRNA expression analysis, peptide arrays have shown increasing popularity, particularly ones containing kinase substrate sequences. The lack of uniformity in statistical analysis of these chips, though, has been a major issue for the field. In this paper, we propose PepMatrix, a fast and accurate method for selecting so called "reliable replicate spots" and automatically retrieving differential activity and annotation information about phosphorylation events identified in a peptide array of kinase substrates. Here, we present several cases where this new methodology was applied to biological datasets. We successfully identified putative up and down-regulated kinases, many of which were confirmed to have altered activity by Western blot. Moreover, the results emphasized the need for a true systems biology approach to the cellular signaling events alongside a critical replicate selection method. The high degree of analysis uniformity we achieved with this method provides a powerful and reliable addition for high-throughput kinome analysisMestradoBioquímicaMestre em Biologia Funcional e Molecular[s.n.]Galembeck, Eduardo, 1968-Ferreira, Carmen Veríssima, 1969-Ortega, Jose MiguelAoyama, HiroshiUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Biologia Funcional e MolecularUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASMilani, Renato, 1985-2010info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf68 f. : il.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1611694MILANI, Renato. Desenvolvimento de um pipeline para analise em larga escala de um chip de proteinas quinases. 2010. 68 f. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1611694. Acesso em: 3 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/480005porreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2017-02-18T05:50:08Zoai::480005Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2017-02-18T05:50:08Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
dc.title.none.fl_str_mv Desenvolvimento de um pipeline para analise em larga escala de um chip de proteinas quinases
Developing a pipeline for large scale analysis of a protein kinase chip
title Desenvolvimento de um pipeline para analise em larga escala de um chip de proteinas quinases
spellingShingle Desenvolvimento de um pipeline para analise em larga escala de um chip de proteinas quinases
Milani, Renato, 1985-
Bioinformática
Fosforilação
Biotecnologia
Bioinformatics
Phosphorylation
Biotechnology
title_short Desenvolvimento de um pipeline para analise em larga escala de um chip de proteinas quinases
title_full Desenvolvimento de um pipeline para analise em larga escala de um chip de proteinas quinases
title_fullStr Desenvolvimento de um pipeline para analise em larga escala de um chip de proteinas quinases
title_full_unstemmed Desenvolvimento de um pipeline para analise em larga escala de um chip de proteinas quinases
title_sort Desenvolvimento de um pipeline para analise em larga escala de um chip de proteinas quinases
author Milani, Renato, 1985-
author_facet Milani, Renato, 1985-
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Galembeck, Eduardo, 1968-
Ferreira, Carmen Veríssima, 1969-
Ortega, Jose Miguel
Aoyama, Hiroshi
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia
Programa de Pós-Graduação em Biologia Funcional e Molecular
UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS
dc.contributor.author.fl_str_mv Milani, Renato, 1985-
dc.subject.por.fl_str_mv Bioinformática
Fosforilação
Biotecnologia
Bioinformatics
Phosphorylation
Biotechnology
topic Bioinformática
Fosforilação
Biotecnologia
Bioinformatics
Phosphorylation
Biotechnology
description Orientadores: Eduardo Galembeck, Carmen Verissima Ferreira
publishDate 2010
dc.date.none.fl_str_mv 2010
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://hdl.handle.net/20.500.12733/1611694
MILANI, Renato. Desenvolvimento de um pipeline para analise em larga escala de um chip de proteinas quinases. 2010. 68 f. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1611694. Acesso em: 3 set. 2024.
url https://hdl.handle.net/20.500.12733/1611694
identifier_str_mv MILANI, Renato. Desenvolvimento de um pipeline para analise em larga escala de um chip de proteinas quinases. 2010. 68 f. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1611694. Acesso em: 3 set. 2024.
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/480005
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
68 f. : il.
dc.publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron:UNICAMP
instname_str Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron_str UNICAMP
institution UNICAMP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.mail.fl_str_mv sbubd@unicamp.br
_version_ 1809189027897671680

Registros relacionados